林彪一夥人明目張膽地迫害羅瑞卿，篡權的野心昭然若揭，引起軍內高層的極大關注和憤慨，隨即與林彪一夥人展開激烈的鬥爭。邱會作由於自身行為不檢點，再加上是迫害羅瑞卿的主要角色，首當其衝成了“公敵”。1967年1月下旬，總後勤部廣大幹部對邱會作的錯誤進行了嚴厲批判，並發展為包括罰跪、“做噴氣式飛機”等刑罰在內的嚴重武鬥，他被打斷一根肋骨，肩胛骨骨膜兩片肌肉斷裂。邱會作哪裏招架得住，立即寫信托人捎給葉群：“向林總求救！今後仍同過去一樣，隻要有一口氣，就堅決跟著林副主席走。”
其實，邱會作身陷囹圄的處境，林彪早就了然於胸，隻不過他想讓邱會作嚐點苦頭之後再解救，以獲得邱會作最大的感恩效果。果然，林彪接到求救信後，立即派葉群拿著他的手令於第二天淩晨，到總後機關把邱會作接到西山藏了起來。邱會作將此稱為“零點得救”，他在日記中肉麻至極地寫道：“25日零點40分，是我新生的時刻……林總挺身而出派夫人接一個人……想到這裏，抑製不住的感動從內心像炸彈一樣爆發出來……”
邱會作為了報答林彪給他的“新生”，稍稍站穩腳跟，立即按照主子的旨意，把總後原政委、副部長等領導幹部當作整鬥的重點，肆意加以迫害。林彪夫婦對這個“忠臣”的表現也非常滿意，處處為他打氣撐腰。3月17日，葉群在中央文革小組會上誇邱會作“是解放以來四個後勤部長最好的一個”。得到主子的讚賞，邱會作幹得更加賣力，他又策劃組織調查組，搜集總後勤部5名主要領導和各部一些領導的材料，使出渾身解數批鬥幹部、鎮壓群眾，並定期向葉群彙報進展情況。
此後在不到一年的時間內，邱會作可謂是官運亨通。在林彪的操縱下，他先是當上“三軍造反派”的“領袖”，後又被任命為副總參謀長兼總後勤部部長、軍委辦事組成員。他夥同吳法憲、李作鵬帶領一大批人大搞軍隊派係爭鬥，弄得軍隊人心惶惶，烏煙瘴氣；同時他們還變本加厲，把魔爪伸向葉劍英、陳毅、聶榮臻、彭德懷等將帥，喪心病狂地對他們進行誣陷迫害。此時在邱會作的眼中，林彪無疑就是自己生命中的“大救星”、仕途上的“大福星”。他在“遇難周年”時寫信給葉群，再一次表示對林彪“海枯石爛不變心”，還選製了象牙底座的台屏作為效忠禮物獻給林彪。對邱會作的“忠心”，林彪大為滿意，在他的又一次張羅安排下，邱會作於1969年4月當上中央政治局委員。
此時的林彪野心昭著，黨內的鬥爭錯綜複雜，形勢相當嚴峻，大有“山雨欲來風滿樓”之勢。雖然邱會作幫助林彪幹了不少事，但他遇事沉不住氣的性格還是讓林彪夫婦不放心。於是，在1970年初，葉群為了穩住邱會作，親自寫了《詠菊》詩贈送給他，用“寧可枝頭抱蕊老，不能搖落墜西風”，暗示他不要動搖。邱會作隨即把詩刻在菊花硯上，回贈葉群，表示決不動搖。
事實證明，林彪夫婦對邱會作的“敲打”是有道理的。從邱會作在廬山會議上的“表現”可見一斑。
“文化大革命”把林彪推上黨內“第二號人物”的高位，然而，野心勃勃的林彪希望在國家職務中也能取得與他在黨內相稱的地位。可毛澤東卻有自己的想法，建議第四屆全國人民代表大會修改憲法，不設國家主席。在此大背景下，林彪便想通過1970年8月23日在江西廬山召開的九屆二中全會串通同夥，弄個國家主席當當。於是，便有了林彪、陳伯達、吳法憲、邱會作等人在會上大肆鼓吹“稱天才”的醜徑。在他們看來，隻要證明“馬恩列斯”、毛澤東是天才，憲法中就能寫進“設國家主席”這一條。邱會作在會上參加西北組的討論時說：“林副主席說‘毛主席是天才……’可有人說天才、創造性發展是一種諷刺，就是把矛頭指向毛主席、林副主席……”盡管林彪及其心腹費盡心機，但並沒能達到目的。
8月25日，毛澤東得知林彪等人在會上的動作後，立即召開中央政治局常委擴大會議，製止了有關“稱天才”的討論，並讓周恩來等人連續同吳、李、邱談話。邱會作當時心裏就慌了，一再提出要從會議記錄中剪去他的發言記錄。這時，葉群趕緊出麵為其壯膽：“你們犯錯誤不要緊張，還有林彪、黃永勝在嘛！……大鍋裏有飯，小鍋裏好辦。”邱會作這才穩住陣腳，在談話中沒牽扯出林彪來，隻講了自己的錯誤。通過這次真刀真槍的考驗，林彪夫婦對邱會作的信任度有所降低，以至於後來搶班奪權的核心行動，邱會作沒有被派上更大的用場；而邱會作自此對林彪的“盡忠”行為也有所收斂。這也是他後來站在人民的審判席上時，在“四大金剛”中判刑最輕的重要依據。
十載囚禁生涯從悲觀到輕鬆
1971年，當震驚中外的九一三事件發生後，邱會作便自知大難臨頭，整個人精神恍惚，睡不好，吃不香。對九一三事件尚不知情的妻子胡敏曾不止一次問他怎麼回事，邱會作隻是搖頭歎氣。果然，在9月24日早晨，邱會作從家裏出去到人民大會堂開會，再也沒能回來。那天上午8點30分，周恩來以毛澤東的名義在人民大會堂宣布：黃永勝、吳法憲、李作鵬、邱會作暫時離開工作崗位，反省自己的問題。接著，邱會作被帶往位於順義縣的北京衛戍區第三師師部，在那裏生活了5年又3個月。