基於以上的問題，很多學者開始批評分稅製改革，認為此次改革的弊端大於利益，也有更多的學者展開了對分稅製改革和我國經濟增長關係的實證研究。
筆者認為，我國分稅製改革是適應市場經濟發展要求的製度改革，而且是一個循序漸進、不斷深化的過程，我們應該理性看待分稅製改革後出現的問題，不能把所有問題都歸結於分稅製改革。我國分稅製改革還沒有完全完成，省以下基層的分稅製還沒有形成，而且政治體製、地區要素差異都會對分稅製的實施效果產生極大的影響。因此，我們需要繼續深化分稅製改革，完善配套措施。
四、政策建議
（一）進一步科學合理的依法劃分各級政府的事權和財權範圍
中央財政支出應該退出一般性競爭行業，主要提供公共產品和服務，維持社會的穩定與收入分配的公平。同時減少行政審批程序，放鬆對一些行業的管製，提高行政效率，構建服務型政府。並適當下放權利給地方政府，使地方政府的收入和支出責任相匹配。
（二）依法規範轉移支付製度
政府間轉移支付的目的是平衡財政收入，使各級政府能在全國統一的政策框架內履行其職能。我們要構建合理的中央和省級政府的轉移支付體係，以及作為輔助的橫向轉移支付製度，增加一般性轉移支付，減少、合並專項轉移支付。同時，繼續在省以下的四級行政級別中進行分稅製劃分，完善轉移支付製度，解決基層財政困難的問題，比如實行“省直管縣”等。
（三）完善地方稅體係，增強財政激勵
地方政府可以立足本地區的實際情況，取得部分地方稅種的立法權和管理權。此外，可以開征新稅種，比如遺產稅和贈與稅，對調節收入差距和增加地方財政收入有很大的促進作用。
（四）合理分配中央和地方的稅基，保證地方的財政收入
中央享有的主要有關稅、所得稅以及社會保障稅等，地方的稅收主要有營業稅等，但是隨著我國營業稅改增值稅，會使地方收入大幅度減少，因此應合理分配“營改增”後的稅收收入。此外，比如西部地區，由於工商業不發達但資源豐富，因此流動性稅源少，當地政府財政收入少，因此可以主要依托資源稅。
（五）繼續發展完善地方陽光融資平台，擴大政府資金來源
完善地方債的發行，替換和置換隱性債務，規範地方債券在二級市場的流通，這是繼續深化我國市場經濟改革的必要舉措。
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