2、負債賬麵價值不準確
由於高校采用“收付實現製”的會計核算基礎，導致部分負債類會計核算科目內容不準確。比如，“應繳財政專戶款”科目餘額反映的是高校已收取的學生學費、住宿費、考試報名費及學校資產性收益等非稅收入應繳財政專戶而未及時上繳的資金。此項資金在會計報表中列為負債內容，但此筆資金在上繳同級財政之後，經過審核再分期撥回學校使用，從實質上來說仍然是屬於學校的教育事業收入。以某高校為例，2014年9月份月報表中反映“應繳財政專戶款”有980萬元，從報表上或賬務上說，學校負債增加了980萬元，但實際上並不是學校的一項債務。
3、收入及支出核算不全麵
通過以上兩條對於高校采用“收付實現製”的核算基礎對資產和負債的影響分析，從另一影響麵來說，同時也影響了高校當期的收入和支出。如本期應記入收入內容卻記入了負債要素下的“應繳財政專戶款”，本期應記入支出的內容卻記入了“應收賬款”或“其他應收款”。因此，高校采用“收付實現製”的核算基礎導致了收入及支出核算不全麵。
當前，隨著高校資金來源的渠道不斷增多，資金流量不斷增大，原來以收到或支付貨幣資金作為確認收入和費用依據的“收付實現製”會計核算基礎已不能適應高校經濟發展和新預算法的需要。從國內外其它非贏利性組織的情況來看，高校會計核算從收付實現製轉向權責發生製，是符合市場經濟的發展和經濟全球化的必然趨勢。因此，為了真實地反映高校的財務狀況及經營成果，建議對現行高校會計製度作進一步的修訂，要求在高校會計核算過程中所有經濟業務都以“權責發生製”為確認基礎，以滿足新預算法和我國教育事業發展的新要求。
三、會計核算科目體係不健全
新預算法的第十二條“各級預算應當遵循統籌兼顧、勤儉節約、量力而行、講求績效和收支平衡的原則”，之後的第三十七條規定：“各級預算支出的編製，應當貫徹勤儉節約的原則，嚴格控製各部門、各單位的機關運行經費和樓堂館所等基本建設支出。”新預算此兩條兩次提到“勤儉節約”，由此可見，我國政府構建資源節約型社會的堅強決心，也初步間接地對行政事業單位提出了成本觀念，而高校恰恰在教育成本核算方麵存在明顯不足。現行高校會計製度還沒有明確提出成本觀念，也沒有明確高校教育成本核算的統一口徑。2013年經過修訂並於次年正式實施的《高等學校會計製度》，雖然增加了“累積折舊”、“累積攤銷”兩個成本核算科目，也對支出作了“教育事業支出”“科研事業支出”“行政管理支出”“後勤保障支出”“離退休支出”以及“經營支出”等分類，同時增加了會計科目按經濟功能分類的設置，但仍然沒有對應的成本費用歸集的會計科目，也未明確規定成本費用的核算內容，這裏所說的費用，是指效益與本會計年度相關的支出，並不等同於高校會計核算製度中的支出，因為隻有對象化的費用才稱為成本。因此，體現出了現行高校會計製度的會計核算科目體係不健全的問題。而高校要順利完成由支出管理向成本費用管理的轉型，就必須完善高校會計核算科目體係。由此，筆者建議將現行會計製度中確定的“支出”科目改設為“費用”科目，即在高校分別設置“教育事業費用”“科研事業費用”“行政管理費用”“後勤保障費用”“離退休費用”以及“經營費用”等。隻有將原“支出”科目改設為“費用”科目，再準確運用配比原則和謹慎性原則，使本期費用和本期收益相匹配，合理計量教育成本，才能全麵核算和反映財務業績，也可滿足新預算法的要求。另外，高校要全麵、準確地反映對欠費學生的債權，應在“應收賬款”一級科目下設置“應收學生學費”、 “應收學生住宿費”等二級明細科目。