（二）應繳款項的核算
1.應繳預算款的核算
應繳預算款是指鄉鎮事業單位依法組織或者代收的按規定應當上繳國家預算的收入。它主要包括單位代收的納入預算管理的基金、罰沒收入、無主財物變價收入和其他按預算管理規定應上繳預算的款項。鄉鎮事業單位發生的應繳預算收入款項，是國家財政收入的重要組成部分，必須加強管理。對於應繳預算收入，應當依法積極組織收入，並按時足額上繳，不得隱瞞其應繳預算收入，不得列作暫存不繳，不得挪用，也不得以任何借口截留、坐支或轉為“小金庫”。
為了反映和監督鄉鎮事業單位應繳預算收入的形成、上繳等情況，應設置“應繳預算款”科目。該科目貸方反映取得的應繳預算的各項收入，借方反映實際上繳應繳的預算收入，餘額在貸方，反映在期末應繳而未繳的預算收入款。年終本科目應無餘額。本科目應按應繳預算款項類別設置明細賬。
2.應繳財政專戶款的核算
應繳財政專戶款是指鄉鎮事業單位按規定代收的應上繳財政專戶的預算外資金。
應上繳財政專戶的預算外資金的範圍按財政部規定辦理。鄉鎮事業單位收到應上繳財政專戶款尚未上繳時，形成了一項負債。
為了反映和監督鄉鎮事業單位應上繳應繳財政專戶款的形成、解繳等情況，應設置“應繳財政專戶款”科目。該科目貸方反映單位按規定代收的應上繳應繳財政專戶款，借方反映實際上繳的應上繳應繳財政專戶款，餘額在貸方，表示單位應繳未繳的應上繳財政專戶款。年終應全部上繳，上繳後該科目無餘額。
3.應交稅金的核算
應交稅金，是指鄉鎮事業單位按照稅法規定應繳納的各種稅金，主要包括營業稅、增值稅、城市維護建設稅、教育費附加、資源稅以及所得稅等。
（1）增值稅的核算
鄉鎮事業單位應交的增值稅，在“應交稅金”科目下設置“應交增值稅”明細科目進行核算。“應交增值稅”明細科目的借方發生額，反映企業購進貨物或授受應稅勞務支付的進項稅額、實際已交納的增值稅；貸方發生額，反映銷售貨物或提供應稅勞務應收取我銷項稅額、出口貨物退稅、轉出已支付或應分擔的增值稅。期末借方餘額，反映單位多交或尚未抵扣的增值稅；期末貸方餘額，反映單位尚未交納的增值稅。“應交稅金——應交增值稅”科目分別設置“進項稅額”、“已交稅金”、“銷項稅額”、“出口退稅”、“進項稅額轉出”等專欄。
（2）營業稅的核算
營業稅是對提供勞務、轉讓無形資產或者銷售不動產的單位和個人征收的稅種。
營業稅按照營業額和規定的稅率計算應納稅額，其公式為：應納稅額=營業額X稅率。這裏的營業額是指鄉鎮事業單位提供應稅勞務、轉讓無形資產或者銷售不動產向對方收取的全部價款和價外費用。價外費用包括向對方收取的手續費、基金、集資費、代收款項、代墊款項及其他各種性質的價外收費。
鄉鎮事業單位按規定應交的營業稅，在“應交稅金”科目下設置“應交營業稅”明細科目。該科目借方發生額，反映單位已交納的營業稅；貸方發生額，反映單位應交納的營業稅。期末借方餘額，反映多交的營業稅；期末貸方餘額，反映尚未交納的營業稅。
（3）城市維護建設稅和教育費附加的核算
為了加強城市維護建設，擴大和穩定城市維護建設資金的來源，國家開征了城市維護建設稅。城市維護建設稅是按應交增值稅額、應交消費稅額或應交營業稅額為基數計算交納的。應交城市維護建設稅=（應交增值稅+應交營業稅+應交消費稅）X城建稅率。
教育費附加是國家為了發展我國的教育事業，提高人民的文化素質而征收的一種費用。這項費用按鄉鎮事業單位交納流轉稅（應交增值稅、應交營業稅或應交消費稅）的一定比例計算交納的，並與流轉稅一起交納。應交教育費附加=（應交增值稅+應交營業稅+應交消費稅）X教育費附加征收率。
（4）所得稅的核算
鄉鎮事業單位依照有關《中華人民共和國企業所得稅法》及其實施細則的規定，需要交納所得稅。鄉鎮事業單位計算交納的所得稅在“結餘分配”中核算，借記“結餘分配——所得稅”科目，貸記“應交稅金——應交所得稅”科目。