然而隨著全球經濟一體化進程發展到一定階段後，國際貿易體係逐步完善，世界各國或經濟體間的經濟合作趨於多樣化和複雜化，原旨貿易保護主義一定程度上成了一把雙刃劍，世界各國也不再輕易抬出原旨貿易保護的政策。但是因為“國家”的存在，每一個國家在維護本國利益的時候必定會采取一些有利於本國的新貿易保護經濟政策。特別是在出現金融或經濟危機的時候，貿易保護主義就一定會卷土重來。
新貿易保護主義又被稱為“超貿易保護主義”或“新重商主義”，它在理論依據、政策手段、目標對象及實施效果等方麵都與原旨保護主義有著明顯的區別，它更具隱蔽性、更有定向性，對其他國家或經濟體更具傷害性。
在新的國際經濟形勢下，新貿易保護主義表現出以下特點：
第一，新貿易保護主義打著公平貿易的旗號利用WTO規則，實行貿易保護。
總體來看，在WTO規則的約束下，大多數國家都在向自由貿易的方向邁進，但由於現行多邊貿易體製並非無懈可擊，因而保護主義總是千方百計從中尋找“合法”的生存土壤。WTO允許成員國利用其有關協議保護本國的利益，反擊遭到的不公平待遇。這就為各國以“公平貿易”為口實實行貿易保護留下了空間。WTO規則並不排斥各成員國的經濟自主性，目前，保留本國經濟自主性的要求不僅來自發達國家，而且還來自發展中國家。因此，采取與WTO不直接衝突的各種保護措施，已成為經濟全球化過程中貿易保護主義的普遍形態。
美國國會，把“購買美國貨”寫進他們的刺激經濟方案內，就是這一特點的體現。正如奧巴馬解釋所說：“關於貿易保護主義，盡管美國國內存在相關的論調，因為金融市場崩潰產生的經濟挫敗感非常真切，失業率急劇攀升，但是，被寫進美國經濟刺激計劃中的‘買美國貨’條款的每一條都是符合世貿組織規定的。”
第二，新貿易保護主義往往是依據國內法履行國際條約。
國際條約高於國內法，這在WTO組織內早已明確。但由於各國對如何處理國際法與國內法的關係缺乏統一標準，如何對待已承諾的國際條約及其在國內的適用程度，各國仍存在一定差異。一些國家隻執行符合自己國家利益的國際條約，很多時候將國內法淩駕於國際條約之上。
譬如美國貿易法案中就明確美國可以對來自國外的“不公平和不合理”的貿易活動采取單邊貿易製裁。美國近年來為維護本國的貿易利益多次啟動或威脅啟動該條款處理貿易糾紛，公開向WTO的有關規則挑戰，嚴重損害了WTO的權威性，並對其他國家處理國內法與國際法的關係產生了負麵影響。
第三，新貿易保護主義利用區域貿易組織保護成員國利益。
近幾年由於美國和歐盟等發達經濟體對其他國家經濟實施不公平的貿易政策，迫使一些國家意識到建立區域聯盟，聚合力量增加談判的籌碼，來與美國或歐盟經濟體進行抗衡。於是，東盟、南美國家聯盟等區域性經濟團體出現。
區域一體化組織具有的排他性特征被視為對成員國的一種貿易保護。通過“內外有別”的政策和集體談判的方式，區域一體化協定在為成員國創造更有利貿易條件的同時，卻往往對非成員構成了歧視。區域一體化組織具有的這種排他性特征，實際上起到了對成員國進行貿易保護的作用。
第四，新貿易保護主義采取的保護手段更趨多樣化。
反傾銷、反補貼、保障措施等傳統保護手段仍被頻繁應用。技術壁壘、綠色壁壘、知識產權保護、勞工標準等貿易壁壘花樣翻新，應用範圍更加廣泛。發達國家利用自身在環保和科技方麵的優勢，製定更高的環保、技術、商品和勞工標準，以削弱發展中國家憑借低廉的勞動力成本而獲得的出口競爭力。由於這些新型貿易保護手段具有良好的定向性、隱蔽性和靈活性，其中一些技術和環保方麵的要求以提升技術水平、維護消費者利益為出發點，甚至可以視為中性的貿易標準，加之WTO對這些貿易措施應用的限製並不統一，因而，其保護效果更為突出，進一步加劇了世界範圍內的貿易摩擦。
反傾銷、反補貼、保障措施等傳統保護手段依然存在，主要發生在發展中國家及新興市場國家。而技術壁壘、綠色壁壘、知識產權保護、勞工標準等貿易壁壘的保護，則是那些經濟、技術發達國家的慣用手段。
第五，新貿易保護主義以“戰略性貿易政策”為核心政策。
克魯格曼等學者提出的戰略貿易理論認為，不論在促進本國具有競爭優勢的企業開拓國際市場方麵，還是在維護本國企業免受國外競爭對手的衝擊方麵，都需要國家的貿易政策發揮作用，從而為國家通過幹預貿易、提高和維護本國產業的戰略地位提供了強有力的理論支持，並由此形成了戰略性貿易政策體係。這一政策體係強調了國際貿易中的國家利益，政府通過確立戰略性產業（主要是高技術產業），並對這些產業實行適當的保護和促進，使其在較短時間內形成國際競爭力。隨著國際競爭的加劇，特別是發達國家在高技術領域的較量不斷升級，戰略性貿易政策被越來越多的發達國家和新興工業化國家的政府所接受，成為新貿易保護主義的核心政策。