一下子從要權在握的將軍，跌落為人人唾棄的階下囚，邱會作自然是難以適應。首先是夥食問題。開始，他們每天隻有8角錢的夥食費，後來黃永勝向毛澤東、周恩來寫信，提出改善夥食的要求。毛澤東說：黃、吳、李、邱應該吃好，有資格吃好，也有錢吃好。也許毛澤東說此話的原因，還是想到了這些人曾為革命出生入死，浴血奮戰，對建立新中國有貢獻。這樣，從1971年11月1日起，邱會作的夥食就有了很大的改善，魚肉不斷。
在隔離審查期間，中央專案組隔三差五地提審邱會作，要他交代問題。以往都是自己審問別人，現在成了別人審問的對象，開始幾個月，邱會作心裏既恐慌又悲觀。但隨著時間的流逝，他在反省中也想開了，對自己所犯下的反革命罪行供認不諱，在審問中也積極主動地配合。
一個人一旦認識到了自己的罪行，無所奢望了，思想上和精神上都會放鬆下來。邱會作就是如此，告別了錯綜複雜的權力鬥爭，擺脫了林彪夫婦的牽製，自己的罪行該交代的也交代了，他精神上獲得了一種前所未有的輕鬆感，平常除了在規定的地方小跑鍛煉，還與看守人員聊天，睡覺也有規律。
1976年12月，邱會作被押解到北京秦城監獄。在這裏他又呆了近5年時間。秦城監獄的夥食標準仍是一如既往，冬天房內有暖氣，半個月可以洗一次澡，可以使用抽水馬桶，生活上並沒有像真正的囚徒那樣難過。以致後來邱會作保外就醫，離開秦城監獄剛到西安時，還說了這樣一番話：“這裏沒暖氣，洗澡看病又不方便，你們帶我回北京監獄吧！”
在經曆了長達近10年之久的囚禁歲月後，邱會作等一批反革命集團主犯終於等來了人民的公正審判。1980年12月10日，在特別法庭的第二次審判中，對邱會作的犯罪事實一一進行羅列舉證：他在林彪的指使下，對總後李聚奎、饒正錫、湯平等一些領導幹部，以“叛徒”、“階級異己分子”、“牛鬼蛇神”、“裏通外國分子”等等莫須有的罪名，進行了誣陷和殘酷迫害，其中湯平被迫害致死。邱會作對他的犯罪事實低頭認罪，表示接受懲辦和改造。最後法庭宣判：判處邱會作有期徒刑16年，剝奪政治權利5年，刑期從1971年9月被抓時算起。對此，邱會作很欣慰，因為他是“四大金剛”中判刑最輕的一個，其他3人均判為17年。
晚年的平靜生活
1981年8月，考慮到邱會作等人年事已高，曾經為革命事業立過功的事實，黨中央作出對他們“保外就醫”的決定。
邱會作的老伴胡敏原籍是陝西西安，這10年來也一直過著被審查、改造的日子，隨著邱會作的保外就醫，老兩口得以團聚。1981年9月，邱會作正式到胡敏的“娘家”定居。晚年的邱會作“婦唱夫隨”，由此曾被不少媒體打趣為“陝西倒插門的老女婿”。
剛到西安，老兩口居住在民宅區，房間麵積比較窄小，每月生活費100元，過著一般市民的生活。到1983年，他們的每月生活費增至200元、30斤糧、半斤食用油，有病在省人民醫院就診。
胡敏對老伴晚年的生活照料頗為盡心，到西安不久，便重操起醫生的舊業，開了個小診所，一來可以貼補家用，二來也方便有心髒病、肺氣腫等疾病的丈夫打針吃藥。在西安，邱會作曾多次住院，他一住院，胡敏就會跑前跑後照顧丈夫。當這對步履蹣跚的白發老人，相依相伴地出現在醫院的走廊和病房時，人們心中便漸漸淡去對邱會作的憎恨，取代的是對人非境遷的感慨。
雖然已是平民一個，邱會作仍非常留心國家和世界大事。20世紀80年代，他的經濟條件不允許訂購報紙，他就采取快借、快讀、快還的方式，向左鄰右舍借報紙看，鄰居也都願意借報給他。邱會作的一生多半從事軍隊的財政經濟工作，對中國的經濟改革尤為關心，經常在人前人後發些議論，暢談自己對國家經濟發展的觀點。除此之外，他把大部分時間用來練毛筆字和寫回憶錄。用他自己的話說，練字可以修身養神，充實生活；寫自傳可以省行悟事，對曆史和後人有個交代。
上世紀90年代初，邱會作夫婦的居住條件得到較大改善，組織上將他們安排在西安市南郊某幹休所安度晚年，住房麵積約170平方米，與原來的相比，真是天壤之別。邱會作每月的生活費也跟著漲至1500元，組織上還專為他配了一輛轎車。對此，邱會作及其家人都很感動，他們不止一次地向地方政府表示感謝。晚年生活衣食無憂，豐富充實，使得邱會作身體硬朗，精神飽滿。隻要與他接觸過的人，都會感到這位老人坐有坐相，站有站姿，腰杆筆直，走起路來挺胸昂頭，說起話來聲音洪亮，且思維條理清晰，廢話不多，絲毫看不出是個年過八旬的老人。
2001年底，邱會作因多種老年病纏身，被接回北京，組織上安排他住在協和醫院高幹病房進行觀察治療，直到次年7月18日在醫院安然逝去，終年89歲。（題圖為1980年11月29日，被告邱會作出庭受審）
（責任編輯：胡 北）