在廣告營銷上，趙新先有兩個發明。他是出租車頂箱廣告的中國發明者。1988年，他在一部美國電影中偶爾瞥見一輛車頂背著個廣告燈箱的出租車一閃而過。第二天，他就跟廣州市的出租車公司洽談，在400多輛出租車上安裝了“胃藥之王，三九胃泰”的頂箱廣告。這些車在市區四處跑，傳播效果出奇的好。這種廣告形式很快風靡全國，連香港也在兩年後立法通過了這種廣告行為。趙新先還是明星代言廣告的首創者。也是在這一年，他說服著名的老電影藝術家李默然為產品做廣告：“幹我們這一行的，生活沒有規律，常患胃病……三九胃泰是治胃病的良藥。製造假胃藥品，是不道德的行為，應該受到社會的譴責。”這則半功能、半公益的明星廣告在中央電視台一播出，頓時就引起轟動。人們開始討論，明星到底能不能做廣告，李默然到底收了企業多少錢，這些爭議讓始料未及的李默然困擾不已，卻把“三九胃泰”的名氣越炒越大。
到1988年底，南方藥廠的產值就達到了18億元，實現利稅4億元，居全國500家最大工業企業第82位，成為當時國內知名度最高、贏利最好的中藥企業。而當時，與三九幾乎同時創建的海爾、聯想、萬科等公司的銷售額無一超過10億元，華為、娃哈哈則才創業不到1周年。1989年前後，趙新先一口氣推出壯骨關節丸、正天丸、皮炎平等係列中藥產品，它們的銷售額在1年內都超過了1億元。南方藥廠在中藥開發和市場運作上的能力，在國內已無人可以撼動。在某種意義上，在整個20世紀80年代，它是最成功的市場化企業之一。
南方藥廠的快速崛起，使趙新先成為中國企業界一顆耀眼的新星。1989年4月，解放軍總後勤部為南方藥廠記集體二等功，授予趙新先“優秀軍隊企業家”稱號，頒發二級英雄模範獎章一枚，還向全軍作出了《關於向趙新先同誌學習的決定》。9月，趙新先被國務院授予“全國勞動模範”的稱號。
如果說趙新先的經營才略讓人驚歎的話，那麼，他以強人姿態所形成的“三九機製”則在當年更具轟動性。
就跟很多中國企業一樣，企業家在草創期間起到了第一要素的作用，其經營能力及個人魅力成為企業取得成功的關鍵。在南方藥廠奇跡般的崛起中，趙新先的才幹無疑是最具決定性的，漸漸地他在企業內部形成了不可替代的絕對權威。1991年10月，解放軍總後勤部出資1億元從廣州第一軍醫大學手中買下南方藥廠，第二年，藥廠更名為三九集團。解放軍總後勤部對三九集團的管理實行的是最為寬鬆的法人代表個人負責製。其做法是，解放軍總後勤部給趙新先充分放權，在組建企業集團的文件中明文規定隻管趙新先一人，他對企業全部資產的增值和安全全權負責。在三九集團內，趙新先是總經理兼黨委書記，下麵不設副總經理，集團總部隻設黨務部、財務部和人事部3個機構，甚至連總裁辦公室都沒有，趙新先之下設5個秘書，分別處理相關具體事務。趙新先將這種管理設置，得意地稱之為“一人機製”。
三九的管理模式，在當時國內的所有國有企業中絕無僅有，甚至是不可想象的。它突破了僵化的國有體製對企業的束縛，帶來的結果是真正的政企分開，從而解決了國有企業10多年來始終難解的老大難問題。這是所有國有企業家們夢寐以求的製度設計。許多年來，他們受困於體製，如“籠中之獅”。而趙新先正是憑此硬是讓自己合理合法地掙脫在繩索之外，使企業的成長始終牢牢地控製在自己的手中。在相當長的時間裏，三九集團一方麵享受著國有企業的種種製度優勢，另一方麵又靠“三九機製”而保持自由成長的空間。