（三）內部控製體係製度不夠合理
就目前來說，很多的建築總包公司雖然逐漸的對內部控製體係進行了完善，建立了有效地內部控製體係，但是在進行內部控製體係程序設計的過程中並沒有結合企業自身的實際情況，缺乏科學性，導致企業在執行的過程中對內部控製體係的適應能力比較差，不能有效地發揮出內部控製體係的真正作用。
（四）內部的監督機製不健全
完善的製度需要完善的監督製度來進行監督，但是目前建築總包企業的內部審計並不是完全獨立的，同時由於審計人員在配備上還有所缺乏，業務能力不夠，同時由於員工自身素質的問題，導致內部控製體係隻是擺設，即使是展開工作也沒有取得非常大的成績，很難在事前進行控製和監督，使得各種違規的現象時有發生。
三、完善內部控製體係的措施
建築總包企業內部控製體係中存在的問題，已經嚴重的影響了內部控製體係的有效實施，製約著企業管理水平的發展和競爭力的提高，因此必須要不斷地完善內部控製體係，與企業的實際發展與經營情況以及業務類型緊密結合，最大限度的發揮體係的作用，實現企業的健康發展。
（一）優化建築總包企業的內部控製環境
建立現代企業製度，優化企業的組織結構。企業的董事會在建築總包企業的內部控製體係當中有著非常重要的作用，可以通過在董事會下設立審計委員會、項目管理委員會等專門的機構及獨立董事製度，不斷提高企業董事會的專業化以及社會化程度，加強內部控製體係的實際作用和效果。此外，要不斷加強對企業職工的教育，不斷樹立企業內部控製的意識。將員工的想法和意願充分考慮進企業目標製定以及相關製度設立中。這樣不僅有利於企業職工的發展，也有利於發展的內部控製體係。
在內部控製體係製定之後，企業需要向員工積極地宣傳內部控製體係的好處，向員工普及職業道德及誠信意識的相關知識，保證企業領導層以及員工能夠共同遵守內部控製體係，保證內部控製體係的有效實行。
（二）製定合理的內部控製體係
建築企業要保證自己工程的順利完成，就要熟悉自己的向項目工程，明確自身內部的企業控製需要，在原有內部控製點的基礎上，進行完善優化。加強內部控製體係，並且使其更加符合企業的發展需要，尤其要有利於企業項目進度、質量以及安全方麵的監督管理。
對於項目進度以及項目安全質量，要製定合理科學的標準和規範。根據項目進展以及項目的實際需要，製定項目建設的工程進度，對每一個進行的工程環境都需要嚴格把關，及時的發現項目中的問題，並且找出問題以後及時的解決問題，保證項目的發展順利、安全，將問題控製在可處理範圍以內。同時，為了保證企業自身的工程質量以及聲譽，需要製定完善的質量控製製度以及規範的質量標準，完善監管體係。采用先進技術的同時不斷降低企業建設成本。此外，不斷加強企業的項目安全管理至關重要。
建築總包企業的質量與安全是建築總包企業的生命線，企業在施工的過程中應該根據項目的具體特點製定完善的安全控製製度，從而確保項目的施工安全，保證項目的順利進行；第三，健全企業的內部控製體係。完善合同管理、索賠管理、工程材料管理、應收款管理等，禁止項目部自行舉債等不同的措施來降低企業的財務風險；建立全麵的預算管理製度，在相應部門的指導下進行方案預算以及監督預算的執行。