4.資產投入與收益分配核算。目前獨立學院的資源投入者不僅要具有所投入資產的所有權，又要收取合理回報，但在投資者投入時又沒有會計科目核算其投入資產和資金，也沒有會計科目核算其收益和分配，這對於投資主體多元化的獨立學院來說，不能反映各投資主體權益構成比例和投資各方淨收益分配情況。
二、構建我國獨立學院會計核算製度的設想
我國獨立學院會計製度的設計理念是：實施科教興國戰略，規範獨立學院辦學行為，促進獨立學院健康發展，維護獨立學院舉辦者、投資方和學校、教師、學生的合法權益，彰顯我國獨立學院的公益性特征，增加獨立學院價值，維護社會和諧與穩定；又要考慮到獨立學院是一個不以盈利為目的的帶有公益性質的社會組織，以便於同其他民辦或公辦高校之間進行橫向比較。
（一）關於會計核算基礎
會計核算應當以權責發生製為基礎。但考慮到獨立學院學生一般在秋季開學時一次性交清本學年的學費，計入當月的收入。如果在以後的每個月內確認收入，那麼發生的相關支出也需如此處理，以便於收入和費用相匹配。但是，有些支出很難分攤，配比性原則較難實現，反而增加了不必要的工作量。所以，對於學費收入的確認，可以采用修正的或不完全的權責發生製。
（二）會計核算所采用會計科目的調整
1.資產類會計科目。（1）基本建設會計應納入學校財務統一核算，在學校財務賬目上增設“工程物資”、“在建工程”兩個一級科目。“工程物資”科目核算學校為基建工程準備的各種物資的實際成本、尚未交付安裝的需要安裝設備的實際成本以及預付大型設備款等的實際成本。學校購入不需要安裝的設備，應當在固定資產科目核算，不在本科目核算。“在建工程”科目核算學校進行基本建設（包括新建、改建和擴建工程）發生的實際支出。“在建工程”一級科目下又可設置三個二級科目。一是“建築工程”科目，該科目核算學校在基本建設期間為建造房屋、建築物等土建工程所發生的支出，本科目按單項工程進行明細核算。二是“安裝工程”科目，該科目核算學校在基本建設期間進行設備安裝所發生的人工、材料、機械作業等費用。三是“待攤基建支出”科目，該科目核算學校發生的構成基本建設實際支出，按照規定應當分攤計入交付使用資產成本的各項費用支出。（2）為合理劃分資本性支出與收益性支出，實行固定資產折舊製度。對於獨立學院發生的資本性支出，應通過計提折舊、分期攤銷的方式均衡計入學校成本，應增設“累計折舊”科目，該科目核算獨立學院固定資產的累計折舊。（3）取消“對校辦產業投資”和“其他對外投資”科目，增設“短期投資”、“長期投資”兩個科目。“短期投資”核算獨立學院能夠隨時變現並且持有時間不準備超過1年（含1年）的投資，包括股票、債券投資等。“長期投資”核算獨立學院除短期投資以外的投資。增設“短期投資跌價準備”、“壞賬準備”和“長期投資減值準備”科目。
2.負債類會計科目。取消“借入款項”科目，增設“短期借款”和“長期借款”科目。“短期借款”核算獨立學院向銀行或其他金融機構等借入的期限在1年以下（含1年）的各種借款；“長期借款”核算獨立學院向銀行或其他金融機構等借入的期限在1年以上（不含1年）的各種借款。同時，為加強負債管理，增設“應付職工薪酬”、“應付利息”、“應交稅費”等科目；為核算或有事項，增加“預計負債”科目。