吳澄身居布水穀，雖簞食瓢飲。艱苦備嚐，但他一力纂次諸經，一日不曾懈怠。在短短幾年時間內，他注釋了《孝經》章句，校訂了《易》、《書、《詩》、《春秋》，修正了《儀禮》、《小戴禮記》、《大戴禮記》等，對儒學經典的整理和流傳作出了不可磨滅的貢獻。下麵就諸書分別予以簡述，以便知其大概。
《易》據《漢書·藝文誌》載：《易》12篇，即包括經二傳十。自從魏晉諸儒分象象文言入經、而《易》非古，注疏傳誦者苟且因循以至於宋。宋代名儒呂祖謙通過精心考證，將《易》恢複其舊。而後朱熹沿用呂本，但對於書中文字闕衍謬誤，沒有來得及全麵訂正。吳澄有鑒於此，特重加修訂。他采用呂祖謙古易本經文，每卦先列卦變主交，每交先列變交，次列象占。十翼也各分章數，其訓解各附句下，音釋考證於經則附於每卦之末，於傳則附於每章之末。
《書》宋儒多疑古文《尚書》為偽書，從吳澄開始，專主今文《尚書》。吳澄以今文《尚書》25篇自成卷帙，以區別於古文《尚書》；又將原書各篇開頭的小序合並在一起，放在全書後一部分；至於孔安國的一篇序文，也附錄書末。此書雖專門闡釋《尚書》今文，但大多合於古義，實為其可取之處。
《詩》自漢代以來，學者解說《詩經》，全都以《詩序》為本。尤其是毛公將《詩序》分置於各篇開頭，使後世讀者往往局限於隻從序中去探索詩之大旨。對此，宋儒頗以為非，朱熹深斥其失而索性去掉序文。吳澄按照朱子所定，刪掉各篇開頭之序，以避免其混淆於《詩經》正文，使讀者便於以詩求詩，而不為序文所惑。至於詩篇次第，吳澄也酌情加以調整，使其編排更為合理。
《春秋》吳澄認為，漢儒對於《春秋》三傳，專門守殘護缺，不能貫穿異同而有所去取；唐代啖助、趙匡、陸淳三位學者始能信經駁傳，多得其本義，但仍有若幹失當之處。為此，吳澄將《春秋》再加審訂，編為七綱八十一目，解說以左氏為主，兼采諸家傳注，而參之以己見，旨在使讀者知道《春秋》史筆有一定之法，相信經文無不通之例，從而避免望文生義，誤解聖賢之言。
《儀禮》吳澄深惜《儀禮》17篇尚不完備，於是從《禮記》、《大戴禮記》、《小戴禮記》以及鄭玄《三禮注》等廣泛攝拾，編成《儀禮逸經》8篇，即投壺禮、奔喪禮、公冠禮、諸侯遷廟禮、諸侯釁廟禮、中囗禮、礻帝於太廟禮、王居明堂禮。他又從《大戴禮記》、《小戴禮記》中采摭，編成《儀禮傳》10篇，即冠儀、婚儀、士相見儀、鄉飲酒儀、鄉射儀、宴儀、大射儀、聘儀、公食大夫儀、朝事儀。此書仿朱熹《儀禮經傳通解》之例，按照古人行禮之節次編纂經傳文字，其條理顯得較為縝密。
《小戴禮記》、《大戴禮記》漢代經學興盛，學者發現先德所記禮書200餘篇，經大戴氏（德）刪減合並為85篇，又經小戴氏（聖）斟酌損益為43篇。自漢以來，此書屢經後人增刪改篡，其文字顛倒紛亂。朱熹曾打算加以修訂，但未及完成此事。吳澄繼承朱烹遺誌，對《小戴禮記》、《大戴禮記》正訛糾誤，精心編次，廈訂兩書各為36篇和34篇，為後人提供了較好的讀本。
五、漫遊講學
元世祖至元二十年（1283）冬，吳澄因父親身染重病，隻得告別友人鄭鬆，離開布水穀，侍奉父親返回崇仁老家。次年五月，其父不幸病逝。吳澄哀毀骨立，竭其全力為父親辦理喪事，以盡孝子之道。
至元二十三年（1286），程钜夫任江南行台侍禦史，奉皇帝之命四處訪求遺賢，凡發現德行高尚、才藝傑出的人，便由當地驛站立即派人護送入京拜見皇帝，以聽候封賞。這一年冬天，程钜夫不辭辛苦，專程趕到撫州，命郡縣官吏親往慰問吳澄，並想方設法強求他出來做官。當郡縣官吏來到吳家的時候，吳澄再三聲稱母親年老，無人奉養，以此作為理由堅決推辭。最後，程钜夫親自前來看望他，經過一番問寒問暖、敘舊談心之後，又十分懇摯地對吳澄說：“誠不肯為朝廷出，中原山川之勝可無一覽乎？”吳澄看到這位老學友一片誠心，實在推卻不過，隻好答應與之同行，權作一次北上漫遊。他將此事稟告母親遊夫人，征得老人家同意，隨即整治行裝，與程钜夫一道，於十一月向建昌路（今江西南城）出發。
次年春天，吳澄到達燕京（今北京市），與一班名士頻繁交往，彼此談經論學，相互切磋，倒也不虛此行。程钜夫一攏京都，忙著把自己所薦賢士的名冊向皇帝上報複命。他原本答應吳澄，不將其列入推薦之列；但經過反複思考，總覺得人才難得，實在不忍心遺棄賢能之士。於是竟違背自己的諾言，特別把吳澄向皇上作了推薦。吳澄很快知道了此事，仍以母親年邁體衰為由，極力推辭。隨後收拾行李，決定獨自南歸。朝中公卿大夫素聞吳澄之賢，紛紛出麵挽留，但吳澄執意離京。眾人無可奈何，便相率為吳澄餞行，席間賦詩送別，依依難舍。故宋宗室趙孟(兆頁)（當時召為兵部郎中）還手書朱熹與劉子暈所和詩三章，送給吳澄以作留念。目睹當時這種送別場麵，無不令人為之感歎。十二月，吳澄抵達崇仁故裏。在沿途舟中，他觸景生情，揮筆寫下了《感興詩》25首。
至元二十五年（1288）初春，宜黃（今江西宜黃縣）吳東子修建了一座義塾，匾上題名曰“明新堂”，專為鄉裏子弟提供讀書之便。他特地奉書聘請吳澄前往授徒講學，吳澄欣然應允。留寓塾中數月，吳澄不分朝夕，講學不倦；遠近學子登門受教，絡繹不絕。
同年秋，程钜夫上疏朝廷說：“吳澄不願仕，而所考《易》、《書》、《詩》、《春秋》、《儀禮》、《大戴禮記》、《小戴禮記》俱有成書，於世有益，宜取置國子監，令諸生經習，次第傳之天下。”朝廷采納了程矩夫的意見，於是移命江西行省派遣官員前往吳澄家中謄寫進呈，並下令地方政府對吳澄隨時給予優禮厚遇。
元成宗元貞元年（1295）八月，吳澄出遊龍興西山（位於今江西南昌市郊）。江西湖東道肅政廉訪使司經曆官郝文得知這一消息，特地迎請吳澄入城，留居郡學講授《易經》。郝文本人詢阿《易經》疑難數十條，吳澄一一作答，其言深入淺出，透辟明晰，使郝文和在座學者大為歎服。兩人對答之辭，由官吏從頭至尾記錄下來，題名曰《原理》，讓四方學者傳抄研習。
當時，南北土友前來問學者頗多。清河人元明善身任江西省椽，向以文學自負，經常屈其同座。這次聽說吳澄來到郡學，他也不甘寂寞，專撿有關《春秋》大義的數十條疑難問題請吳澄解說。吳澄不假思索，而對答如流，句句皆為領會至深之語。元明善聽了，有如醍醐灌頂，對《春秋》義理領悟了很多，但尚存些須疑點。吳澄因材施教，便指導他研讀《程氏遺書》和朱熹《近思錄》。元明善過去曾幾次讀過這兩種書，但直到現在經吳澄點撥，才知反複玩味而有所得。一天，他當麵感謝吳澄說：“與吳先生言，如探淵海。先生之學，程、朱之學也，請執弟子禮終身！”隨後，城中士友及諸生紛紛請求由吳澄主講郡學，吳澄便為大家專題講授“修己以敬”章，滔滔萬餘言，聽眾成百上千，多所感發。
六、官授師儒
掾元成宗元貞二年（1296），董士選身任江西行省左丞。經省椽元明善引見，他前往館塾拜望了吳澄，並詢問《春秋》經義和治亂之道，都得到了令人滿意的解答。董士選拱手告別了吳澄，與元明善同返官署。歸途中，他深有感慨地對元明善說：“吾平生所見士多矣，未有德容辭氣、援據經傳如吳先生者！”
大德元年（1297），董士選拜江南行台禦史中丞。次年進京朝見皇帝，改金樞密院事。他多次向朝廷推薦吳澄，但吏部遲遲未能采納他的意見。一日在都堂議事，董士選離座起立，對丞相愕勒哲和平章軍國重事博果密說道：“士選所薦吳澄，非一才一藝之能也。其人經明行修，論道經邦，可以輔佐治世，大受之器也。”丞相和平章軍國重事聽了，都說：“金院質實所薦，必天下士何疑焉！”事有不巧，平章軍國重事博果密改拜禦史中丞，不久去世，未及任用吳澄。
大德五年（1301），董士選官拜禦史中丞，又全力舉薦吳澄。於是，朝廷授吳澄為應奉翰林文字、登仕郎、同知製誥兼國史院編修官，並移命江西行省派遣官吏敦促吳澄赴京就職。董士選專門以個人名義寫了一封書信，再三勉勵吳澄應召出仕。吳澄當即複書，極力推辭不就。他在回信中說：
澄以古之賢人君子自期，則其出處進退必有道矣。不然，貪榮嗜進，亦若而人也，閣下奚取焉？愛人以德，成人之美，是所望於今之大臣宰相能如古人者；愛之以德而成其美，豈必其仕哉。康節邵先生詩雲：“幸逢堯舜為真主，且教巢由作外臣。”澄雖不肖，願自附於前修，成之者在閣下。
吳澄雖然一再陳情推卻，但迫於地方官吏三番五次催促，隻得親自去京城向皇帝謝辭。等他抵達京都，已經有人先代其任，此事方才作罷。時值大德六年（1302）十月，吳澄本想立即動身返回故裏，但河凍冰封，歸路難行，於是暫且滯留京都，再作打算。門人元明善朝夕侍奉吳澄，甚為勤謹。而朝中士大夫紛紛前來問學，吳澄一一為他們解惑釋疑。
大德七年《1303）春天，吳澄治裝南歸。禦史中丞董士選抗章論奏朝廷有失待士之禮。他說：
應奉翰林文字吳澄，天稟高特，道業安成，不求用於時，隱居五十餘載。至元間遣使求賢，同至者俱為按察，本官力以母老辭還。大德五年，舉本官有道之士，都省奏克前職，谘行省特遣之任，未至而吏部作不赴任闕。頃於本官無所加損，似失朝廷崇儒重道之意。
盡管言辭懇切，朝廷卻一時置若罔聞。吳澄於五月到達揚州江北，淮東道肅政廉訪使趙完澤以天氣暑熱為由，強行挽留吳澄暫居郡學，當時有中山王(王介)、河南張恒等學者登門受業。張恒等人就《孝經》若幹疑難問題虛心請教，吳澄逐一進行解說，使之恍然大悟，獲益非淺。其後，淮東宣撫使沙卜珠(王介)、工部侍郎賈鈞、湖廣廉訪使盧摯、淮東金事趙瑛、南台禦史詹士龍以及元明善等達官名流，也紛紛具疏致幣，親率子弟趕到揚州，請謁吳澄拜師求學。
大德八年（13。4）十月，吳澄回到崇仁故裏。這時，朝廷有旨傳來，授他為將仕郎、江西等處儒學副提舉。次年，吳澄校定邵子（雍）之書，編次其目為（一）《皇極經世》12卷，為書62篇；附錄《觀物外篇》兩篇；（二）《漁樵問答》1卷，為書22章，附錄遺文6篇；（三）《伊川擊壤集》20卷，為詩1498首，附錄集外詩13首以及《後序》1卷。吳澄天資高明，早年已能領悟《易經》奧秘，所以對邵子之書考校詳實，編訂精審，有功於邵子之學可謂大也。與此同時，吳澄還精心校訂了郭璞《葬書》等古籍。
吳澄不願出仕，遲遲未去上官。大德十年（1306），他決定漫遊南嶽衡山，四月到達袁州（治所在今江西宜春縣）。江西儒學提舉鄭陶孫聞知此事，立即派人致書，追請吳澄赴任。十月，吳澄被迫到官就任。次年正月，他突然染病，二月便告請到富州（治所在今江西豐城縣）就醫。在療養期間，吳澄又精心校訂了一《老子》、《莊子》以及揚雄《太玄》諸書，還與門人論及諸書之本旨，並辨正訛偽，而後著論立說。
元武宗至大元年（1308），新天子即位，廣求人才，詔授吳澄為從侍郎、國子監丞，並移命江西行省敦促赴官。次年六月，吳澄就任國子監丞，六館翕然歸向。最初，元世祖命北方名儒許衡出任國子監祭酒，開始以朱熹理學教授弟子。許衡告老以後，繼之者多是他的門人，還能烙守師法。但時間既久，師傳漸失，學者散漫無歸。而今吳澄一到，決心整治頹風，使諸生為學知其趨向。他每天拂曉便舉燭堂上，讓諸生依次受業，並各持所疑以質問。直至傍晚，他才退歸寓舍稍事休息，而諸生往往執經以從，隨時請教。吳澄根據清生才質之高下、識見之深淺而分別給予指導，使他們都能“刻意研窮，以究乎精微之蘊；反身克治，以踐乎進修之實。”吳澄就這樣諄諄教誨，循循善誘，朝夕講論，寒暑不廢，從而贏得了六館請生的衷心愛戴。他本來不願出仕，但而今官授師儒，每日麵對莘莘學子，確實也感到了為人師表、哺育英才的莫大快樂。
至大四年（1311）三月，元仁宗即位，罷尚書省。吳澄被改授文林郎，升國子監司業。原侍禦史劉賡拜集賢學士兼國子監祭酒，他召集六館請生，反複告誡大家說：“朝廷徒以吾舊人，故自台臣來領學事，主工作，新斯文之意甚重，吾豈敢當！司業大儒，吾猶有所質問，時不可失，師不易得，諸生其勉之！”
吳澄在國子監克盡職守，不負眾望。他采用宋代程顥《學校奏疏》、胡安國《大學教法》以及朱熹《貢舉私議》三者，加以斟酌取舍，專門製訂了四條教法：一曰經學，講授內容有《易》、《書》、《詩》、《儀禮》、《周禮》、《大戴禮記》，再附加《春秋》三傳，要求諸生各專一經，並須熟讀經文，旁通小學，融會諸家講說義理；二曰行實，教育諸生孝順父母，友愛兄弟，尊敬長輩，和睦宗親，厚待朋友，同情他人；三曰文藝，指導諸生學習古文和詩賦，要求人人能夠寫詩作文；四曰治事，為諸生講授有關選舉、食貨、禮儀、樂律、算法、吏文、星曆、水利等方麵的知識，對他們加強能力培養。吳澄還未及施行這些教法，卻被同僚所嫉恨，於是產生了辭官退隱的想法。