在北京大學求學期間，董作賓還加入了北大學術團體方言調查會、風俗調查會，特別是加入了新成立的考古學會，對他日後選擇專業研究方向起了很大的作用。在考古學會的文物收藏中，董作賓首次見到甲骨文原片。古樸神秘的骨片龜版，依稀可見、朦朧可辨的古老文字，他嚐試著讀了幾塊，竟能大致讀了下來，激發了他研究甲骨文的欲望。
１９２４年１１月５日，馮玉祥派北京警衛司令鹿鍾麟率部隊荷槍實彈進入紫禁城，將原守衛紫禁城的衛兵繳械，然後命令溥儀立即出宮。當天下午三點，溥儀灰溜溜地離開紫禁城，從此一去不複返。之後，成立了善後委員會處理故宮事物，北京大學校長蔡元培推薦本校國學研究院考古學會的四名助教去善委會協助清理故宮文物，董作賓和莊尚嚴（1891—1980）、魏建功等參加了這一工作。莊重古樸的青銅器，玲瓏碧透的瓷器，造型別致的玉器，琳琅滿目的書畫……董作賓大開眼界，增加了不少見識，從事文物考古專業研究的欲望更加強烈。
那年暑假師生大都放假回家，住在北京大學第三院工字樓國學門研究生宿舍的隻有留校繼續工作學習的董作賓和莊尚嚴等幾個人。莊尚嚴是學考古的，由於誌趣相投，與董作賓很要好。偌大的工字樓沒有幾個人，白天他們各幹各的工作，晚上兩人就搬到樓上一間大辦公室住宿，那裏寬敞，有穿堂風好乘涼，睡不著還可以聊天消夜。莊尚嚴身體不太好，董作賓就讓他睡在辦公室大辦公桌上，自己在地板上打地鋪。
一天夜晚，天氣很熱，兩人一直聊到深夜，從家庭到學業、到今後的打算，無話不談。莊尚嚴已經朦朧入睡，董作賓突然從地鋪上坐起來鄭重其事地說：老莊，你看咱們能長此下去嗎，究竟該如何是好？稍停見沒有回答，就又說道：我看咱們合作起來幹一番事業怎樣。莊尚嚴漫不經心地回答：你學歌謠當上山唱歌，我學考古當下地挖墳，咱倆是走不到一起的。現在，你我不如此下去，又有什麼高明策略。
董作賓沉默了一會說：我看這裏高手如雲，不出去闖一闖走自己的路，是幹不出一番事業的。我考慮了，甲骨文發現才二十來年，雖然挖出了不少，也出了不少研究成果，但還是很有潛力的，你是知道的，孔府壁書（西漢時期曲阜孔子故居牆壁中發現的《尚書》）、汲塚竹書（西晉時期汲郡衛輝古墓裏出土的戰國竹簡）都出了幾千年了還在研究，應當說甲骨文是很有前途的。我有一個想法，如果你同意咱們就一起到我的家鄉發掘甲骨如何？你是學考古的，田野發掘的優勢比我強；我是河南人，跟地方關係可以搞得好。這是一條很有發展前途的路，比局促在這裏有前途多了。
這番獨辟蹊徑、卓有創見的主張果然引起了莊尚嚴的注意，他感到董作賓說的話很對，甲骨文剛剛發現，研究者寥寥無幾，真的是一片未開墾的田園，他馬上坐起來想了想說：你的想法很好，隻是你我兩人，一個人搞歌謠，一個人搞考古，對研究甲骨文最重要的基本知識小學（舊指文字學）、訓詁學、音韻學等沒有一點基礎，如何能成。我看還是等等再說吧。
董作賓很不以為然，立即回答說：等等，若等你在課堂上或書本中學好文字學，人家的甲骨文字典早就在書店裏賣了，還有咱們的機會嗎？稍停又說：我看今日之計，隻有占先，一麵幹一麵學，一麵發掘一麵研究……有了新材料，就有新問題，這問題就逼著你去讀金文小學，逼著你細心研究思考，自然會有新局麵、新結論。舊路已經為人家占滿，不另辟新天地哪有咱們年輕人的出頭之日。
莊尚嚴後來被北大派往日本，師從著名考古學家、漢學家原田淑人深造，回國後就在故宮博物館工作。他一生研究、保護國寶，為中國文物事業貢獻了畢生精力，曾任台北“故宮博物院”副院長，但終未從事過殷墟發掘和研究。他常常回憶起這段往事，曾這樣說：大約從這個時候起他就打定了這項主意，不久，我就聽人說他背起小包袱上安陽挖龍骨去了。我則被學校派往日本東京帝大從原田淑人先生研究考古，兩個人就此各自東西。在日本功課很忙，不久，也就把這事撂過腦後。一天，忽然接到一份厚厚的郵件，打開一看，竟是彥堂自己在安陽發掘甲骨文研究的第一本著作《新獲卜辭寫本》。我還記得，書是中裝自寫自印，拿到手中真使我又驚又喜又愛。能思，能言，能行，這是他後一日有大成就的起點，也是他有誌於甲骨文研究的一段史話。董作賓後來在殷墟的科學發掘和甲骨學研究中，實踐了自己當年在北京大學第三院工字樓擬定的計劃，“今日之計，隻有占先，一麵幹一麵學，一麵發掘一麵研究”，不斷地攀登科學高峰。
但是，董作賓並沒有馬上去從事殷墟發掘，在完成學業後，於１９２５年春，南下福州到福建協和大學任教。原來，這時董作賓母親王氏夫人已年老多病，家中的店鋪早已轉讓，自己的孩子已降臨人世，一家人的生活全靠夫人錢曼珍洗洗漿漿、縫縫補補，做些零活勉強維持。完成學業，他也該回報至親，養家糊口了。同時，進行殷墟發掘需要經濟的、物質的等各方麵的準備，還需要機遇。