（四）邊境貿易地理方向較集中
一國的邊境貿易地理方向通常受經濟互補性、國際分工的形式與貿易政策的影響。以中亞五國在新疆進出口總額與新疆進口總額的比重來表示新疆邊境貿易地理方向。哈薩克斯坦進出口總額占新疆進口總額比重最大，說明哈薩克斯坦在中亞五國中是新疆最主要的貿易夥伴，且呈現上升趨勢。中亞國家中吉爾吉斯斯坦是新疆第二大貿易夥伴，比重增長速度較快，在2008年中亞五國各占的比重幾乎同時達到最大，塔吉克斯坦、土庫曼斯坦、烏茲別克斯坦所占的比重很小。
（五）新疆邊境貿易中私營經濟企業占主體
企業類型可以分為國有經濟、集體經濟、私營經濟、三資企業和其它經濟。2004年國有經濟進出口總額占各注冊類型企業進出口總額比重最大，2009年私營經濟進出口總額占各注冊類型企業進出口總額比重最大。一方麵說明國有經濟發展較慢，私營企業發展最快，三資企業及其他經濟發展相對滯後，其他經濟甚至呈下降趨勢；另一方麵說明在新疆企業邊境貿易市場的過程中，個體投資者表現出巨大的熱情，對國外市場充滿信心。
三、新疆邊境貿易發展中存在的問題
（一）新疆邊境貿易發展不平衡
新疆對中亞五國貿易發展不平衡。一方麵，新疆對中亞五國進出口貿易中，哈薩克斯坦、吉爾吉斯斯坦是新疆的主要出口市場， 其餘三國進口中國的商品和服務數量與金額相對較小；另一方麵，新疆對中亞五國的進出口額與中亞五國對新疆的進出口額有一定差距，兩邊的貿易依存度不對等。例如，2008年新疆對中亞五國的出口額是進口額的7.9倍，貿易順差是2007年的1.85 倍，這種不對等的雙邊貿易極易引起貿易摩擦。
（二）邊境貿易商品結構不合理
雖然近年來進出口商品結構有一定的改善，但雙方貿易商品仍以資源密集型和勞動密集型的初級產品為主，資本密集型與技術密集型產品所占比重相對較低；新疆出口商品差異化策略和品牌策略意識較薄弱，技術含量附加值不高，致使出口產業部門抗風險能力較弱。出口商品仍主要集中在農副產品、輕工、食品等一般性商品上，高附加值產品，機電產品出口極少。國際市場對初級產品和低附加值的製成品需求降低，新疆麵臨更嚴峻的挑戰。
（三）邊境貿易地理方向單一
新疆對中亞的進出口國家主要集中在哈薩克斯坦、吉爾吉斯斯坦兩國，這樣不利於新疆邊境貿易的多元化發展，增加了新疆邊境貿易的風險。雖然中亞五國未來政局從總體來看會趨於穩定，但仍存在政治風險，如烏茲別克斯坦的宗教極端勢力問題、吉爾吉斯斯坦的政治精英內部的各種矛盾和利益分配問題，這些國家發生政局動蕩時，將會給新疆貿易帶來嚴重損失。再如2008年，美國次貸危機引發了席卷全球的“金融海嘯”，上半年中亞各國GDP增長速度開始放緩，全年GDP增長幅度下降較多，尤其是哈薩克斯坦受影響較早，2007年經濟增長已經下滑。哈薩克斯坦作為在中亞五國中新疆最主要的貿易夥伴，這給新疆邊境貿易帶來了一定的消極影響。
（四）邊境貿易增長空間有限
現今競爭日趨激烈，經濟不斷升溫使中亞五國消費品市場壯大，歐洲、韓國和日本等國不斷拓展中亞市場，無形中擠壓了新疆邊境貿易的增長空間。近年來出現了中亞五國跨越新疆直接與內陸省區開展貿易的現象。例如，自2005年以來，陝西省與中亞五國的貿易都有較快發展，雙方的貿易額增長也很快，2005-2008年，陝西省與中亞五國的進出口總額由1617.7萬美元猛增至1818.59億美元，增長10倍以上。同時，黑龍江省作為對獨聯體國家邊境經濟貿易大省，與中亞五國雙邊關係和經貿往來得到穩步發展。中國內地的許多企業在國家“走出去”戰略的推動下，也開始積極走向中亞市場。