乾隆的南巡，效法乃祖，主要目的是為了“維穩”，確保對大清的“糧倉”和“錢袋”的絕對控製。所不同的是，此時清帝國迎來了回光返照式的“富強”，乾隆帝比他爺爺大方多了，花錢如流水。兩位皇帝重點巡視的是運河沿線的重要城市如杭州、蘇州、南京、揚州、淮安、濟寧、德州。這些城市在大運河的“黃金水道”時期，是不折不扣的財富之都。
最高統治者如此頻繁地視察大運河沿線，明朝皇帝不曾有過。而且比起明朝，清朝統治者在對運河的管理和控製上，建立了一套更為有效的製度。在明朝，總督和巡撫隻是皇帝指派的臨時性職務，非定製；而清代的總督是有衙門、有固定駐地的正式官職，其權力遠非明朝的總督所能比。清代很長一段時間有八名掌管地方軍政民政的總督（後期增加東三省總督）、一名漕運總督和南河、東河、北河（多由直隸總督兼）三名河道總督。其中漕運總督專司大運河上的運輸管理，幾位河道總督一項重要工作便是負責轄區內運河的河道疏浚和水患治理。對運河的管理如此高級別的官員配置，就可看出這一條“黃金水道”在滿清皇帝心中是關係到國運之興衰。
事實上，大運河之興衰幾乎是和清朝國運興衰同步的。
清代大運河的運輸功能第一次受到嚴重打擊是一八四二年。當時第一次鴉片戰爭已經進行了兩年，英國雖然在東南沿海的廣州、虎門、定海、寧波取得一係列的勝利，但對清廷的打擊是有限的——對於一個大陸型帝國來說，沿海的戰敗並不影響整個帝國的運轉。是年六月，英軍發起了吳淞之戰，清軍大敗，江南提督陳化成戰死。英軍占據了上海，長江入海口門戶洞開。英軍艦隊便溯長江西進，於七月二十日進攻鎮江，這是鴉片戰爭中最後一次大規模的戰役。鎮江失守，守軍全部戰死，京口副都統海齡*殉國。這場戰役中，清軍的八旗和綠營將士表現得不可謂不英勇，但以古老的冷兵器和傳統的戰術對戰世界第一強國的堅船利炮，失敗幾乎是注定的。英軍占領鎮江後，便把京杭大運河攔腰切斷。這對清廷來說是致命的，南北交通大動脈由英軍控製，漕運不能正常進行，清廷就無法支持下去，因此，道光帝才決定和英軍談判，並與之簽訂了喪權辱國的《南京條約》。
一八四二年英軍切斷大運河是古老的漕運厄運真正的開始，從此，大運河和清廷的命運一樣無可挽回地走向敗落。十來年後的一八五三年，起於廣西的太平軍占據南京以及東南一帶的富庶地區，運河沿線的主要城市包括揚州、清江浦、臨清、蘇州和杭州遭受重創。大運河再也不能正常地將南方的財富轉運到北京。湘淮軍平定太平天國後，大運河也沒能因朝廷軍事上的勝利而重顯輝煌。湘淮係的重要政治人物曾國藩、李鴻章、左宗棠、劉坤一等人在戰爭中認識到中國技術上的落後，於是開始了引進西方先進科技為主要內容的“洋務運動”。隨著江南製造總局設立，中國能夠製造用蒸汽機作動力的現代輪船。一八七二年，輪船招商局於上海設立，開始使用噸位大、抗大風大浪的現代輪船走海路向北方運送糧食。從此，大運河變得無足輕重了。
一九〇一年，清廷停止了大運河的漕運，一九〇四年撤去了漕運總督的設置，一九〇六年，連接漢口和北京的蘆漢鐵路全線通車。
一九一一年，南京浦口至天津的津浦鐵路全線通車，此前北京至天津、南京至上海的鐵路已經先行通車。在鐵路運輸和輪船海運的夾擊下，京杭大運河終於完成了其曆史使命。這一年，中國最後一個王朝清朝的皇帝也宣布遜位，作為“黃金水道”的大運河和古老的帝國一起成為曆史。