呂祖謙之弟祖儉與祖謙共列於《宋元學案》的《東萊學案》之中，他受業於祖謙，也是當時有名的學者之一，並且是其兄長所創的“婺學”代表人物。呂氏之學在呂祖謙之後延綿不絕，“祖謙既沒，弟祖儉繼其遺教，由是速傳不替，曆元至明，則又四百年，文獻之所寄之也。”（《重修浙江通誌稿·麗澤源流傳》）
由於呂祖謙晚年家居講舍名為麗澤書院，全祖望在《宋元學案》中，除立有《東萊學案》專述呂祖謙、呂祖儉的行事及學說之外，尚立有《麗澤諸儒學案》敘其後學。他在《案語》中說：“明招學者自成公（呂祖謙）下世，忠公（周祖儉）繼之，由是遞傳不替，其與嶽麓之澤並稱，……明招諸生曆元至明未絕，四百年文獻之所寄也。”（《宋元學案》卷73）
三、調和朱陸欲融“理學”“心學”於一
呂祖謙的理學思想主要來自家傳，而呂氏家學雖然不私一說，但仍以儒學為宗，他們同其他理學家一樣，特別注重對《中庸》、《大學》的“治心養性”、“窮理盡性”和“正心誠意”等學說的提倡和研究。所以在呂祖謙的理學思想中，也是以“正心誠意”和“治心養性”為其主要內容。他自己從幼年時期便躬行踐履了這一思想。《宋史》本傳說他“少卞急，一日，誦孔子言‘躬身厚而薄責於人’，忽覺平時忿囗渙然冰釋。朱熹言：‘學如伯恭，方是能變化氣質’。”算得上是履行聖人“治心養性”而改變氣質的典範。在認識論和修養論上，仍然是以自存本心和“反求諸己”為根本。據此，他發揮了孟子的“良知良能”之說。這一路徑雖然同“心學”一致，但又把程朱以“窮理”為本的“格物致知”論同上述思想結合為一體，既主張“反求諸己”，又主張“格物致知”，以期達到保養良知良能，存其“本心”的目的。這也是企圖把“心學”和“理學”相調和的表現。
程朱學派充分發揮了《大學》的“三綱”“八目”和“致知在格物”的思想，從而建構了他們龐大的理學體係；陸學則充分發揮了思孟學派的主觀唯心論，鑄造了他的“心學”體係。呂祖謙企圖把二者會歸於一，他的理學思想明顯地帶有調和折衷色彩。全祖望指出：“朱子以格物致知，陸學以明心，呂學則兼取其長，而複以中原文獻之統潤色之，門庭徑路雖別，要其歸宿於聖人則一也。”“呂學”企圖消除理學內部的門戶之爭，調和兩家異同。“鵝湖之會”雖未達到這一目的，但在自己的學說中不僅充分體現了這一要求，同時也融會了其他方麵的儒學思想。如果避開門戶之見，呂學既不屬朱，亦不歸陸，而是具有自己特色、自成一家之言的學術派別。在呂祖謙的學說中，也表現了一些超越於理學範圍的內容。
（一）客觀唯心主義的天理觀
呂氏家學雖然博雜，但他們受二程思想影響很深。呂希哲曾與程頤共同師事胡瑗，後來又師事程頤，其子好問、切問也曾受業於程氏門人尹(火享)，呂祖謙不但從家學中接受了二程思想，還對其在時代上相接替的楊時（楊龜山，二程之高足，南渡之後，被譽為“南渡洛學大宗”，死於呂祖謙出生前二年）十分崇敬。如他認為，讀《中庸》“且專看龜山解為佳”（《呂東萊先生遺集》卷5，以下簡稱《遺集》），他對程頤的《伊川易傳》特別推崇，認為這部書是“不可不朝夕諷閱”的重要典籍。這些事例證明，呂祖謙受二程理學思想的影響很深。因此，在他的“天理”論中，把“理”或“天理”作為自己哲學的最高範疇。歸納起來，他的“理”或“天理”包含以下幾層意義。
其一，“理”或“天理”是超越時空而存在的宇宙萬物之總則。呂祖謙說：“物之逆乎天者，其終必還，……天理則與乾坤周流而不息也。”（《東萊左氏博議》卷1）又說：“天理之在天下，猶元氣之在萬物也。……名雖千萬，而理未嚐不一也。”（同上）“德者，天地萬物所用得實然之理，聖人與天地萬物同遊之也。此德既懋，則天地萬物各得其理也。”（《增修東萊書說》卷幻
其二，“理”或“天理”既是自然界的總規律和最高原則，也是人類社會的最高原則。“天理”是萬物運動變化之終極原因：。“大抵消息盈虛，天理之常，裁成輔相，君人之道也。”（同上卷3）在人道中，它就是道德規範和禮樂刑政製度：“理在天下，遇親則為孝，遇兄弟則為友，遇朋友則為義，遇宗廟則為敬，遇軍旅則為肅，隨一事而得一名，名雖千萬而理未嚐不一也。”（《東萊左氏博議》卷3）同其他理學家一樣，呂祖謙把維護封建宗法製度及一切禮樂刑政和軍事等上層建築的諸多製度和法規，都說成是“理”或“天理”的體現。總之，它是社會生活中的最高原則。
其三，“理”或“天理”是人類必須遵循而不可違背的天條。他說：“循其天理，自然無妄”（《遺集·易說》），又說：“凡物之道於天者，其終必還，……有限之力，豈能勝無窮之天也耶？”（同上《東萊左氏博議》卷1）這顯然是宿命論思想的表現。
無所不在的“天理”體現於天地萬物之中，萬物各自“得此實然之理”，雖然體現於不同事物中的“理”各異其名，但都同出於“天理”，統一於“天理”，這也是程朱“理一分殊”的同調。斷言“理之在天下，猶氣之在萬物”的觀點，似乎是把“理”與“氣”置於同等地位的二元論，然而，如果仔細琢磨之後，就不難發現，這並不是二元論，因為他雖然承認了元氣在萬物，但實際上隻是用以比喻“理”的無所不在，此處所講的“元氣”仍被看做是精神性的“理”的物質載體而已。
其四，“天理”即“天命”。在呂祖謙的天理觀中，天理和天命是緊密相結合的。他說：“命者，正理也，稟於天而正理不可易者，所謂命也。使太甲循正理而行，安有覆亡之患哉？”（《增修東萊書說》卷幻在呂祖謙看來，天命所在，即天理所在，遵“天命”就是順“天理”，違“天命”就是違“天理”。他說：“聖人之心，即天之心，聖人之所推，即天所命也。故舜之命禹，天之曆數已在汝躬矣，……此心此理，蓋純乎天也。”（同上卷3）認為聖人之心體現了天之心，又體現了“天命”和“天理”。在評論朝代的興亡時，呂祖謙斷言天命所為，即天理所在。最高統治者之所以受命於天，就是因為他的思想和行為完全合乎天意，反之，他如果違反了“天理”或天意，就一定會失去統治地位。例如，他在評論《湯誓》的論文中，認為夏桀無道，伊尹相湯伐桀，取得成功，是因為夏朝天命已絕。為什麼湯在誓詞中說“非台小子敢行稱亂”？這是因為，湯之伐桀，“非湯伐桀，乃天命也，湯非順天命應人心，則為稱亂矣。”（同上卷7）夏桀無道，違反了天理，湯伐桀則是順天理、應人心的義舉，否則才是“稱亂”。《湯誓》說：“夏氏有罪，予畏上帝，不敢不正。”商湯奉行了天命，順應了天理，所以取得了勝利。這樣，呂祖謙就把“天理”與“天命”溝通了。
在呂祖謙看來，“天命”和“天理”不僅是決定國家命運的關鍵，同時也是支配人類命運的最高主宰力量，人們的一切成敗興亡，通通係於“天命”。他說：“天命雖不庸釋，然則順此道即古，逆則凶，吉凶由於順逆之間，其報應如反掌之易。天理何常之有，當時時省察，頃刻不忘可也。”（同上卷3）又說：“抑不知天大無外，人或順或逆，或向或背，徒為紛紛，亦未嚐有出於天之外者也。順中有天，違中有天，向中有天，背中有天，果何適而非天耶”（同上）。人們的一切言行之結果，都逃不出“天命”。的安排。接著他又說：“人言之發，即天理之發也；人心之悔，即天意之悔也；人事之修，則天道之修也。無動非天，而反謂無預於天，可不為太息耶！”（同上）一切人事活動，都和“天命”息息相連，就看你是順天，還是逆天，順則安，違則危；順則昌，違則亡。總而言之，天人是相通的，而這種相通，又是由天命來決定的。其實，這個觀點仍然不過是“天人感應論”的翻版。這種思想，是把人們的封建意識集中地上升為“天理”，再把這種“天理”說成是主宰人類社會和人的命運的至高權威，實質上是把封建社會製度之下的倫理道德和禮樂刑政設施加以神聖化，並賦予絕對權威。應該說，這是天命神權思想在新形勢下的特殊反映。就這個方麵來說，呂祖謙的理學思想，在理論的精密性上顯然不及朱熹。其實，在社會的精神文明日益進步的新形勢下，天命神學思想對人民的說服力無疑是十分脆弱的。
（二）企圖調和“理學”和“心學”的“道”“心”合一論
呂祖謙一方麵在“天理”論中把“理”或“天理”作為其哲學的最高範疇和宇宙萬物的總原則，另一方麵又特別強調“心”的地位和作用。他的主觀願望是要調和理學陣營中客觀唯心論和主觀唯心論的分歧，但其結果則是通過這種調和而通向了主觀唯心論。
首先，他把作為宇宙本體的“理”（天理）和進行思維活動而產生意識的“心”都說成是“純乎天”的主宰者。他說：“問心與性何以別？答曰：“心猶帝，性猶天，本然者謂之性，主宰者謂之心。”（《遺集·雜說》）這就把人的心、性同“天”、“帝”聯係在一起了。根據此種看法，呂祖謙明確地認為，天命和人心完全一致。他說：“聖人之心，即天之心；聖人之所推，即天命也。……此心此理，蓋純乎天也。”（《增修東萊書說》卷3）這樣一來，他就把主觀的“心”和心外的“理”融為一體了。由此類推，他又進一步提出了“心即道”的命題。他認為，“道”是無條件的：“道無待，而有待非道也。”“心與道，豈有彼此可待乎！心外有道，非心也，道外有心，非道也，……聖人之心，萬物皆備，不見其為外也。”（《東萊博議》卷2）