兩京製的利與弊
明朝南、北“兩京製”形成後，北京作為政治、軍事中心，南京作為經濟和文化中心，使帝國的南北達到一種微妙的平衡。設想一下，如果明朝長期將政治中心設置在南京，那麼政治、軍事、經濟、文化中心都在南京，中國北方將持續凋敝，很不利於一個大帝國的統一與穩定。
明朝的“兩京製”當然也有不利之處。其一是形成“天子守國門”的狀態，首都長期處在北部遊牧民族武裝力量的威脅之下，皇帝和眾臣動輒置身於抗擊外敵的最前線。正統十四年（一四四九年），英宗親征蒙古瓦剌被俘虜，瓦剌首領也先帶兵突破長城，圍困北京。朝野恐慌，有大臣提議遷都南京，於謙等人頂住了壓力，反對遷都，立英宗弟弟郕王為監國（後即皇帝位），打敗進犯的瓦剌部，解京師之圍。嘉靖二十九年（一五五〇年）蒙古土默特部首領俺答帶兵突破古北口，包圍了北京，明朝堅守京師數日，俺答大肆搶掠城郊後撤離，是為“庚戌之變”。後金崛起於東北建州後，其騎兵越過長城，騷擾京畿，直逼京師，屢有發生，如崇禎二年的廣渠門之戰。但“天子守國門”的另一麵也讓明朝君臣長期有一種憂患意識，對北部的威脅不敢稍有鬆懈。“兩京製”另一不利之處則是使統治成本劇增。明朝的經濟是南重北輕，北京周邊的經濟欠發達，朝廷通過漕運數千裏從南方富庶地區運來糧食及其他物品供養京師。明朝前期，征運漕糧食的地區主要有南直隸、浙江、江西、湖廣、河南和山東六省，其中隻有山東處在北方。其數額宣德時最高達六百七十四萬石。成化八年（一四七二年）始規定歲運四百萬石的常額。自正德、嘉靖以後，連漕糧改折（約一百至二百石）在內才勉強達到此數。主要征自南直隸和浙江，約占全國漕糧的六成。除漕糧外，還有白糧，由蘇州、鬆江、常州、嘉興和湖州五府供納，歲額二十一萬四千石，均係當地出產的粳糯米。數千裏漕運，損耗巨大，加重百姓的負擔。但總體說來，為了維持一個帝國一統，保持南北平衡，這樣的成本支出也是必要的。
崇禎十七年（一六四四年），又一支勁旅突破居庸關，包圍了北京城。這次進犯的不是草原上的蠻夷騎兵，而是崛起於西北的李自成率領的造反軍隊。明朝君臣這次沒有逃過劫難，崇禎以發覆麵，在煤山一棵歪脖子槐樹上上吊自殺。終明一代，自遷都北京後，曆代皇帝代代相承，完成了“天子守國門，君王死社稷”的悲壯之舉。
吳三桂借滿洲八旗兵報君父之仇，引狼入室，滿洲人占領了北京城，成為紫禁城的新主。留都南京的一整套備份版朝廷，卻沒有起到了應有的抗爭作用，而是眾臣擁立福王稱帝於南京。當然弘光朝僅僅支撐短短的一年，便亡於清兵的鐵蹄下。從此，北京和南京兩座美麗的城池留給了異族，分別長眠在南京孝陵衛和北京長陵之下的朱元璋朱棣父子，任由自己的臣民剃發易服，臣服於來自關外的異族。但這對南京、北京兩城營建起著決定性作用的父子，連同為社稷江山殉難的崇禎帝，畢竟贏得了新朝統治者的尊重，清朝統治者對南京的孝陵和北京的十三陵予以善待；清朝皇帝還營建了思陵，禮葬崇禎帝，並設置司香內使（即守陵太監）管理十三陵；對南京城外的孝陵，也是如此管理。康熙南巡時，特到孝陵拜祭，並題寫“治隆唐宋”的匾額，清朝後期國門大開後，來南京的洋人越來越多，有司還專門在孝陵前樹立用六國文字書寫的石碑，提醒洋人不要亂寫亂畫，尊重陵墓的一磚一石、一草一木。
正因為如此，遺民顧炎武拜謁前朝帝王陵墓時，還能碰上守陵的“舊識中官”。