蔡元培原本就瘦，夫人擔心素食對健康有影響，便借故勸說他：“先生早年曾密造炸彈，試圖謀殺慈禧，那時連人都想殺，現在怎麼連禽獸的生命都痛惜起來了？”蔡元培回答“人有該殺之罪，殺之非為過也。動物何罪之有？故殺之無道也！”
1913年10月，蔡元培參與孫中山“二次革命”後，攜家人來到法國遊學，暫時住在李石曾創辦的位於巴黎近郊科隆布鎮的豆腐公司。蔡元培素食就受李石曾影響，如今住在他的豆腐公司裏，“午、晚餐包與豆腐公司”，自然是餐餐素食，吃得最多的是豆腐、豆漿、豆麵、豆粉、豆皮等。有人後來回憶說，“元培同他都力行素食，這一特殊的生活習性使兩人相處頗為契合”。在法國期間，蔡元培一家先後住在聖多耐、都魯士和羅埃等地。在羅埃，蔡元培跟李石曾的朋友歐思東住在一起，向他學習法語。歐思東是比利時人，“長於音樂，常素食”。相同的情趣與習性，使他們相處十分融洽，更使蔡元培保持著素食這個習慣。
據語言學家何容晚年在《對“卯”字號前輩的一些回憶》一文記述，“五四”時期，天津學生聯合會邀請蔡元培去講演，地點安排在維斯禮堂。聯合會派代表到車站去迎接，但沒有接到蔡元培。原來，蔡元培獨自先跑到天津大胡同著名的真素樓吃素菜去了。
任北大校長期間興起素食熱
蔡元培不僅自己素食，還在擔任北京大學校長期間在師生中倡導素食。1917年底的一天，《北京大學日刊》的一位校刊編輯跑來請示說，有一位叫林明侯的學生，來函建議校方提倡素食，還要求公開發表自己的主見，不知校長尊意如何？蔡元培當即作了批複：“此提議鄙人甚所讚成。同學中有讚成斯舉者，可速赴齋務處報名，以便議定辦法。”該批複意見與林明侯的《請於校內增設餐堂另訂素食章程書》一起在1917年11月15日的《北京大學日刊》發表後，北大校內一度興起素食的熱潮，許多老師和學生都開始素食。
蔡元培還在北大倡導發起組織北大“進德會”，1918年1月19日《北京大學日刊》刊登的《北大進德會旨趣書》中，把“不食肉”作為“正心修德”的一條重要標準，指出會員修身的最高等級是“八不”：不嫖、不賭、不納妾、不作官吏、不作議員、不吸煙、不飲酒、不食肉。
1921年，蔡元培因腿病不能行走，醫生覺得病時素食不易調理，勸他恢複肉食。蔡元培在《自寫年譜》中雲：“（我）素食十二年，至民元（國）十年，在北京因足疾被醫生勸告而又食肉，深愧不如李君（即李石曾）的堅定”。（據《人民政協報》）