在1945年12月6日遠東國際法庭美國小組一行16人離美赴東京之前，基南對美國報界表示，他認為裕仁天皇顯然應該受到審判。登上飛機後，基南收到杜魯門總統的一封信。信中指示基南不得對裕仁和任何皇室成員起訴。總統采納了駐日盟軍最高統帥麥克阿瑟的意見而作此決定。麥克阿瑟認為，從美國的利益和占領日本的政治需要出發，不應以戰爭罪起訴天皇。
東京法庭首席法官韋伯曾向報界發表個人意見：“天皇在開戰問題上起了巨大作用，但他卻被免予起訴……毫無疑問，免除對天皇的審判是基於同盟國所有成員國的利益而作出的決定。”法國出席遠東國際法庭審判的代表亨利·貝爾納說：“不可否認，(戰爭)宣言的一個主要禍首逃避了一切訴訟，不管怎麼說，出庭的被告隻能被視為同謀犯。”
皇室成員、日本侵華部隊的司令官朝香宮未被列入被告名單。他是殺害中國人達30萬以上的慘絕人寰的“南京大屠殺”的罪魁禍首。
為中國人民所深惡痛絕的侵華戰犯岡村寧次也逍遙法外。
在中國進行了種種駭人聽聞的殘酷試驗的日本“731細菌部隊”司令官石井不在被告之列。
1946年5月3日，東京遠東國際軍事法庭正式開庭。法庭設在原日本陸軍省會議廳，庭長室設在東條英機原來的辦公室裏。由於中國法官梅汝敖據理力爭，法官座次除首席法官外，按日本投降書受降國簽字順序美、中、英、蘇、加、法……等排定。審理采用英美法律，分立證和辯論兩個階段。
開庭第一天和第二天，首席檢察長宣讀了長達42頁的起訴書，曆數28名被告在戰爭中的罪行，列舉55項罪狀，指控他們犯有破壞和平罪、戰爭罪、違反人道罪。
5月6日全體出庭被告均聲辯自己“無罪”。東條英機說：“對一切訴因，我聲明無罪。”
被告方麵援引“罪刑由法定”、“無法則無罪”、“禁止事後立法”等法律原則，企圖逃避製裁。法庭認為，被告罪行很早以前就被國際法認為是犯罪。
被告辯護方麵還強調，戰爭是國家行為，是國家間的現象，主體是國家。國際法隻審理主權國家的行為。法庭認為，國家違反條約，發動侵略戰爭，責任總是在個人身上。
審理過程中，在涉及中國問題時，中國方麵出證的有秦得純、王冷齋和溥儀等人。秦德純和王冷齋主要就日軍挑起蘆溝橋事變、發動對北大營攻襲、日軍大肆擄掠的罪行作了揭露。溥儀由前蘇聯派員從他所在押的前蘇聯伯力監獄伴送東京出庭作證，講述了他如何被土肥原從天津劫持到東北，阪垣如何指使人毒死其親婦，逼他討娶日婦為後等情況。
1948年4月16日，法庭宣布休庭，以進行討論，作出最後判決。
討論過程中，法官們在對東條英機等戰犯是否應判處絞刑的問題上發生較大分歧。庭長韋伯主張流放，美國法官主張隻將發動太平洋戰爭和虐待美軍戰俘的戰犯判處死刑，中國法官要求嚴懲土肥原賢二和鬆井石根。最後法庭以6票對5票微弱多數作出死刑判決。東京審判共開庭818次，舉行內部會議131次。419位證人出庭作證，771位證人提出供述書和宣誓口供。法庭受理證據4336份，英文審判記錄48412頁。審判曆時2年半，耗資750萬美元。
審判過程中，被告鬆岡洋古前外相和永野修身海軍大將病死，日本侵略理論家大川明因發狂而中止受審，實際出庭被告25人。
1948年11月4日，法庭開始宣讀1231頁的判決書，至12日宣讀完畢，對25名出庭被告判決如下：
判處絞刑7人：土肥原賢二，廣田弘毅，板垣征四郎，木村兵太郎，鬆井石根，武藤章，東條英機;
判處無期徒刑16人：荒木貞夫，火田俊六，星野直林，木戶幸一，平沼騏一郎，小磯國昭，南次郎，岡敬純，大島浩，佐藤賢了，島田繁太郎，鈴木貞一，橋本欣五郎，賀屋興宣，白烏敏夫，梅津美治郎;
判處有期徒刑20年1人：東鄉茂德;
判處有期徒刑7年1人：重光葵。
宣判結束後，盟軍就開始為判決執行作準備，在巢鴨監獄裏，立即建造4座新絞刑台。監獄中對戰犯看管十分嚴密，普通囚徒，均是2人合居一屋，而東條英機等7人則是每人獨居一室，每室並加派一名全副武裝的美國憲兵看守。這些戰犯曾被帶往美軍醫院嚴格檢查，並通過X光透視，以尋找身體內是否隱藏毒藥。每天的飲食，已不由日本廚師準備，一切日本人均被禁止與他們接觸，以防止他們從外界獲得毒藥。這些戰犯，自知死期已至，一個個情緒不安。