防治方法：發病初期可用50％琥膠肥酸銅（DT）可濕性粉劑500倍液，或77％可殺得微粒可濕性粉劑500倍液，72％農用鏈黴素可溶性粉劑400倍液，新植黴素4000～5000倍液，7～10d（天）噴1次，連續噴2～3次。
2．2洋蔥頸腐病症狀：病原為蔥屬葡萄孢，屬真菌病害。主要為害葉鞘和鱗莖的頸部，先產生淡褐色大塊病斑，後內部組織變褐腐爛，濕度大時病斑上長滿灰色黴狀物，後期可在鱗莖表皮下產生黑褐色片狀菌核。貯藏期在頸部或肩部呈現淡褐色變軟凹陷斑，鱗片間有灰色黴層，最後形成許多黑色小菌核，有時與軟腐病混發。
傳播條件和發病條件：該菌多以菌絲體或菌核潛伏在鱗莖或病殘體上越冬，再由菌絲或菌核上產生分生孢子，隨氣流傳播，病菌從葉片的傷口或枯死的部位侵入、擴展，引起鱗莖或頸部發病。生長後期遇連陰雨或貯藏期濕度變大時發病重。
防治方法：可用50％速克靈可濕性粉劑2000倍液或45％特克多（噻菌靈）懸浮劑3000倍液，50％撲海因可濕性粉劑1500倍液，60％防黴寶（多菌靈鹽酸鹽）超微粉600倍液，40％多·硫懸浮劑600倍液，50％混殺硫懸浮劑或36％甲基硫菌靈懸浮劑500倍液，2％武夷菌素（BO－10）水劑150倍液，隔7～10d（天）噴1次，共3～4次。
2．3洋蔥球莖軟腐病症狀：病原為唐菖蒲假單孢洋蔥致病變種，屬細菌性病害。
主要為害鱗莖和葉片，鱗莖染病後內部鱗片腐爛，從外部不容易發現，發病後期整個鱗莖變軟，且有大量菌膿。葉片染病，多在葉部產生壞死斑。
傳播途徑和發病條件：病原細菌在病組織中越冬，翌年春經風雨、昆蟲或流水傳播，從傷口或氣孔、皮孔侵入。高溫多雨季節、地勢低窪、土壤板結易發病，傷口多、偏施氮肥發病重。
防治方法：可用30％綠得保懸浮劑400倍液，或72％農用鏈黴素可溶性粉劑4000倍液，25％絡氨銅水劑500倍液，50％琥膠肥酸銅（DT）膠懸液500倍液，77％可殺得可濕性粉劑500倍液進行防治。
2．4洋蔥球莖腐爛病症狀：病原為洋蔥假單孢菌，屬細菌病害。病菌隻侵染鱗莖外麵2～3層新鮮鱗片，但不都是最外層的鱗片，病部發粘變黃腐爛，病部非水浸狀，靠鱗莖上部皺縮，外麵幹枯的皮一碰即落，鱗莖心部呈薄膜狀，腐爛處具有酸味，有別於歐氏菌引起的軟腐病。
傳播途徑、發病條件、防治方法同2．3。
2．5注意事項①洋蔥的病害防治，一定要以預防為主，加強農業生態防治。選用抗病品種，與蔥、蒜、韭等百合科及大白菜、甘藍、馬鈴薯、胡蘿卜等作物輪作3a（年）以上。而且應培育壯苗、適期早栽、勤中耕、淺澆水，及時排水，施充分腐熟有機肥，防止氮肥過多。注意防蔥蛆（見1．4）。發現病害及時防治，以免延誤防治最佳時期。②由於洋蔥葉麵上有蠟質層，會影響藥液的吸附效果，因此在葉麵噴藥時應加入0．2％的洗衣粉作為展著劑，以增加藥效。③在防治上應優先選用高效、無毒的生物農藥，如施用農用鏈黴素200mg·L－1灌根防治細菌性病害，用井崗黴素1000～1500倍液防治真菌性病害，用Bt乳劑300～500倍液防治蟲害。④葉麵噴施一般用藥液量為750kg·hm－2。