但是，自然界演化過程中形成的有序結構並非都是平衡結構，還廣泛存在著具有不同特點的另外一類有序結構，即非平衡有序結構。生物機體、城市係統、經濟係統都是典型的例子。這種係統結構總是處在一種非平衡定態，其形成和演化全過程都必須不斷與環境進行物質、能量、信息的交換，係統與環境高度相關。如果把係統從環境中孤立起來，則其結構立刻就會瓦解，功能隨著消失。並且這種有序結構往往作為一種過程而展開，通常表現為一種空間有序、時間有序或功能有序的“活”的結構，時間具有單向性、不對稱性和不可逆性的特點。協同學、耗散結構理論對這種非平衡有序結構和非平衡相變的機製和條件進行了研究。
6.1.3 高新技術企業集群與非平衡經濟係統
從以上討論可知，開放係統有三種穩定存在的方式，一是平衡態，二是平衡態附近的非平衡定態，三是遠離平衡態的非平衡定態。開放係統的這三種狀態都與係統的穩定性有關（包括原有穩定、經過非穩定回複到原有穩定或形成新的穩定）。係統處在平衡態時能夠自動穩定；係統處在近平衡定態時，仍然是漸近穩定的狀態，當係統受到外界擾動和內部漲落的影響而偏離定態後，隨著時間的推移仍將回到原有的穩定狀態。這就是說，當係統處於平衡和近平衡時，都能自動回到或處於原有的穩定狀態，不可能產生新的有序結構和新的自組織能力。但是，當係統通過外界推動和內部作用逐漸遠離平衡態的時候，係統隨時間變化可以出現穩定、不穩定和臨界穩定三種狀況。普利高津（1998）指出“在不穩定可能存在的情形，我們必須確定一個閾值，即與平衡態的距離，在該閾值上漲落可能引出新的狀態，不同於作為平衡態或近平衡態係統之特征的‘正常’穩定狀態”。這意味著，當係統越過臨界點進入不穩定態後，微小的漲落和擾動就可以使係統由不穩定態轉化到新的穩定狀態，形成有序度高的耗散結構。
由於人的參與和能動作用，現實的經濟係統總是對平衡態產生一定程度的偏離，即經濟係統是非平衡的，不可能處於絕對靜止、孤立和均勻的平衡態。但在不同的條件和機製下，經濟係統仍可以分為近平衡態和遠離平衡態兩種。例如，改革開放前，我國一直實行高度集中的計劃經濟體製，平均主義和單一的所有製結構使國民經濟係統長期處於處處相對均勻的低水平有序狀態，是一種接近平衡態的經濟係統。實行改革開放政策後，我國經濟體製經曆了計劃經濟為主、市場調節為輔的，以公有製為基礎的有計劃的社會主義商品經濟等一係列變化，經濟係統外界聯係和開放性增強，係統內部出現分化，出現更強的多樣性和差異性，逐步擺脫傳統模式，對原有近平衡態產生較大的偏離。隨著改革深化，加入 WTO和融入經濟全球化生態圈，經濟係統已經遠離計劃經濟體製，即經濟係統遠離了平衡態。在適當的時間和條件下，經濟係統性質將發生突變，成為一種開放、有序和功能優化係統。從自組織理論看，這就意味著我們所追求的建立健全社會主義市場經濟體係目標的實現。