“成都血案”以前，趙爾豐和川民之間的矛盾尚可轉圜，槍一開，他再也無法獲得川民的原諒，“趙屠夫”之名是無論如何洗刷不了。那時四川地方的官府兵力極少，各州縣官員無法彈壓，大半政權落入“同誌會”手中，而駐守在龍泉驛的新軍在夏之時領導下起義，輾轉於成渝之間。驚慌失措的清廷令在武漢的端方帶兵進川鎮壓。不久，武昌城內爆發了起義，緊接著各省先後獨立，端方又在資州被手下的兵士所殺。川東重鎮重慶於十月初二（十一月二十二日）宣布獨立，成立以張培爵為都督、夏之時為副都督的蜀軍政府，清廷已是風雨飄搖。
宦海曆練多年的趙爾豐看到了危險，加上此時朝廷已將他拋出作為“替罪羊”，授岑春煊為四川總督，手中掌握數千巡防營兵馬的趙爾豐當然不願束手就擒。他采取了主動，和谘議局政府議長蒲殿俊、羅綸等人談判，得到新政府負擔其巡防營軍餉、供給械彈給養等承諾後交出政權。大漢四川軍政府宣告成立，蒲殿俊任都督，趙爾豐的心腹、第十七鎮統製朱慶瀾任副都督。趙爾豐自度手中有槍杆子，足以保住性命。但文人出身的蒲殿俊無法鎮住巡防營的驕兵悍將，而湧進成都城的各路以袍哥為首的“同誌軍”自恃有功，和趙爾豐舊部矛盾不斷。終於，在都督蒲殿俊閱兵時巡防營發生叛亂，大肆搶掠成都城各商號、銀行和民宅，軍令部長尹昌衡及時逃到鳳凰山，召集了新軍平叛。此時，威信喪盡的軍政府不得不改組，職業軍人尹昌衡任軍政府都督。
巡防營的“兵變”進一步把趙爾豐逼入死地。他所欠的血債尚未償還，此時四川坊間盛傳“兵變”乃他操縱，為的是重新掌握四川政權。這當然是四川紳民最不願意看到的局麵。對新任都督的尹昌衡來說，趙爾豐一日不死，川局一日不得安寧。更使他憂心的是，先期在重慶成立的蜀軍政府，認為成都軍政府和趙爾豐媾和，是出賣四川人民的利益，他們認為必須誅趙爾豐以謝川民，並宣布將組織軍隊西征。如此，重慶政府在川民心中顯然比成都政府更具有道義上的合法性。
尹昌衡決計誘殺趙爾豐，他先向保衛趙爾豐的三千巡防營官兵發放欠餉，並增發兵餉一月。官兵得餉款，徹夜飲酒狂歡，放鬆了警惕。辛亥年十一月初三（十二月二十二日）晨，尹昌衡帶兵將督署團團圍住，然後派敢死隊衝進趙的住處，將趙爾豐抓捕，押送到皇城壩明遠樓前，梟首示眾。
待到第二年，大勢已去的清廷不得不宣布遜位，將權力交給袁世凱。誘殺趙爾豐的尹昌衡盡管在川人心中是大英雄，但在高層政客心目中，則是一個不義而背信的小人。趙爾豐的二兄趙爾巽向大總統袁世凱控告尹。尹後被袁世凱騙至北京，以“虧空公款”罪，判處九年徒刑。至一九一六年袁世凱死後才出獄，從此閑居。
應當說，趙爾豐作為一個家族深受皇恩的高官來說，忠於朝廷是他合乎常理的選擇，對“保路同誌會”和激憤的川民采取強硬措施，也是作為地方長官不得已的措施，而尹昌衡要借他的人頭來安定川局、保住自己都督的位置，亦事屬必然。趙爾豐有功於邊陲，為官清廉，對朝廷一片忠心，這樣的官員，在哪朝哪代都應受到敬重。但在清季那種政治局勢波詭雲譎的末世，他這樣一個忠臣、清官、能吏，卻被一步步推向死地，而清朝多少貪官、庸官卻能在清廷覆亡後悠遊林下，安度餘生。這就是曆史的殘酷，從趙爾豐逃不過的劫數，或能窺知一個王朝的宿命。