2、合作缺失法律、法規的約束和保障。由於缺乏法律、法規的約束和保障，任何一方都可以在不需要付出太大代價的情況下隨意退出合作，給對方造成嚴重損失。合作的風險性貫穿於合作的全過程，使校企合作雙方顧慮重重。在現有法律和法規的框架下，沒有明確規定校企合作雙方的權利及義務，使校企合作缺乏穩定性。
3、校企合作的利益難以協調。學校與企業之間的長期效益和短期效益難以協調。校企雙方的深度合作，受到明顯收益的無疑是院校本身及其在校學生。而企業所得到的利益則體現為獲得了穩定的人力資本來源。然而，一部分中小企業卻看不到這一點，隻是盲目追求經濟利益最大化，以致不願意長期與學校進行深度合作。
三、高職院校校企合作的對策探索
1、應加強相關的法津、法規建設，完善行政職能，營造校企合作的良好社會氛圍法律法規是高職教育可持續發展的重要保障。政府應製定相關法律、法規來指導學校與企業的合作，進一步明確和規範政府、學校、企業在校企合作中的責任和義務；建立各級校企合作教育委員會，以加強對校企合作的指導和協調；製訂優惠政策，調動企業參與校企合作的積極性，如對參與校企合作的企業在稅收上給以相應的減免，補償其在資金、人力、設備使用等方麵的付出，並對對成績卓著者予以獎勵等。要營造促進高職院校校企合作、工學結合的良好社會氛圍。
一方麵，政府應承擔向社會宣傳職業技術教育的責任，加強正確的輿論引導，大力弘揚和普及勞動文化、創業文化，在社會主義精神文明建設中增加高職教育的社會文化基礎；另一方麵，確立職業技術教育特別是高職教育與普通高等教育等值使用的理念，可以通過抓典型、樹典型、宣傳典型、推廣典型的方式，營造出良好的校企合作氛圍。
2、院校應在多方人士組建而成的專業指導合作委員會協助下，規範教學計劃，加強“雙師型”師資隊伍建設高職院校可以聘請行業、企業技術部門負責人以及學者、專家擔任客座教授，組成專業指導與合作委員會，定期或不定期地針對專業改革與建設、課程改革與建設、校企合作、實習基地建設等方麵進行討論研究，獻計獻策。專業指導與合作委員會的專家可直接參與高職院校各專業培養方案的製定、修訂和完善實施，成為學校專業建設和改革的重要力量。
高職院校要主動參與企業的技術攻關、新產品開發，參與企業相關創新性課題的研究，主動選擇企業在生產技術和管理方麵存在的問題列入課題加以研究，真正為企業的發展解決一些實際問題。要主動把企業發展對人才的要求與學校對人才培養的內容和方式緊密結合起來，與學校的教學科研緊密結合起來，培養出能適應企業崗位需要的高技能人才。
學校要以培養行業、企業急需的高技能人才為重點，找準學校和行業、企業的結合點，主動適應市場的變化，及時調整辦學方向、辦學層次定位和生源結構，共同製定合作人才培養方案，確定專業培養目標、課程設置、教學內容和方式，實現從學生到員工的“零距離”對接，真正為企業輸送所需要的職業性高技能人才。高職院校要抓好“雙師型”教師的隊伍建設，努力提高中青年教師的技術應用能力和實踐能力。教師
要主動參與專業實訓、畢業實習指導以及企業一線的學習鍛煉，學習企業技術骨幹豐富的實踐經驗和嫻熟的操作技能；同時學校要主動聘任企業技術骨幹和社會上已取得專業技術資格的適用專業人才擔任兼職教師。
3、社會服務，充分利用社會教育資源，實現校企雙方互惠互利。從發達國家高職教育的發展過程來看，高職教育不僅具有技術定向（職前準備教育）的功能，而且還具備很強的技術提升（職後繼續教育）功能，是現代終身教育體係中的重要組成部分。高職院校應積極探索學曆教育與職後培訓相結合的辦學模式，可以利用學校的學習環境、教育資源和科研力量等優勢，對企業員工開展培訓，提供產品研發、技術攻關等服務。同時，要依托企業建立穩定的校外實訓基地，實現校企雙方互惠互利。
總之，校企合作是高職院校發展的必然趨勢，是經濟發展對高職教育提出的客觀要求，也是高職院校生存發展的內在需要。高職院校要加強校企合作的研究和實踐，建立校企合作的長遠機製。