（三）專款支出的核算
專款支出是指由財政部門、上級單位和其他單位撥入的指定項目或用途的挖潛革新改造資金、科技三項費用等指定項目或用途的支出。
為了反映和監督鄉鎮事業單位專款支出的使用情況，應設置“專款支出”科目。
該科目借方登記專項撥款的使用金額，貸方登記項目完工向有部門單獨列報的報銷數。該科目餘額在借方，表示尚未完工且未報賬的項目開支。本科目應按專款的項目進行明細核算。
（四）撥出經費的核算
撥出經費是指鄉鎮事業單位按核定的預算撥付所屬單位的預算資金。實行國庫集中支付改革後，財政資金在各單位間轉撥的情況將越來越少。
為了反映和監督鄉鎮事業單位撥出經費增減變化情況，應設置“撥出經費”科目。該科目借方記錄撥出款，貸方記錄收回款及年末轉入“事業結餘”科目數，結轉後該科目無餘額。如果有預撥下年度的經費，可結轉下年使用。
對所屬單位撥付的非財政補助收入和專款資金，應通過“對附屬單位補助”和“撥出專款”核算，不在本科目反映。本科目應按所屬單位的名稱設置明細賬。
實行國庫集中支付改革後，南財政部門直接向基層會計單位和二級會計單位撥付資金，不再通過主管會計單位，“撥出經費”科目也不再使用。而省級主管部門仍然要記“撥出經費”科目，主要是考慮對賬、決算、彙總等問題，因此改革後主管部門是否記“撥出經費”科目，南各地根據管理需要定。
（五）撥出專款的核算
撥出專款是指鄉鎮事業單位主管部門或上級單位撥付給所屬單位的需要單獨報賬的專項資金，主要包括同級財政部門或上級單位轉撥給所屬單位的專項撥款，以及本單位用白有資金設置的對所屬單位撥付的專項撥款。
為了反映和監督鄉鎮事業單位撥出專款的增減變動情況，應設置“撥出專款”科目。該科目借方反映撥出數，貸方反映收回及報銷款，餘額在借方，表示所屬單位尚未報銷數。年終結賬時，本科目借方餘額反映所屬單位尚未報銷的專項資金數。
（六）對附屬單位補助的核算
鄉鎮事業單位為了核算和監督對附屬單位撥付非財政性資金，應設置“對附屬單位補助”科目。該科目借方反映撥付給附屬單位非財政預算資金數，貸方反映收回補助款及年末轉入“事業結餘”的累計補助額，轉賬後該科目年末無餘額。
（七）上繳上級支出的核算
鄉鎮事業單位為了反映和監督附屬於上級單位的獨立核算單位按規定的標準或比例上繳上級單位的支出發生情況，應設置“上繳上級支出”科目。該科目借方反映按規定比例上繳上級支出數，貸方反映退回減少上繳數；平時餘額在借方，反映單位上繳上級支出累計數，年終結賬時，將本科目轉入“事業結餘”科目的數額；轉賬後本科目無餘額。
（八）結轉白籌基建的核算
結轉自籌基建，是指鄉鎮事業單位經批準用財政補助收入以外的資金安排自籌基本建設所籌集的資金。
結轉白籌基建轉存商業銀行後，交由單位基建部門管理，財務部門不再管理此項資金。待基建項目建成移交使用後，又轉入財務部門時，借記“固定資產”科目，貸記“同定基金”科目。
鄉鎮事業單位將白籌的基本建設基金轉存商業銀行時，根據轉存款借記“結轉白籌基建”科目，貸記“銀行存款”科目，年終結賬時，應將“結轉自籌基建”科目借方餘額全數轉入“事業結餘”科目，借記“事業結餘”科目，貸記“結轉自籌基建”科目。實際上，結賬分錄表明此項資金是用結餘資金轉存的。
（九）成本費用的核算
《事業單位會計製度》規定：“事業單位可以根據開展業務活動及其他活動的實際需要，實行內部成本核算辦法。”成本計算方法可參照製造企業的成本計算方法進行計算。
為了反映和監督鄉鎮事業單位成本費用，應設置“成本費用”科目。該科目借方反映實行內部成本核算的事業單位應列入勞務（產品、商品）成本的各項費用，貸方反映完工並驗收入庫的產品成本，餘額在借方，反映未完工產品的成本。成本核算業務較複雜的單位，可根據需要自行設置必要的成本核算科目。該科目應按經營類別或產品品種設置明細賬。
鄉鎮事業單位在業務活動或經營過程中發生各項費用時，借記“成本費用”科目，貸記“材料”、“現金”、“銀行存款”等科目。產品驗收入庫時，借記“產成品”科目，貸記“成本費用”科目。