虛擬企業成員所分享的收益由估計成本補償、利潤分成和風險補貼三部分組成。為了進行收益分配並保證虛擬企業的成功，盟主企業需要為虛擬企業進行成本規劃。盟主企業在啟動虛擬企業之前就應該通過市場調研確定顧客可接受的該產品的價格（即虛擬企業的總收益），並將總收益劃分為總估計成本（依據市場價格和技術複雜度確定）、總風險補貼（依據虛擬企業風險程度確定）和總名義利潤。
（1）估計成本。
為了保證多贏原則，虛擬企業的各成員獲得的收益至少應該高於其生產成本。但依據生產成本進行收益分配會導致成員誇大自己的生產成本，甚至遠高於合理生產成本。因此，應當依據市場價格確定成員所負責分包項目的估計成本。作為成本規劃的一項重要內容，盟主企業還需要以總估計成本為基礎，參考市場價格，確定各分包項目的估計成本。各分包項目估計成本是盟主企業選擇合作夥伴，與合作夥伴進行組建談判時的重要內容。為了保證虛擬企業的贏利，盟主企業應盡可能選擇生產成本低，也就是能接受更低生產成本的夥伴。與合作夥伴就分包項目的估計成本達成一致是虛擬企業組建的前提條件。
盟主企業可以根據在選擇合作夥伴過程中的實際談判情況調整各分包項目的估計成本。但項目的總估計成本不應在虛擬企業的總收益中占過大的份額，否則盟主企業就應該尋找新的合作夥伴或放棄該項目。
（2）風險補貼。
虛擬企業組建之後，盟主企業就可以和合作夥伴一起評價虛擬企業所麵臨的風險。模糊綜合評價法是虛擬企業進行風險評價的常用定量方法。該方法是用模糊數學對受到多種因素製約的事物或對象做出一個總體的評價。運用模糊綜合評價法評估虛擬企業風險的具體步驟為：首先，確定風險因素集的權重。采用層次分析法測出風險因素的權重再次，進行風險模糊綜合評估。最後，根據隸屬度最大的原則確定虛擬企業風險發生的可能性。
應用多級模糊綜合評判法不但可以對虛擬企業的整體風險進行評判，也同樣可以用於對分包項目的整體風險進行評價。
模糊綜合評判的評語很容易轉換為定量表征虛擬企業整體及各成員所麵臨的風險程度的風險係數。盟主企業依據虛擬企業的整體風險等級確定應該從虛擬企業總收益中拿出多少用於風險補貼，虛擬企業所麵臨的風險越大，總風險補貼也應該越大。
成員間再依據各自的風險係數對總風險補貼進行分配。
（3）利潤分成。
在總收益中扣除了總估計成本和總風險補貼後，剩餘部分就作為名義利潤由提供稀缺資源的盟主及核心成員分享。分享的依據是各成員所提供資源的稀缺程度。稀缺程度的評價依然可以采用模糊綜合評價法，並可方便地將其轉換為定量的稀缺係數。
6.2.3虛擬企業收益分配模式
收益分配模式是虛擬企業有效的適應性選擇，不同的虛擬企業傾向也會有所不同。受市場機遇的性質、行業特征、成員企業的市場勢力、發展戰略、風險和收益的可能性等因素的影響，虛擬企業可選擇共享產出利益分配模式、固定報酬模式和混合利益分配模式。共享產出利益分配模式是按照成員企業對虛擬企業的貢獻大小而從虛擬企業中獲得一定的利益份額，這是一種利益共享、風險共擔的分配模式。固定報酬模式是虛擬企業根據各成員企業承擔的任務，按事先協商的標準從總收益中支付固定的報酬，而核心企業享有其餘全部剩餘，同時也承擔全部風險。混合利益分配模式是以上兩種模式的混合形式。