第一，企業所得稅退稅所得不能認定為稅後利潤，不能按照稅後利潤分配的辦法處理。稅後利潤的認定應該按照嚴格的程序和標準進行。退稅所得不是企業正常生產經營所獲得的收益，而是企業過去或當前生產經營情況的延續反映，並且企業獲得後就能對其進行控製，與稅後利潤有著本質區別。對於企業當期的經營成果反映，企業應當將取得的所有收益結合起來綜合考慮，以確定收否盈利。
第二，企業所得稅退稅所得也不能全部認定為企業當期的所得稅費用的減項因素。企業所得稅減免稅類型較多，企業所得稅減免的目的也各不相同。減免稅的目的不同導致企業所得稅退稅款的最終用途不同。企業實際獲得不同的經濟利益，獲得利益的不同必然導致企業進行不同的會計處理。
四、 企業所得稅減免稅在不同情況下的會計處理
（一）直接減免
法律規定被直接減免的，不進行會計處理。在通常的核算的企業，企業所得稅預繳，通常每月（或季度）預付款，借記“應交稅費——應交所得稅，“信用”銀行存款”；年終結算應退還所得稅後確定。年終結算計算企業的實際所得稅稅負應該是：借記“以前年度損益調整”，貸記“應交稅費——應交所得稅”。這樣的“應交稅金-應交所得稅”的貸款餘額反映企業應退還（給）應繳納的所得稅。由此可見，如果在清算過程中企業報送所得稅申報表，已經包含了減免稅項目，不需要另外的會計處理。
（二）先計後退
在先計後退的情況下，清算的會計處理和直接減免的情況相同，但是不同點在於先計後退的情況不包括在所得稅申報減免稅（或因任何原因不認可），要另外做申請批準的需要，使企業按照結算確認應稅收入不享受稅收減免優惠金額，對此企業進行正常的會計處理，借記“所得稅費用”，貸記“應交稅費——應交所得稅”。
企業尚未實際繳納該部分稅額的情況下即進行減免稅申請，得到批準以後，借記“應交稅金——應交所得稅”，貸記“所得稅費用”，“盈餘公積——國家扶持基金”或“資本公積——其他資本公積”。幾個適用於貸方核算的是：根據新會計製度核算的企業，法律批準直接減免的除外和不受限製的使用稅，減少“所得稅費用”；企業享受除了法定的直接減免，並限製適用範圍的退免稅，企業一般不能用於分配，可以記入“盈餘公積“；如果屬於國有企業，則享受國家財政補貼之類的特殊優惠的稅收減免，此類財政補貼和優惠，記入“資本公積”。
（三）先繳後退（先征後返還）
和先計後退有區別的地方在於，企業在沒有優惠的減免情況下計算出並繳納了企業所得稅，所以在申請減免稅被批準以後，需要進行退庫處理。因此，需要退庫時進行的會計處理步驟：借記“銀行存款”，貸記“所得稅費用”，“盈餘公積——國家扶持資金”，“資本公積——其他資本公積”。項目運用和先計後退是相同的。
另外在有些情況下，企業所得稅退稅款有其特定的用途，企業隻能獲得部分退稅款。其常見情形如下：
企業所得稅退稅款作為國家投資，形成專門的國家資本。企業收到退稅時，應借記“銀行存款”科目，貸記“實收資本-國家資本金”科目。
企業所得稅退稅款作為國家對所有投資人的贈與，用於企業擴大再生產。企業收到退稅時，應借記“銀行存款”科目，貸記“資本公積——他資本公積”科目。
企業所得稅退稅款作為專門用於某個項目、設備、特定人群的資金。企業收到退稅時，應借記“銀行存款”科目，貸記“其他應付款——××項目”科目。使用的時候，借記“其他應付款——××項目”科目，貸記“銀行存款”、“庫存現金”科目。
上述情況會導致企業淨資產的增加但不會對企業稅後利潤產生影響。
企業所得稅退稅款部分用於企業的擴大再生產部分按照規定上交有關部門。企業收到退稅時，應借記“銀行存款”科目，按照金額分別貸記“資本公積——其他資本公積”、“其他應付款——××部門”。使用的時候，分別借記“資本公積——其他資本公積”、“其他應付款——××部門”科目，貸記“銀行存款”、“庫存現金”科目。
參考文獻：
[1]《中華人民共和國企業所得稅法》
[2]《企業會計準則》