其次，經過十幾年的發展，我國特殊經濟區的經濟功能不斷深化。從我國目前三個主要類型的特殊經濟區看，保稅區已由最初的“保稅倉儲、出口加工和轉口貿易”三大功能逐步發展成為一個集貿易、現代物流、高新技術產業、商品展示於一身的綜合性對外開放區域。出口加工區則通過積極融入IT行業產業鏈，在吸引OEM（OriginalEngineeringManufacturer）廠商上取得了很大成績。剛剛起步的保稅物流園區則直接定位在發展現代物流產業，通過港口和保稅區的優勢疊加，以進一步增強上海、深圳、天津等口岸的輻射能力。
最後，從管理模式上看，我國特殊經濟區均被界定為海關監管特殊區域，其關境是設在區內與境內區外之間，貨物從區內進入區外，或從區外進入區內，海關都是嚴格按照進出口報關模式進行監管，在進口環節，海關須審價，並征收進口環節的稅收。而對貨物從境外進入區內（進境），或從區內到境外（出境），海關隻備案，在進境環節，海關也無須審價，貨物無論進境還是出境，都處於保稅狀態。由此可見，我國特殊經濟區的海關監管模式仍然可以概括為“放開一線，監管二線”，從而具有自由經濟特區最基本的區域經濟特征，兩者在整體上應該說“似非而是”。
但是，我國特殊經濟區是在經濟轉型、對外開放等曆史條件下逐步建立起來的，其間並沒有完全相同的模式可以借鑒，其發展路徑既不是一個經濟發展過程中自然演進的過程，也難以遵循先立法、後實施的一般發展規律。在整個發展過程中，難免存在立法滯後，多頭管理，相關職能部門政策不協調等諸多問題。
首先，保稅區作為一個綜合性的對外開放區域，貿易是其最主要的三大經濟功能之一，但由於外貿主管部門將保稅區企業視同境外企業，區內企業從設區開始就一直沒有進出口經營權。在外貿管製條件下，當一家沒有進出口經營權區外企業與區內企業進行貿易時，必須委托一家有進出口經營權的區外企業代理。從區內企業的角度上看，如果本身有進出口經營權，區內企業可以直接代理沒有進出口經營權的區外企業進行貿易，從而節約了交易成本。2003年，商務部和海關總署在上海外高橋等四個保稅區進行開展賦予部分區內企業進出口經營權的試點工作，部分區內企業獲得進出口經營權後，就有了“區內企業”和“區外企業”的“雙重身份”。由於現行的海關、外彙管理對區內、區外企業分別采用了不同的管理模式，這樣，在一筆交易中，如何認定企業的“雙重身份”就成了海關、外彙管理在實際操作中麵臨的難題。此外，區內企業“雙重身份”還使區外外貿企業處於明顯的不公平地位，考慮到設立貿易公司的成本比較低，一些區外外貿企業可以通過在區內設立分支機構的方式來獲得廣泛的政策便利，從長期看，也不利於區內企業的發展。
其次，各特殊經濟區在稅收管理政策，特別是在出口退稅政策上是不同的。保稅區的出口退稅政策實行的是“一線管理”，即區外貨物進入保稅區時不予退稅，隻有到貨物離境時才予以退稅。而出口加工區和物流園區的出口退稅實行的是“二線管理”，即貨物由區外進入區內就視同出口，並予以退稅。由此可見，在出口退稅政策上，特殊經濟區之間是不平衡的，出口加工區和物流園區具有相對優惠的稅收政策。政策的不平衡加劇了各特殊經濟區之間的不公平競爭，以上海外高橋保稅區為例，作為“區港聯動”試點的物流園區實際上是外高橋保稅區的“區中區”，由於其在稅收、外彙管理政策上具有相對比較優勢，對保稅區發展物流產業可能會產生很大的“擠出”效應。
第三，在現行外彙管理框架內，為防止特殊經濟區成為外彙資金跨境非正常流動的通道，從理論上講，特殊經濟區外彙資金需要“相對封閉運行”。相對封閉運行有兩層政策含義：一是可以根據企業的實際經營需要設定一定的購彙渠道，但所有的購彙渠道應該是可控的。據此，區內企業的利潤、紅利、股息可以購彙彙出，以人民幣注冊的企業以及分撥類、出口加工型企業可以分別在實際到位的人民幣資金及產品內銷所得人民幣的額度內購彙。同時，由於外彙資金“相對封閉運行”，企業的自有外彙資金運作可以更加便利。據此，區內企業的賬戶可以不設賬戶限額，且出口加工區的企業賬戶也不再區分資本與經常賬戶。
但是，隨著區外外彙管理政策的逐步放鬆，特殊經濟區原有的優惠政策正逐漸弱化，而區內企業在購彙方麵的限製一時又難以有效突破。此外，隨著第三方物流的發展，以及OEM、ODM（OriginalDesignManufacturer）等各種外包生產方式的引入，出現了大量的“物流”和“資金流”相互分離的新型貿易方式，從而徹底打破了現行的“物流”和“資金流”一一對應的外彙管理模式。特殊經濟區外彙管理政策不僅麵臨解決區內、區外政策之間的平衡問題，而且還要適應經濟發展的需要，破解一些新型貿易方式給外彙管理帶來的難題。
四、推動我國特殊經濟區轉型的若幹政策建議
從上述我國特殊經濟區的發展狀況看，雖然其已具有了自由經濟特區最基本的區域經濟特征，但兩者之間仍然存在較大的差距，不僅各項管理政策還沒有成型，而且各類特殊經濟區之間的政策仍然存在較大的差異。為加速我國特殊經濟區的發展步伐，仍需進一步完善有關管理政策，並以此為突破口，逐步形成一個統一、完整、規範的特殊經濟區法規體係，從而為我國特殊經濟區向更高形式的自由經濟特區轉型創造條件。
但是，我國特殊經濟區發展是不平衡的，根據王宗軍等人（2003）對全國保稅區發展水平的綜合比較研究，上海外高橋保稅區、天津港保稅區分別處於第一、第二層次；深圳沙頭角、大連、青島和深圳福田保稅區位於中等水平，處於第三層次；其餘的則發展水平較低，分別處於第四、第五層次。和保稅區類似，各地的出口加工區發展也是非常不平衡的，在目前已獲批準的56個國家級出口加工區中，上海、蘇州兩地的出口加工區發展迅速。2004年，全國33個封關運作的出口加工區進出口總額達到354.4億美元，其中，上海出口加工區和昆山出口加工區進出口總額分別達到175.3億美元和114.4億美元，占全國出口加工區進出口總值的49.5%和32.3%。相對於保稅區和出口加工區，保稅物流園區起步較晚，但其功能定位主要是以港口為依托，著重發展現代物流業。2004年，貨物吞吐量超億噸的港口有上海、寧波、廣州、天津、青島、大連、秦皇島、深圳8個港口。其中，上海港的貨物吞吐量達到3.8億噸，寧波、廣州、天津港口都已突破2億噸大關。