嘉靖帝並沒有學他的荒唐堂兄，找個機會沿運河南下，去視察南方那片花花江山，他在位四十五年，喜歡在深宮煉丹修道。唯一的一次南下，是回到他生長的湖北鍾祥（當時已升格為承天府），拜祭生父的顯陵，並決定將死於京城的生母蔣太後靈柩南運合葬於湖北。這次他走的是陸路，經過今天的河北、河南進入湖廣。
對大明帝國來說，兩大工程關係到國運。其一是經濟命脈京杭大運河，依靠其輸血才能養活北方的朝廷和北疆戍邊的將士。其二則是從遼東蜿蜒到西北嘉峪關的長城，這是抵禦北部敵人的屏障。這一屏障到底沒有阻擋住李自成進城，也沒法阻擋清兵的鐵騎跨過長城，成為統治中華的新主人。
作為清朝“戰利品”的大運河
大運河，可以說是清朝入關後獲得的最重要的“戰利品”。
作為一個來自北方的征服者，東北和蒙古草原廣袤而肥沃的土地，成為清朝的“保留地”，整個王朝的公共支出，幾乎全部取自原明帝國統治下的諸省，特別是富庶的東南諸省。大運河並沒有因為明帝國的滅亡而衰落，它在清朝皇帝的心目中，地位更為重要，它不但是吸取東南膏腴之地財富的“抽血機”，而且是清朝皇帝防範漢人反抗的戰略通道，是皇帝控製最富庶之地的“權杖”。
順治一朝，經過血腥的屠殺，清朝軍隊基本上控製了東南地區；到了康熙朝早期，朝廷平定了三藩之亂，收複了台灣。整個南方基本上算平定下來，胡人入主中原作為既定事實也被多數士民承認，最高統治者沿著大運河視察東南諸省的條件到此成熟了，於是便有了康熙、乾隆祖孫的十二次南巡。京杭大運河，進入了曆史上最繁忙也最輝煌的時期。
與明朝皇帝沿著運河南下回到故鄉不一樣，清朝皇帝沿運河南下，是去視察一個超級大公司新開辟的“市場”，這裏的人民曾對他們充滿敵意。南巡對清朝皇帝而言，乃是威懾加懷柔。
康熙二十三年（一六八四年），三十一歲的康熙帝首次南巡。皇帝正當盛年，清帝國國勢亦如最高統治者的年歲。這次南巡，有兩件大事極具象征意義。其一是十一月康熙南巡到明朝的舊都江寧（南京），拜謁了孝陵。南京對明朝的遺民來說，最具符號意義。此次視察，康熙帝題寫了“治隆唐宋”的匾額來褒獎明太祖朱元璋，目的是安撫東南一帶乃至整個原大明版圖內的漢人。同時也應該有彰顯合法性的考量，用現在的話來說，強調了大明江山的“股權”交給滿清是合法轉讓而非搶奪。
第二件事是康熙帝坐船經運河返京，在運河邊重要城市濟寧上岸，然後駕臨相距百裏左右的曲阜。在此他拜謁了孔廟，題贈“萬世師表”匾額，並聽取了孔子第六十四代孫孔尚任對儒家經典的講解。這舉動當然更是為了爭取漢族士人對其統治合法性的認同。
康熙帝第二次南巡是在康熙二十八年（一六八九年），這次他來到了大運河最南端所在的浙江省，並到紹興府拜祭了中國儒家經典中上古聖君之一的大禹陵墓。其目的和首次一樣，隻是工夫做得更細致了。