１９２３年北京大學國學門研究所招生，董作賓考取研究生。當時研究所中老師有蔡元培、陳垣、馬衡、沈兼士、劉半農諸先生，同時考入的有陸侃如、馮沅君、莊尚嚴、常惠等。
２０世紀２０年代，北京大學曾在全國發起一個頗具規模的征集歌謠及民間風俗材料的活動，１９１８年２月１日《北京大學日刊》正式刊布《北京大學征集全國近世歌謠簡章》，同時北京大學校長蔡元培先生發表了相關啟事，不久《新青年》第四卷第三期轉載《簡章》。著名學者、北京大學教授胡適、周作人、劉半農、沈尹默等都是發起者和積極參與者。周作人、劉半農、沈尹默還創辦了《歌謠周刊》。受這種潮流的影響，董作賓選擇了民歌民謠和方言的研究方向，並兼任《歌謠周刊》的編校，《甲子報》社會新聞和《每日評論》主編，每月可領取十二大洋津貼，半工半讀解決了生活問題。
董作賓之所以選擇這一研究方向，還有一個更深層次的原因，那就是要通過民間文學的研究來了解民情、了解社會。後來，他在北京大學任《民間文藝》編輯，所寫的發刊詞《為民間文藝敬告讀者》中寫道：“民間文藝，是平民文化的結晶品，我們要了解我們中國的民眾心理、生活、語言、思想、風俗、習慣等等，不能不研究民間文藝；我們要欣賞活潑潑赤裸裸有生命的文學，不能不研究民間文藝；我們要改良社會，糾正民眾的謬誤的觀念，指導民眾以行動的標準，不能不研究民間文藝。”
第二年董作賓升任助教，實際上是研究人員，因為既不用為教授準備教材也不用批改作業，有更多的時間從事專業研究。這期間先後在《歌謠周刊》《北京大學歌謠小叢書》《論語半月刊》等著名刊物上發表十多篇文章。特別是《看見她》和《一首歌謠整理研究的嚐試》，從一首兒歌的“母題”著眼，翻檢了上萬首歌謠，找出了全國各地四十五首同一“母題”的《看見她》歌謠。把考訂研究、比較研究、地理研究、民俗研究、方言研究與文藝研究諸種方法熔為一爐，從理論上開啟了以家鄉人的視角研究家鄉歌謠的先河。
董作賓的研究成果與此後不久在《歌謠周刊》上連續發表的顧頡剛的《吳歌甲集》及其相關研究，構成了一個以“鄉土歌謠學”或“歌謠的鄉土研究”名之的歌謠研究會學派，使剛剛興起的歌謠征集研究活動，在理論建設上邁出了無可替代的、非常重要的一步。
胡適見到董作賓的文章很感興趣，就專門寫信給董，為董作賓提出的論點補充證實，並在信中贈送自己的著名格言：“大膽假設，小心求證。”對胡適提出的一些問題，董作賓根據《詩經》和實地調查，曾寫了一篇文章與胡適商討。
一次，董作賓與胡約好去家中請教，當他懷抱幾本書叩開胡家大門時，恰巧胡適外出還沒回來，就恭敬地問開門的女士：這是胡先生的家吧，胡先生在家嗎？對民謠也很感興趣的胡太太江冬秀女士見來客小心翼翼，穩重老練且懷中抱著書，竟然誤認為是登門售書的琉璃廠書商，連聲說胡先生不在家，不要書，不要書，拒之門外，幸好這時胡先生趕回來了。當得知來人就是《看見她》一文的作者時，江冬秀女士一麵連聲說對不起，一麵讓座倒茶。一向懼內的胡適連忙打圓場說：都怨我，遲回一步，遲回一步。多少年後，董作賓還向同事講起這則笑話。
雖然年輕的董作賓在民歌民謠研究方麵已經取得一些或多或少的成績，在民間文學界也有了小小的名氣，但他魂思夢想的依然還是甲骨文。這不僅在於他感到甲骨文是自己家鄉的寶物，自己有責任進行研究，同時，受國學大師王國維的影響，也充分認識到國寶甲骨文所蘊含的豐富內容和研究甲骨文的巨大潛力。
１９１７年蔡元培就任北京大學校長不久，就積極聘請才從日本歸國不久住在上海哈同花園任《學術叢編》主編兼聖倉明智大學教授的王國維為北京大學教授。王國維那時剛剛完成《殷卜辭中所見先公先王考》，因正忙著撰寫《殷周製度論》以及其他事由，沒有應聘。直到１９２２年北京大學國學門研究所已經成立，蔡元培第六次誠聘，王國維才答應為“遠程指導導師”或者說是“通訊指導導師”，即他本人仍然住在上海，通過書信交流指導研究生。
王國維忠實地履行自己的職責，解疑答難，來信必複，認真指導國學門的研究生。他還寫信給研究所國學門主任沈兼士，主動為國學門研究生擬定了四個學術研究方向和題目：第一，《詩》《書》中成語之研究；第二，古字母之研究；第三，古文字中聯綿字誌研究；第四，共和以前年代之研究。
董作賓通過書信與王國維交流，甲骨文學識大有長進。對王國維提出的“共和以前年代之研究”題目，他受到啟發，雖然當時並沒有立即著手研究這個問題，但在以後當他從事殷墟甲骨文發掘和研究取得階段性成果，殷墟科學發掘被迫停止以後，他把大部分時間和精力用在這個問題的研究上，並“盡數年之力”取得卓越的成就。