清華同方的知識運作能力，具體表現在如下三個方麵：
1.技術能力。這是指對孵化項目與企業的技術預測與工程化研究的能力。
2.金融能力。這是指為了項目與企業孵化所必需的資本籌措與運作能力。
3.管理能力。這是指對孵化項目與企業的參與決策和實施控製的能力。為此，清華同方建立了一係列的項目管理製度。
對於一個項目與企業的孵化來說，這三個方麵的能力缺一不可。上市之前，清華同方的骨幹企業在十餘年的滾打中培養了技術能力與管理能力；通過上市，清華同方又獲得了金融能力。
清華同方作為一個知識型企業，之所以能夠迅速崛起，是與其同清華大學、其他校企以及社會企業所建立起來的一個完整的知識（創新）網絡分不開的。從某種意義上，這種知識網絡構成了同方高速發展的保證。
在清華同方所構成的知識網絡中，清華大學是一個知識生產源，它構成了清華同方知識及其載體——人才的重要來源。清華同方是一個知識創新源，它不斷地將清華大學的知識與知識能力轉換成新的產業，或者以此為基礎孵化成新的企業。社會企業是清華大學與清華同方的知識創新成果——新的產業與新的企業的接納源。而其他校企則與清華同方形成一種平行的競爭與合作的關係。
在清華同方的知識網絡中，清華同方與清華大學所建立的網絡聯絡對於清華同方的知識運作是極為重要的。
並行工程
（Concurrent Engineering，CE）並行設計過程是集成的、並行的設計產品及其相關過程，包括製造過程和支持過程的係統化方法，它強調滿足用戶的設計要求。用戶的需求不僅僅是使用者對功能的要求，而且是產品生命周期中各相關過程的需求，即從功能要求擴展到對製造、成本、裝配、測試、安全、服務、環境等的產品生命周期的需求，這種需求的增加即設計要求的擴展，體現出並行設計過程的複雜性、綜合性和交互性。並行設計過程結束之後，除生成產品的整套工程圖樣（包括裝配圖、部裝圖、零件圖）外，還生成與該設計對象相應的產品設計方案，即形成包括產品裝配模型、部件及零件圖的裝配約束、裝配層次關係，以及裝配過程和零件的各項參數的設計記錄文檔。
一、並行工程的具體內涵
1.並行工程的目標是實現產品的高質量、低成本、上市快及滿足用戶的多種需求。
2.並行工程是一種係統化的工作模式。
3.並行工程以產品為中心，組成由有關部門代表參加的多學科小組進行“團隊”工作。
4.並行工程十分重視采用新型的信息化的先進設計、製造技術，以支持產品及其過程的數字化定義、計算機輔助設計與製造、計算機輔助下遊可實現性設計、計算機輔助團隊協同工作及各階段部門間的信息集成等。5.並行工程要求企業的成員具有與之相應的素質，其中，尤其是團隊協同工作的素質，並掌握有關協同工作的新技術。
並行工程環境下的產品開發活動與順序工程有很大不同，這種不同對各類計算機輔助工具提出了新的要求，推動了麵向各類設計工具的研製和開發。對知識源怎樣求解問題，以及做出設計決策的假設不同，將導致不同類型的並行工程的處理模型不同。
二、並行工程的特點
1.強調團隊工作精神和工作方式。
2.強調設計過程的並行性。
3.強調設計過程的係統性。
4.強調設計過程的快速“短”反饋。
三、並行工程的實施途徑
1.以集成製造信息係統和軟件要求為主。該方法認為及時、相關和精確的信息服務是並行工程的基礎，認為成功實施並行工程的關鍵是形成設計過程中有效可用的數據庫、軟件和專家係統。
2.計算機輔助設計（CAD）和計算機輔助製造（CAM）工具集成。這種集成基於特征設計，以特征為基礎的CAD／CAM集成的概念框架是：
（1）確定設計的功能和行為；
（2）確定製造工藝計劃；
（3）確定設計和製造特征，設計特征應考慮製造中的經濟性和難易程度；（4）發展以知識為基礎的管理係統。