這期間，以剛正著稱的抗倭名將俞大猷無視地方官與海商之間的默契，率軍攻打汪直的商幫，並視之為倭寇。汪直逃到日本，重整旗鼓之後，率領近千艘巨艦，沿著大明朝的東南沿海耀武揚威，並自號“徽王”。以徐海為首的海盜，也趁機作亂。大明朝綿延數千裏的海防同時告急，轟動了北京。這被稱作“壬子之亂”。三年後的1554年，一代名臣胡宗憲，出任浙江巡按督察禦史，汪直的命運，也發生了重大轉變。
胡宗憲也是徽州人，和汪直是老鄉。他主動尋求各種渠道與汪直接觸，並設法將汪直的老母從監獄中提出，接到自己的總督府奉養。汪直由此對胡宗憲頗為信任，並對這位老鄉道出了自己長久以來壓在心底的夙願：他一直渴望朝廷解除荒唐的海禁政策，實現沿海互市；他當初被俞大猷等官兵追殺，老母被拘，迫不得已才遠遁海外，並走上“持劍經商”的道路，但他始終渴望被自己的國家接納，做個安分守己的國民，和平經商。
汪直派親信前往胡宗憲的總督府，胡宗憲盛宴款待，並在宴間提出：“當今海盜四處作亂，其中為首的，是徐海、陳東、麻葉等匪幫。既然汪直有實力，就應協助官府共安海防，將功折罪。事成之後，朝廷必可恩準你們的通商請求。”胡宗憲的這番話並非誑語，他與權傾天下的嚴嵩父子等交往甚密，當時的他斷然不會料到短短幾年後，徐階將扳倒嚴嵩，並將嚴世蕃以“通倭寇”的莫須有罪名處斬。
汪直得知後，頓時喜不自勝。他當即調遣手下重兵，協助官府打擊徐海等海盜，並為胡宗憲提供了大量的情報。
徐海一直對汪直的實力頗存敬畏，私下盤算道：“連五峰船主都被朝廷招安了，我也歸降吧！”於是，他把同夥陳東捉住獻給了官府，但胡宗憲此時突然翻臉，率兵猛攻徐海的船幫。徐海不甘被擒，投水而死。他的“壓寨夫人”，一代傳奇女子王翠翹，被胡宗憲捉住後，送給了一個投降官府的海寇。王翠翹憤然投海自殺。此事被日後的文人編寫成多種版本的小說，流傳甚廣。
為官府剿滅“倭寇”立下汗馬功勞的汪直，自信朝廷不會加害於他，於是渡海歸國，成為胡宗憲府邸的貴賓。胡宗憲通過汪直的人望，壓製了眾多的海寇，沿海地區安寧空前。這期間，汪直屢次請求胡宗憲上奏朝廷，允許其從事出海商貿。他自以為自己的勢力，足以要挾朝廷，從而解除海禁。
然而，當時杭州的地方官王本固，是個頑固堅持儒家教條的忠臣，一直對胡宗憲勾結嚴嵩父子有頗多不滿。他斷然將遊覽杭州的汪直逮捕入獄，並上書彈劾胡宗憲包庇“倭寇”巨酋。一時間，舉朝為之嘩然，很多重臣都要求將汪直處死。此時的朝政很不穩定，作為胡宗憲後台的嚴嵩父子開始失勢。於是，精明的胡宗憲思前想後，決定出賣汪直，以求自保。他向朝廷上書說：汪直勾結倭寇，應將其明正典刑。
很快，兵部會同三法司傳達了批複：“汪直背華勾夷，罪孽深重，著就彼處決梟示。其同黨……既稱歸順報效，饒死，發邊衛永遠充軍。”就這樣，汪直在杭州官巷口被斬首示眾。直到此刻，汪直才知道自己始終被官府玩弄於股掌之中，他多年來渴望朝廷解除海禁，從而可以和平經商，這個夢想不但沒能實現，反而葬送了他的性命。
臨刑前，汪直歎息道：“死我一人，恐怕苦了兩浙百姓。”果不出其所料，汪直死後，海商自知和平經商無望，海盜也失去了天敵，不到十年內，東南沿海群盜蜂起，其中既有橫行不法的日本浪人，也有汪直的舊部，由海商轉為流寇。俞大猷、戚繼光等名將窮盡數十年之力，以及數萬人頭落地的代價，才將這些禍患蕩平。
徐海、汪直等“巨寇”既滅，胡宗憲也落得“兔死狗烹”的結局。新任的首輔徐階扳倒了胡宗憲的靠山嚴嵩父子，也將胡宗憲以嚴嵩同黨的罪名下獄。這位曾把釣魚島明確標注於大明朝版圖的能臣，在獄中被迫自殺，享年53歲。臨死前，胡宗憲留下了“寶劍埋冤獄，忠魂繞白雲”的絕命詩。這一年是1565年，距汪直被殺隻有6年。
汪直曾將鹿兒島一隅作為貨商基地，他與葡萄牙人交易所得的火槍，在他死後流傳到日本內地，被軍閥大亨織田信長廣泛采用，成為日後統一日本的重要條件。大明朝依然堅持“片板不得出海”的禁令，一直延續到清朝。汪直的海商之夢，不但使他付出了生命，而且在某種意義上，也使一個民族喪失了實現海上強國的絕佳時機——直到近三百年後的道光年間，被西方列強用堅船利炮轟開國門。