“帝國瘦身”
在資本擴張戰略和回歸專業領域受阻之後，趙新先也漸漸意識到了問題的嚴重，龐大的三九集團已經過於臃腫，無法輕鬆前行，於是他做出了三九集團必須“瘦身”的決定。他參與了大量的談判，希望能大量剝離前景不明朗的行業，收回投入的資金。可是長年積蓄下的桎梏又怎能立刻輕易撇開？
雖說“瘦身”並不容易，但如果趙新先能夠繼續按計劃進行，停止擴張的步伐，冷靜分析眼前的形勢，可能事情就不會繼續惡化下去。然而，就在三九極力“瘦身”的時候，趙新先卻又出人意料地投資5億元在深圳東部籌劃開建一個規模驚人的健康城，其中包括有90個洞的國際上最大的高爾夫城、一個超豪華的五星級健康賓館，以及一個包括療養院、臨終醫院和特殊護理醫院在內的大型綜合健康服務係統，總投資將超過40億元。此時的趙新先在做最後一賭：贏了，就能堵上之前的資金缺口；一旦輸了，三九集團將會麵臨更為巨大的資金黑洞。最終，趙新先賭輸了，不但三九健康城項目因後續資金不足，相關手續不全被深圳市政府緊急叫停，趙新先本人也因這個項目而掉入泥潭。
三九帝國危機爆發
2003年9月28日，一篇名為《98億貸款：銀行逼債三九集團》的文章見諸媒體，披露三九共欠銀行貸款餘額98億元，已經陷入巨額財務危機。接下來的一個多月裏，債主紛紛上門討債，三九總部一片混亂，一些銀行甚至開始封存三九資產，凍結質押股權，並向法院提起了訴訟。三九在全國各地的數百家子孫公司也都成了銀行逼債的對象，有的子公司甚至資金鏈斷裂，生產經營陷入停頓，隻好宣布破產。
對於所有企業來說，銀行信用的破產幾乎是致命的。在這樣的時候，試圖自救的趙新先突然把矛頭對準了國有資產的擁有者。他認為三九負債率偏高的根源在於作為國有企業的三九集團，其國有出資人沒有履行出資義務。
趙新先的這些言論其實是拿他的職業生命當了賭注，他又一次將寶押在了賭注上。然而，事與願違，就在那次發言兩個月後的2004年5月16日，國資委黨委書記李毅中親赴深圳，突然宣布趙新先離職退休，免去了他三九企業集團總經理、黨委書記職務。同時給予他“四十年如一日，為我國的醫藥事業，為三九企業集團的發展，做出了突出貢獻”的評價。
傳奇教父身陷囹圄
2005年年初，新班子上任後，三九集團隨即進行內部審計，對旗下子公司財務情況進行全麵巡檢。同時，在公安部部署下，廣東省、深圳市公安局經濟犯罪偵查局及檢察院也介入偵查，調查揭出多起三九集團下屬企業的貪汙腐敗案件。
2005年11月19日，趙新先在北京被捕，原本以為安全著陸的他在退休了兩年多後又成為備受關注的焦點人物。
2007年6月27日上午，趙新先因“國有公司人員濫用職權罪”，被深圳市羅湖區法院一審判處有期徒刑一年零九個月。所謂濫用職權罪，是指國家機關工作人員故意逾越職權或者不履行職責，致使公共財產、國家和人民利益遭受重大損失的行為。其他三名前三九集團高管，皆因同樣罪名獲刑。案由是在2000年決策收購香港昌騰公司股權，進而控股位於深圳龍崗區的梅沙海景高爾夫項目（三九大龍健康城項目）時，“未作評估、未經集團黨委討論、未報上級審批、未進行可行性論證的情況下，超越職權決定或積極推動涉案股權收購協議的簽訂、履行，致使三九企業集團遭受重大損失，造成了惡劣的影響”。
值得注意的是，此次判刑意味著趙新先等人的問題在於管理，而此前傳聞的“個人經濟問題”未被法庭考慮。
趙新先低調複出和三九易幟
外界對“中藥教父”趙新先的記憶尚未淡去，2008年7月，現年67歲的他又以新身份重新步入公眾視野。有媒體報道稱，曾經叱吒醫藥界的原三九企業集團董事長趙新先在出獄數月後，於前不久以顧問的身份加盟南京小營藥業集團。
而與此同時，媒體上也出現了另一條與三九有關的消息，即華潤對三九藥業的重組進入收官階段，新三九已經徹底成為華潤進軍藥業的子弟兵。
華潤入主後，隨著最核心企業三九醫藥的“內債”、“外債”雙重難題獲得一攬子解決，曆時3年半的三九集團整體重組塵埃落定，長期受阻的三九醫藥股改也已經啟動。
案例點評
三九集團可謂是由趙新先一手打造，精心養育了20年的結晶，他曾多次把三九比作自己的孩子。如今，這個孩子徹底改姓華潤，與教父形同陌路，不知麵對此情此景趙新先心中會作何感想？三九帝國夢成了趙新先心中永遠的痛。
回顧三九的發展曆程，誠然，在創業初期，趙新先的膽識和謀略為三九開創了一條陽關大道。然而，巨大的成功使得趙新先的個人英雄主義情結不斷膨脹，其在三九後來發展中的決策明顯存在著盲目性。同時，隨著集團的不斷擴大，企業的相應管理機製也沒有進行調整，這一切都導致集團的管理嚴重失控，企業資金鏈最終斷裂。其實，三九很早就應該發現自身內部存在嚴重的財務問題，且贏利能力也在大幅減退。為何這麼多年來，公司沒有采取任何有效的措施，及時解決這些問題呢？究竟是什麼原因造成了三九今天的結局，使得昔日的明星企業、明星老總落得個被銀行逼債、身陷囹圄的下場呢？我們可以從企業內部控製和風險管理的角度來探究其中的原因。
1.“一人機製”的弊端
“一人機製”可謂是三九衰落的根源。正如上文中提過的那樣，三九集團表麵上是國有產權，但事實上卻是趙新先個人的王國。這種情況從趙新先開辦南方藥廠到他離任之前都未曾改變過。藥廠剛成立時，由於企業規模較小，條件較差，企業麵臨基本的生存問題，這時候決策者一般都非常謙虛謹慎，風險意識也比較強，因此這種機製可能有利於企業的發展，但當企業發展為集團公司的時候，就應該逐步建立規範的公司治理結構。然而，在三九企業集團組建之時，解放軍總後勤部給予趙新先充分放權，在組建企業集團的文件中明文確定隻管趙新先一人，由他對企業全部資產的增值和安全負有全權責任。逐漸地，這種機製被一直延續下來，三九既不實行現代企業製度，也不遵守上市公司規則，而由趙新先一個人說了算。在三九集團內，趙新先是董事長、總經理兼黨委書記，下麵不設副總經理，集團總部隻設黨務部、財務部和人事部三個機構。趙新先之下設五個秘書，分別處理相關具體事務。正是這種“一人機製”為三九集團以及趙新先個人的悲劇埋下了隱患。
三九集團的上級對趙新先授權一個人說了算，可以說是三九先天性的失誤，後來逐步發展成為領導製度和決策機製，則成為一種製度性的缺陷，具體表現在公司的治理結構沒有形成合理的內部製衡機製，也沒有適當的監督和約束，一切權力集中於趙新先一人。然而，時代在進步，科技在發展，企業管理者每天都要麵對許許多多層出不窮的新情況、新問題，尤其是在市場瞬息萬變、競爭激烈的情況下，個人對信息的了解、知識的掌握、經驗的積累以及決策指揮能力都是有限的。因此，這種製度缺陷必然導致企業決策失誤。一味貪大求全，以及企業內部監督約束機製缺位、管理失控，最終將企業推入失敗的深淵。
在上交所和深交所2006年頒布的《上市公司內部控製指引》和國資委的《中央企業全麵風險管理指引》，以及財政部等五部委的《企業內部控製基本規範》中，都明確規定了企業應當建立規範的公司治理結構，明確決策、執行、監督等方麵的職責權限，形成科學、有效的職責分工和製衡機製。試想一下，如果三九集團擁有良好的內部環境，董事長、監事會會長和總經理不集中於趙新先一人身上，股東大會、董事會、監事會、管理層能起到科學分工、相互製衡的作用，趙新先個人的權力也就不會過大，也不會因其個人的決策失誤導致三九大廈的傾斜甚至倒塌。
“20年來趙新先為三九付出的努力有目共睹，他的落馬非常可惜。這也是最好的例子，證明法人治理結構不健全所造成的毛病。自己決策、自己執行、無人監督，沒有誰能製約他。”國資委主任李榮融如是說。
2.投資擴張的戰略失誤
《企業內部控製基本規範》第二十條規定，企業應當根據設定的控製目標，全麵、係統、持續地收集相關信息，結合實際情況，及時進行風險評估。而綜觀三九集團的三次戰略擴張，每一次決策都帶有很大的盲目性，甚至是憑感覺做出的，不但沒有很好地進行風險評估，沒有及時識別、係統分析這些並購活動將會給企業的經營活動帶來哪些風險，更談不上製定風險應對的策略和措施了。這種疏忽和無視風險的觀念和行為直接造成了很多貌似華麗的項目損害了三九的財務體係，致使其巨額負債。