學科基礎與專業理論知識 區別於社會IT培訓機構，高等院校軟件人才培養應注重基礎知識和專業知識的積累，畢業生應具備紮實的專業理論知識，且應更強調合理的知識結構。經過深入調研，結合已有培養經驗，麵向應用型軟件工程人才培養的畢業生應具備良好的數學基礎、紮實的計算機專業基礎知識，同時具備軟件開發、係統測試、計算機網絡等較寬領域的專業知識。
專業能力與工程實踐能力 南京工程學院倡導學以致用的辦學理念，軟件工程專業定位於培養高級應用型專門人才，為實現工程師化的人才培養目標，注重綜合素質和工程實踐能力的培養；與研究型本科人才注重“厚基礎、寬口徑”有著明顯差別，與高職類人才注重職業能力的技能培養也顯著不同。多次組織企業和知名高校對軟件工程人才的工程能力培養模式進行論證，明確應用型軟件工程人才在專業能力和工程實踐能力方麵的培養目標，即具備紮實的專業理論知識、較強的軟件工程實踐能力、富有創新意識及較強的再學習能力。
綜合素質與職業素養 良好的綜合素質與職業素養是畢業生能否取得職業成就的關鍵因素，有些素質如人際交流的能力需要在日常學習生活中得到鍛煉，但有些素質和能力需要在教學中著重培養，包括文獻檢索與利用能力、信息表達能力、外語應用能力、工程意識與創新意識及終生學習的能力等方麵。
2 課程體係建設
理論課程體係 根據人才培養目標體係，課程設置應體現各種能力的培養。結合人才培養目標和課程之間的內在聯係，對課程進行模塊化設置，強化基礎理論與專業能力的模塊化培養。課程體係由公共基礎模塊、基礎編程模塊、高級編程模塊、核心專業課程模塊、專業能力拓展等五個模塊組成。通過這些課程模塊的學習，使畢業生具備專業理論知識及專業技能，最終成長為一名合格的軟件工程師。
專業能力拓展模塊包括企業級軟件開發、軟件測試、數據庫工程師、嵌入式係統應用開發、軟件服務外包等五個拓展子模塊。學生有選擇地學習專業能力拓展課程，強化具體專業技能，通過對相關專業領域進行更加深入的學習和應用，拓展就業領域。
實踐課程體係 實踐課程是培養學生實踐能力、工程能力的重要載體[3]，通過基礎實踐、工程認知、綜合實踐、創新實踐四個層次構建實踐課程體係。
基礎實踐層次包括企業參觀及相關課程實驗，通過企業參觀，學生對行業現狀及未來從事的職業有初步認識，通過相關課程實驗為進一步提高專業技能打下基礎。專業課程是培養專業技能的核心，因此，通過加強考核力度，強化課程設計的實際訓練效果，同時鼓勵學生參加各類程序設計大賽，考取相關職業證書，參加相關學術報告以提升對新技術的跟蹤與認知。通過為期四周的軟件開發綜合訓練、畢業設計、企業實習，提高學生的綜合實踐能力。同時，為加強學生的創新實踐能力，學院建立專項基金資助學生進行科研實踐活動；學校層麵創建大學生創業產業園，製定優惠政策，鼓勵畢業生及在校生自主創業。
3 企業聯合培養
為培養滿足企業需求的合格應用型軟件工程人才，南京工程學院計算機工程學院與企業深入開展合作，在多年的教學實踐中，逐步摸索出校企合作、人才聯合培養的一些經驗。相對穩定的校外實踐教學基地達到16家，並於2012年與中軟國際聯合成立中軟國際國家級軟件工程實踐中心。實踐“3+1”校企聯合培養模式，經過前三年的在校學習，學生具備專業基本知識和初步項目實踐經驗，第四學年在企業頂崗實習。