雖然各種自組織理論研究問題的角度各有特色，但卻一致地認為，係統的循環是由係統內部以及係統與環境的相互作用引起的，相互作用是事物發展的終極原因；而係統各子係統（要素）之間的複雜相互作用，在整體上表現為一定的循環形式。普利高津（1990）通過對化學振蕩等自組織過程的研究，揭示了非線性及交叉催化循環作為係統自組織的基本條件的原理，他指出：“滿足此種化學震蕩出現的基本條件是自發的或者交叉的催化關係，它們的作用在於它們引導出現非線性行為。請記住核酸產生蛋白質，而蛋白質又導致核酸產生；蛋白質和核酸之間存在一種交叉催化循環。”經濟係統中各種超循環就意味著存在非線性作用（張本祥，孫博文等，1996），並且，超循環結構的穩定性正來源於子係統之間的功能耦合造成的非線性（吳彤，2001）。因此，“自組織理論的相互作用構成循環的結論，深入地揭示了作為係統演化內部動力的相互作用，競爭和協同與係統循環演化形式之間的內在聯係”（沈小峰，1993）。
高新技術企業集群的形成、成長和發展過程中各種非線性作用的產生和存在，具體地表現為各種超循環結構的形成、發展、解構和重組，並體現出高新技術企業從彼此孤立向相互關聯，從部分到集群整體的過渡形式。而高新技術企業集群與環境的密切聯係，以及集群內部專業化分工和要素的多樣性、差異性為各種超循環結構的產生和發展奠定了基礎。
從超循環論觀點看，高新技術企業集群由眾多企業等主體（要素）構成，這些組織類似於超循環中的突變體 I1、I2 等，是形成超循環組織的經營實體。企業經營活動中相關的各種行為、能力、信息、技術等因素類似於複製酶 E1、E2 等，除了驅動企業自身發展外，還影響到其他企業和功能耦合的“催化劑”。在集群規模和個體數量擴張的過程中，新的高新技術企業的出現和進入稱為所謂的“擬種”。擬種可以是集群內從業員工新創立的、衍生的高新技術企業，也可以是外界遷移過來的。這些企業將會對原有循環結構產生潛在影響。在高新技術產業，新技術、新企業不斷湧現，技術人員自立門戶創辦新企業的現象十分普遍，這些衍生的高新技術企業就扮演著“擬種”的角色。高新技術企業集群係統與生物係統的類比關係。
本質上講，用超循環理論討論高新技術企業集群中非線性作用的主要觀點是與其他非線性或集群相關的理論觀點相一致的。從係統動力學（System Dynamic s）角度看，高新技術企業集群存在正反饋和負反饋兩種基本形式，正反饋具有自我加強，自我促進的作用，而負反饋具有自我調節，自我抑製和穩定的作用。超循環組織是這兩種基本形式耦合而成的多重反饋結構。從產業集群理論看，邁克爾·波特曾指出，集群一旦啟動和開始形成，“就會出現連鎖反應，因果關係也很快變得模糊”（邁克爾·波特，2003），而且“會出現一個自我強化的循環”（邁克爾·波特，2000）。從社會經濟網絡理論看，高新技術企業集群是處於市場和等級之間的企業網絡組織形式，企業通過分工協作、共享資源或文化認同等行為相互促進，相互纏繞，實現循環互動。從國家（區域）創新係統理論看，創新係統實際上是一種網絡結構的超循環係統，因為其包含多重關係，在政府、大學、科研機構和產業界之間構造一種新型的互動關係（吳彤，2001）。而上述各種理論之所以有異曲同工之妙，其根本原因在於經濟（集群、創新）係統內存在的非線性本質，強調各個要素之間的功能耦合、多重反饋和循環催化的互動關係。