比較令人信服的說法是來自醫生和醫學專家們的研究。莫紮特死亡若不成其謎的話，那麼有一點可以令人相信，莫紮特之死在於自身的原因，即死於某種疾病，至於死於何種疾病，則是爭論的焦點。
權威的《新格羅夫音樂與音樂家辭典》代表了一般的觀點，它認為兩個維也納名醫克勞塞特和薩拉巴為莫紮特診斷的結果是嚴重的粟粒疹熱，後期發展到痛風傷風，這與其病史及傳記家們的描述大致相符，如美國的瑪麗亞·達文波特的《莫紮特》曾記述了莫紮特死前胳膊大腿皆粗腫狀，至少反映了此類病症的嚴重。他逝世前兩個鍾頭，全身痙攣，昏迷不醒，雙頰腫脹，這是支氣管炎症狀；嚴重支氣管炎患者往往是尿毒症患者。這種說法也許是最有力的研究，因為各種權威的資料都記載了一個共同點：莫紮特嗜好抽煙喝酒，患了支氣管炎，也有尿毒症，電影《莫紮特》顯示了這些症狀。其他說法還有，如1991年2月11日《上海譯報》摘譯的《國際先驅論壇報》《莫紮特死因有新說》文中認為，莫紮特可能死於為控製嚴重風濕病而施行的放血療法，這種說法類似於戴維斯博士的一篇論文之說，莫紮特死於下列病症：鏈球菌感染造成的腎髒衰竭，被醫生切開靜脈放血，又大腦出血，最後死於晚期支氣管炎。
傳統的說法很多，如認為作曲家死於粟粒疹熱、死於神經衰弱、死於肺病、死於放血和灌腸及其他錯誤的治療方法等等，由此我們可以推斷，莫紮特最終患了不止一種疾病，他那無規律的生活作風和不擅理財治家的妻子對他健康的日益損壞都有客觀的影響，因而導致了他的早逝。
1791年12月5日，門外大雪紛飛(資料表明當時卻沒有暴風雪或陰雨)，他掙紮著想寫點什麼，但未能如願，不久就停止了呼吸，他把一切都獻給了大地。這位作曲家死前倍受困苦、死後葬儀那麼淒涼，送葬的隻有三五人，他的妻子臥病在床，送葬者到了墓坑邊上便匆匆離去。隻有上帝和一個掘墓的老頭目睹了作曲家的墳墓，這個老頭子以為莫紮特是一個平民百姓，便胡亂地將那薄皮棺材埋在日後無法可查找的地方，埋葬在不久前死於一次瘟疫的許多維也納人中間。他妻子病愈後不久便再嫁給一位瑞典的外交官，16年後，她發現其前夫是如此名聞天下，便良心發現，想到墓地去燒些靈紙，祭奠亡夫，但當她到了維也納郊區的聖馬克公墓時，卻無法找到那墳墓。
偉大的莫紮特給人留下的形象永遠是樂觀向上、歡暢甜美的。盡管他生前倍受生活和疾病困擾，死後又那麼淒慘，甚至後世的研究者還把所有惡毒的病魔加到作曲家身上，但映射於他心靈的音樂令所有“具有莫紮特音樂愛好史”的人終生難忘。正如人們無法忘記那美妙的音樂一樣，人人同樣忘不了他那真正的藝術家的氣質。
“他的音樂是永存的!”
圍繞著他的死亡之因的爭論也會永遠存在下去。