1921年4月，在廣州舉行的國會非常會議上，孫中山被選舉為中華民國非常大總統，焦易堂任大元帥府參議，直接在孫中山先生身邊鼓動宣傳革命。汪精衛為廣東省教育會長、廣東政府顧問，職位還在焦易堂之下。就在這一年11月，北伐軍興，焦易堂以大本營參議的身份隨行孫中山左右，籌劃軍事。1922年6月，陳炯明公開叛變，炮轟總統府所在地越秀樓。焦易堂心係孫中山安危，冒著槍林彈雨到處打聽下落，登上永豐艦探望。後來，焦易堂作為孫中山特派員，返回北方，奔走陝西、河南諸省，自己出資將孫中山的《三民主義》《五權憲法》等演講稿印了20餘萬份，廣為分發，得到孫中山讚賞。也就在這一年，汪精衛被孫中山任命為總參議，他開始以孫中山忠實信徒自居。
1923年2月，孫中山在廣州東郊重新設立大元帥府。焦易堂聽從孫中山先生的召喚，立即到廣東，隨侍孫中山左右。後，焦易堂奉孫中山命赴北京與謝持、王用賓等在國會中組織黨團，嚴詞拒絕賄選總統曹錕重金高爵拉攏，約集反對賄選的200餘參、眾兩院議員，聯名發表宣言，聲討曹錕賄選。
1924年1月，國民黨一大在廣州召開，焦易堂出席，牽線促成胡景翼拜訪孫中山。此後，焦易堂即赴北方，聯絡馮玉祥、胡景翼、孫嶽等，謀劃推翻曹錕賄選政府的北京政變，把賄選總統曹錕趕下了台，驅逐清遜帝溥儀出宮。當年10月19日，焦易堂被孫中山任命為大元帥府軍事委員，專事聯絡北方軍事，後代表國民軍親赴廣州，護送孫中山、宋慶齡自滬乘船到津，轉道北京。孫中山在北京住院養病時，命焦易堂、汪精衛等，組成國民黨中央北京政治委員會，處理北方國民黨事務，兩人再次共事。
1925年春，孫中山病逝北京後，焦易堂和汪精衛操持後事，扶孫中山靈柩去南京，參加了在南京紫金山墓地舉行的奉安典禮。焦易堂在1925年9月初，回陝籌建了國民黨陝西臨時省黨部，奔走河南、陝西等地，說服樊鍾秀部和馮玉祥的國民軍盡快出師參加北伐，與國民革命軍會師，為北伐勝利、全國統一做出了貢獻。
北伐勝利後，汪精衛以孫中山繼承人自居，聯絡地方軍閥和國民黨左派，大搞寧漢分裂，爬上高位，立即違背孫中山的三民主義宗旨，殘殺共產黨人和革命群眾。1930年又聯合馮、閻反蔣，1931年在廣東另立國民政府，和蔣介石為領袖的南京政府對立。
且說汪精衛，強烈反對中醫藥，完全是從個人領袖欲出發。他聲稱：“國醫言陰陽五行，不重解剖，在科學上實無根據，至國藥全無分析，治病效能殊為渺茫。”汪精衛變本加厲，甚至主張“凡屬中醫不許執業，全國中藥店限令歇業”。
汪精衛主張廢除中醫，
焦易堂據理力爭
這一廢除中醫的言論，可以說極其陰險，甚至一些留學國外回國的知識界人士，如傅斯年等，都受到蒙蔽，單純天真地認為是一場學術之爭，紛紛發表言論，支持汪精衛廢除中醫藥。一時間，全國各地，特別是在醫療界、知識界立即爆發了一場關於中醫廢存的大辯論。
汪精衛看到自己引火成功，立即變本加厲，試圖架空焦易堂擔任館長的中醫館，限製其權力。1933年6月27日，汪精衛主持行政院第112次會議，以國醫館為學術團體，不宜管理中醫，再次否決了焦易堂關於中央國醫館管理國醫的提案。
焦易堂當時兼任立法院法製委員會委員長。他利用這一身份，在立法院開會討論前走訪各委員，解釋其中因由，使此案在法製委員會會議上獲通過。但在立法院的立法委員全體大會時，因分歧較大而未通過。在這次會上，主張保存國粹一派，和主張廢除中醫一派爭論非常激烈，以致焦易堂聲稱要辭職，可見當時鬥爭的激烈程度。
存廢兩派爭論的焦點，當然主要是中醫管理權，附帶還有“國醫”這一名詞。當時反中醫的學者傅斯年曾說：“中國人到了現在還信所謂中醫者，大致有幾個原因。最可恕的是愛國心，可惜用的地方大錯了……我隻提醒一句，其實醫學在現在並無所謂國界……我以為目下政府及社會上人應該積極注意此事，想法子不再為所謂‘國醫’丟國家民族的醜了！”