綜合全國各地特殊經濟區發展狀況，上海特殊經濟區不僅設區最早、種類最全，而且其整體經濟發展水平高，綜合經濟優勢顯著，是全國特殊經濟區發展的一個典型範例。鑒於上海特殊經濟區的“領頭雁”角色，可以以上海為先導，以天津、大連、青島、深圳、廣州、寧波、蘇州等地為重點，調整相應的管理政策，逐步推動我國特殊經濟區向更高形式的自由經濟特區轉型，並以此帶動“長三角”、“環渤海”以及“珠三角”三個經濟帶外向型經濟發展。
首先，在放鬆外貿管製的條件下，可取消賦予保稅區部分企業外貿經營權試點，便於區內、區外貿易企業開展公平競爭。保稅區內企業與區外企業有無外貿經營權是一個看似獨立、但卻實為高度相關的問題。設A是一家區內企業，B是一家有進出口經營權的區外企業，C是一家沒有進出口經營權的區外企業（見下圖）。在外貿管製條件下，A與C之間的交易必須經過B的中介，這不但增加了交易成本，而且還使B成為A與C之間商業信息的知情人。要降低交易成本，減少泄露商業秘密的風險，A希望和C之間直接進行交易，實現A和C之間的直接交易有以下兩個途徑：一是賦予A進出口經營權，這樣，A、C之間可以直接形成進出口代理關係；二是賦予C進出口貿經營權，A和C同樣可以直接進行貿易，而無須B的中介。
根據2004年7月1日實施的《中華人民共和國對外貿易法》，對外貿易經營者可以是依法辦理工商登記或者其他執業證明的個人，獲得進出口經營權隻需向有關主管部門辦理備案登記手續。可見，新的《對外貿易法》已經取消了企業或個人獲得進出口經營權的門檻。在業已放開區外企業進出口經營權的條件下，區內企業是否有進出口經營權已沒有太大的意義。新的《對外貿易法》不僅為保稅區企業充分利用好境外、區外兩個市場提供了重要的法律支持，而且也為取消賦予部分保稅區企業進出口經營權創造了條件。
其次，優化保稅區與出口加工區功能定位，並形成錯位競爭的發展格局。在上述三類特殊經濟區中，保稅區是一個集“貿易”、“物流”和“出口加工”於一身的綜合性對外開放區域，但其“現代物流”、“出口加工”則分別和物流園區、出口加工區的功能定位相重合。功能重合顯然會加劇特殊經濟區之間的不當競爭。從發展趨勢上看，我國保稅區都擁有毗鄰港口的區位優勢，貿易、現代物流等產業具有巨大的發展空間，而出口加工雖然也是保稅區的一個主要經濟功能，但由於保稅區土地資源開發的飽和度已經很高，土地資源的硬約束要求其不能將一般的出口加工作為主要功能來開發，而是要積極引入現代生產供應鏈上的上遊企業，如OEM、ODM等外包生產方式中的發包企業。在外包生產方式中，發包企業一般將原材料采購、生產加工以及一些產品的外圍設計外包給專門的生產廠商，但其仍然全程控製從原材料供應商認定、生產過程質量監督到產品銷售等各個中心環節。作為整個生產活動的組織者，發包企業可以脫離傳統意義上的加工企業形態。保稅區不斷深化的貿易和現代物流功能不僅可以為發包企業提供更大的便利，而且可以與出口加工區形成錯位競爭，並構成一條完整的產業鏈。
第三，盡快將物流園區的試點範圍擴大到整個保稅區，並統一特殊經濟區的各項管理政策。建立物流園區的初衷主要是解決保稅區毗鄰港口、而又無法發揮港口區位優勢的窘境。實現區港聯動，不僅可以提升港區功能，而且可以進一步推動保稅物流業的發展。目前，我國大多數物流園區都是保稅區的“區中區”，並享有出口退稅等多項優惠政策。物流園區之所以享受更多的優惠政策，也是在現行保稅區政策一時難以突破的情況下，通過“試點”的方式為未來保稅區發展投石問路。此外，作為保稅區的“區中區”，兩者功能定位重疊，為減少物流園區對保稅區物流產業發展的“擠出”效應，同時考慮物流園區的“試點”性質，不應再盲目擴大物流園區的試點區域範圍，增加“試點”成本，而是要盡快將“區港聯動”試點擴大到整個保稅區，並移植相應的優惠政策，這樣，不僅消除了上述“擠出”效應，而且基本解決了特殊經濟區之間的政策差異，並為以後統一特殊經濟區管理政策和構建統一監管平台創造條件。
第四，結合外彙體製改革方向及特殊經濟區外彙管理特點，逐步實現貿易、投資乃至資金流動便利化。外彙體製的改革方向就是要逐步放鬆對外彙資金流動及彙兌的限製。為促進特殊經濟區貿易、投資便利化的發展目標，在現行外彙管理框架內，充分發揮其“外彙資金相對封閉運行”的特點，進一步調整有關外彙管理政策：一是可利用區內企業現有的幾種購彙渠道解決非貿易項下購彙支付問題，即在現有購彙渠道內，取消對所購外彙使用範圍的限製。二是按照分類管理模式，並結合企業經營特點，對誠信企業可進一步增加可控的購彙渠道，如按照不同的比例放大現有購彙額度的上限，以滿足企業實際經營需要。三是放鬆對區內企業自有外彙資金的管製。對貿易項下自有外彙資金的支付，可突破現行貿易項下“一一對應”的外彙管理模式，以適應“物流”、“資金流”兩分離的新型貿易方式，極大促進貿易便利化，並在此基礎上，全麵推動區內企業自有外彙資金跨境流動便利化。
通過上述一係列的調整，將進一步整合我國特殊經濟區的政策資源，清晰保稅區和出口加工區的功能定位，並通過與相關產業鏈條的嫁接，帶動整個區域經濟的發展，進而實現我國特殊經濟區向世界先進自由經濟特區轉型的跨越式發展。
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10.數字主要來源於各保稅區、出口加工區網站和相關網站公布的資料。