從1996年到2001年，三九出手並購了140多家地方企業，平均每個月並購2家。其中，承債式占45％，控股式占35％，托管式占20％。就在這種跑馬圈地式的瘋狂並購中，三九集團迅速擴張成全國最大的中醫藥企業，總資產猛增到186億元，所屬企業遍及全國，形成了醫藥、汽車、食品、製酒、旅遊飯店、商業、農業和房地產八大行業，其旗下甚至包括一家華南地區最大的夜總會。
2002年，三九廠慶，趙新先吩咐重新裝修廠史陳列室。設計人員在陳列室的入口處，放置了一艘航空母艦的模型，軍艦的甲板上放了56架飛機，它們分別代表了集團直屬的56家二級子公司，在它們的旗下則還有上百家三級、四級公司。趙新先對這個創意十分滿意，每有貴客來，他必在軍艦前一一介紹。他說：“這就是中國中藥產業的航空母艦，我們要讓飛機達到100架。”到他退休之前，飛機最多的時候為98架。
發生在20世紀90年代中後期的那場國有企業並購浪潮被認為是“最後的晚餐”，很多國有企業經營者乘機將企業廉價改造，占為己有；有些人則上下其手，通過倒賣企業牟取暴利；也有一些企業則在這次浪潮中順勢而上，低成本地擴大了企業的規模。三九在並購中，便享受到了一係列的優惠政策，如掛賬免息、低息貸款，以及低價獲得土地等等。然而，在“摘桃子”的過程中，由於趙新先太過於心急，因此，也盲目地吃下了很多“爛桃子”。它們看上去是免費的，但是要真正消化它們卻耗費了三九很大的資源，有相當一部分最後還是拯救無術。1997年，三九以承債的方式兼並了太原洗滌劑廠，幾年經營下來始終重振乏力，並且與地方政府的關係也搞得越來越緊張，最終在這個項目上虧損7000萬元。此外，三九在蘭考的項目也虧損了5000萬元，鄭州的少林汽車項目虧損6000萬元，邯鄲啤酒項目虧損1500萬元，財務糾紛官司更是多達數十起。
據數據統計顯示，三九在醫藥行業內的並購成功率高達70％，而非醫藥行業則大半以失敗告終。擴張之初，企業的負債率為19％，而到1998年時，負債率卻已高達80％。在第一次擴張中，三九看上去變得兵多將廣，勢力遍及全國，但是沒有關聯度、缺乏整合的並購戰略其實已經埋下了十分危險的種子，它日日都在消耗三九的資本和品牌影響力。
第二次擴張： 僅次於德隆的大鱷
正當趙新先宣誓打造全球第一中藥企業的時候，中國企業界的生態突然發生了變化。從20世紀80年代以來，實業型企業家一直是業界的主角，在家電、食品及醫藥領域湧現出了一大批善於運作、精於管理的企業家。然而，隨著互聯網的興起及資本市場在中國的蘇醒，另一類型的企業家忽然成為新寵，他們更加年輕，更加善於運用資本這個放大器，同樣是白手起家，卻能在更短時間內完成財富的積累。麵對這一勢不可當的商業潮流轉變，年近六旬的趙新先並沒有茫然失措。相反，他在資本市場和互聯網兩大領域中，都表現得異常激進。