盜首王直乘隙率小股倭寇逃之夭夭，不得不遺棄當時亞洲最大的海上走私貿易基地雙嶼港。
而雙嶼港被盧鏜指揮官軍用木石堵塞雙嶼隘口，並將葡萄牙殖民者全部驅逐出雙嶼。盧鏜還組織修築雙嶼木柵寨，駐兵安炮日夜守衛，盜賊船舶不得複入，使被盜賊侵占二十年之久的雙嶼，終於得以平複。
六月二十日，盧鏜與金山衛指揮吳川圍擊倭船，生俘許棟及其弟杜武。繼而征討南麂、磐石衛諸島的倭寇。並前後連續轉戰三個月，大獲全勝。然而，倭亂雖然平息。
但因攻陷雙嶼港這個國際、世界第一走私大港嚴重損害了閩浙地主豪紳坐地分贓的利益，招致浙江商會、閩人官僚仇恨。
於是，禦史、閩人周亮及給事中葉鏜等向吏部彈劾朱紈等人，吏部采諫將朱紈的巡撫改為巡視，以削弱他的職權。朱紈上疏自辯，並陳明國是、正憲體、定紀綱、扼要害、除禍本、重斷決六事，語言非常激烈憤慨，又請處死“勾連倭舟”的長嶼海盜林參等。
禦史陳九德、周亮等接著彈劾朱紈“舉措乖方，專殺啟釁”，又彈劾盧鏜、柯喬等“黨紈擅殺，宜置於理”，嘉靖皇帝聞言大怒，下令究治朱紈死罪，朱紈含冤自殺，盧鏜等被逮捕入獄革職，定成死罪。
從此，閩浙沿海不設巡撫，海禁複馳，倭亂再起。
朱紈是典型的傳統封建官吏，忠君愛國是他的主導思想，自己又是正直無私，為官清廉。時閩浙地主豪紳多暗地進行走私，從表麵上看應該是支持開海禁的，但他們因走私而得到巨大的利益而反對開海進行貿易，從而能讓對外交易以走私的方式掌握在自己手中。
如果沒有朝廷的海禁，那麼對外貿易的必然以官方貿易為主，以朝廷為主。至於地方大族、商團，隻能夾著尾巴喝湯。
而海禁，就是如此的荒唐，最渴求對外貿易的一幫人，卻通過控製的官員，達成了官方禁止海貿的政策。所謂的海禁政策，對於基層、東南基本失控的明朝來說，海禁禁的是官方的對外貿易，而不是東南沿海的對外貿易！
而海禁政策畢竟是正規法令，遇到一個大權在握正好管這事，偏偏又是個鑽牛角尖的人……那麼這個人名正言順的收拾東南走私集團，也就容易理解這種荒唐的局麵了：即，那個毒瘤在那裏，誰要鏟除，誰就是大夥的敵人！
朱紈看到閩浙的武裝走私集團已和葡萄牙、日本等武裝走私集團結為利益集團，國家在基層的管理機構形同虛設，國家利益受到嚴重損失，有的島嶼已成獨立王國。
他決定在閩浙實行在政府監控下的對外貿易製度，對武裝走私的中外船隻進行打擊，並對通風報信的岸是中國內奸實行嚴厲懲罰措施，他的堅決打擊措施，導致當時既得利益獲得者受到損失，地方和朝廷中的閩浙籍官僚聯合對朱紈進行誣告，這才是朱紈被罷的根本原因。
閩浙沿海地區豪紳從走私活動中獲大益，當地人民不思好好種糧，以參與走私討海洋生活成為從屬的得益者，朱紈的政策維護了國家利益，使當地一些人受到嚴重打擊，而被視作眼中釘。
朱紈被迫害致死後，東南海防廢弛，閩浙沿海人民和地主豪紳都深受其益，但中國的倭害從此越來越烈，國勢也越來越衰弱，作為大明皇朝的財賦重地、已有資本主義萌芽的東南地區，受到倭寇的毒害，元氣大傷。
而倭寇這東西，到底怎麼來的？
現在的趙期昌不清楚，他隻知道朱紈死的冤枉，死的讓他寒心！
曾銑之死，已經讓天南地北，朝野上下的士民官紳一片喊冤，義憤填膺。
而六月份病死的秦軍領袖，九邊威望第一的周尚文後事，更是惹得各處軍將罵聲一片！
周尚文多高的資曆？多大的戰功？就因為在五軍都督府做事時嗬斥了一頓掛職，行為不檢點的嚴世蕃。結果導致這位九邊第一大帥病死之後，都死不踏實。
人都死了，中樞不早早確定死因，也不確定葬禮規格，更別說蓋棺結論，給出周尚文該有的榮譽和待遇。
周尚文的功績自有青史記錄，不容抹除忽略，（嚴家父子）朝廷這麼拖著有意思麼？
這也不是周尚文一個人的事情，而是天下所有武人的事情。
如果說自殺的曾銑以年輕文人士子的精神領袖，那麼老將周尚文就是所有軍將的楷模！
周尚文死後都被這麼折騰，那自己這些小魚小蝦呢？
而朱紈鑽牛角尖，又性格貞烈，不願受辱以死明誌……可能朱紈的選擇超出了太多人的預料，可卻讓天下人心又蒙了一層寒霜！