《企業所得稅法》實施後，企業會計準則規定，對於內部研發形成的無形資產，其成本為開發階段符合資本化條件以後至達到預定用途前發生的支出，除此之外，研究開發過程中發生的其他支出應予費用化，計入當期損益。不確認遞延所得稅資產的特殊情況。某些情況下，如果企業發生的某項交易或事項不屬於企業合並，並且交易發生時既不影響會計利潤也不影響應納稅所得額，且該項交易中產生的資產、負債的初始確認金額與其計稅基礎不同，產生可抵扣暫時性差異的，所得稅準則中規定在交易或事項發生時不確認相關的遞延所得稅資產。
一般情況下初始確認時，按照會計準則規定確定的成本與其計稅基礎應當是相同的。對於享受稅收優惠的研究開發支出，在形成無形資產時，按照會計準則的規定確定的成本為研究開發過程中符合資本化條件後至達到預定用途前發生的支出，而稅法規定按照無形資產成本的150%攤銷，則其計稅基礎應在會計入賬價值的基礎上加計50%，因而，產生賬麵價值與計稅基礎在初始確認時的差異。
所以，《企業所得稅法》實施後，初始計量時，自行開發無形資產的計稅基礎=賬麵價值×150%，賬麵價值小於計稅基礎，在會計處理時，將自行開發無形資產的賬麵價值與計稅基礎之間的差異確認為應納稅暫時性差異。由於該項資產並非產生於企業合並，同時在初始確認時，既不影響會計利潤也不影響應納稅所得額，確認其賬麵價值與計稅基礎間的暫時性差異的所得稅影響需要調整該項資產的曆史成本，準則規定該種情況不確認相關的遞延所得稅。
（二）《企業所得稅法》實施前後，對自行開發無形資產後續計量的影響
《企業所得稅法》實施前，所得稅製度規定，企業自行開發的無形資產在符合資本化條件以後至達到預定用途前發生的支出總額，應當在發生當期已稅前扣除。因此，所形成的無形資產在以後期間可稅前扣除的金額為0，即計稅基礎一般為0。
由此可見，《企業所得稅法》實施前，由於自行開發無形資產的計稅基礎為0，所以，在該無形資產的使用期間，稅法上都不允許攤銷。也就是說，在稅法上形成該無形資產的所有支出已經於該無形資產確認當期予以扣除，稅法上，在該無形資產使用的以後期間不承認該無形資產的價值，因此不需要對其進行攤銷。
《企業所得稅法實施條例》規定，對於研究開發費用的加計扣除，企業為開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按照規定據實扣除的基礎上，按照研究開發費用的50%加計扣除；形成無形資產的，按照無形資產成本的150%攤銷，而且，無形資產按照直線法計算的攤銷費用，準予扣除。無形資產的攤銷年限不得低於10年。
由此可見，《企業所得稅法》實施後，稅收上，自行開發無形資產在攤銷年限各期的攤銷金額為會計上攤銷金額的150%。二者之間的差額將計入未來期間企業的應納稅所得額。
（三）《企業所得稅法》實施前後，對自行開發無形資產處置的影響
《企業所得稅法》實施前，在對自行開發無形資產進行處置時，該無形資產賬麵價值可能不為0，但計稅基礎為0，二者之間存在差異，但是由於該差異在該無形資產初始計量計算應納稅所得額時已經扣除，不得重複扣除，因此，不會影響本期的應納稅所得額。
《企業所得稅法》實施後，在會計處理上，企業出售、轉讓自行開發無形資產，應當將取得的價款與該無形資產賬麵價值的差額計入當期損益（營業務收入）。在稅務處理上，企業出售、轉讓自行開發無形資產，應按照《企業所得稅法》的有關規定，確認為轉讓財產收入，並且在計算應納稅所得額時，扣除該項資產的淨值和轉讓費用。此外，企業將自行開發無形資產債務重組、分配股利、對外投資和捐贈等，也都要視同銷售來處理。
三、自行開發無形資產所得稅會計中存在的問題
（一）自行開發無形資產所得稅會計初始計量中存在的問題
雖然在初始計量時，《企業所得稅法實施條例》中規定：企業自行開發無形資產的計稅基礎，是從開發過程中該資產符合資本化條件後至達到預定用途前發生的支出。但是，企業所得稅法對於企業自行開發無形資產確認的標準不是非常明確，隻是引用會計準則中的規定，將自行開發無形資產的計稅基礎確認為開發過程中符合資本化條件的開發支出，也沒有給出明文規定計稅基礎的確認條件與會計賬麵價值的確認條件相同。