中國人在武漢的戰鬥規模有限。雖然武昌進行了抵抗，但是漢口和漢陽都被“銀彈”攻了下來：守城的官兵隻是象征性地進行了抵抗，然後就接受賄賂和寬恕，投靠了國民革命軍。漢陽的投降尤其重要，因為漢陽城裏擁有中國關內最好的兵工廠。吳佩孚於9月6日晚上離開漢口，到第二天下午國民黨就有效地控製了全城。這樣一來，吳佩孚元氣大傷，再也無法成為同國民革命軍抗衡的一個主要對手了。現在華中地區仍同北伐軍對抗的最重要的軍閥是孫傳芳，他的領地包括長江以北的廣大地區，從緊靠武漢東部的地方一直擴展到包括上海在內的濱海地區。
國民黨政府企圖立刻控製長江運輸。蔣介石的司令部於9月15日發布命令，規定從晚上十點到早上六點實行宵禁，禁止任何船隻在江麵航行。白天所有船隻必須“在漢口附近某些關卡”停船檢查，違反這項命令的船隻將“遭到炮擊”。這項命令等於是封鎖長江。亞洲艦隊總司令命令長江巡邏隊的船隻對這項命令置之不理：美國軍艦不能停船檢查，如果受到攻擊定將還擊——隻要能確定炮火來自何方。但是美國商船如果自願的話，可以遵守中國的要求。英、法、日三國的海軍司令也采取了同樣的立場。威廉士認為商人也應該拒不遵守中國的封鎖命令，但他承認如果商人如此行事，他自己沒有足夠的部隊給所有商人都提供保護。
9月22日，海軍部長柯蒂斯·威爾伯批準了這項不遵守封鎖命令的政策。在外國的抵抗麵前，蔣介石縮了回去，把檢查外國船隻的工作一直推遲到11月15日 (事實上，整個檢查計劃在10月15日就被悄悄地撤了回去)。
在整個9月間美國軍艦都遭到了射擊。雖然“福特號”和“皮爾斯伯裏號”驅逐艦在9月15日增援漢口的海軍部隊時沒有遭到射擊，但是在9月3日、5日、10日和14日，江岸上的中國人用步槍和機關槍分別向“埃爾卡諾號”、“斯圖爾特號”、“教皇號”和“鴿子號”炮艦進行掃射。 “斯圖爾特號”也卷入了9月10日的那起事件。這艘炮艦發現中國人設在寶塔裏的一挺機關槍正在開火射擊，它發射一發四英寸的炮彈摧毀了這挺機關槍。9月14日和19日的事件較為嚴重。在這兩天，“鴿子號”都遭到步槍和機關槍的猛烈射擊，14日這艘炮艦還遭到了野戰炮的轟擊。9日14日，“鴿子號”開火進行還擊，19日的還擊更為猛烈，一共發射了二千三百發槍炮彈。9日19日這一天，船上有三人受輕傷，炮艦共被擊中一百多次。岸上中國人的傷亡情況無從知曉。
關於炮艦還擊是否有效這個問題，在參加這些事件的人中至少有一人提出異議。R·C·薩特利夫海軍上尉指出：“有關用還擊的方式製止了開火的報告並非屬實，實際上也許是因為船隻駛出槍彈射程之外，而不是因為還擊有效。”但是在某些事件中還擊確實能夠奏效，“斯圖爾特號”所遇到的事件就是一例。如果允許士兵開炮還擊，這也會大大提高他們的士氣。“斯圖爾特號”大副記載過這樣一種感受：“多麼令人欣慰；多麼興奮快活！這些天來我們一直憋著一股氣，忍受那些不分青紅皂白的射擊，……一過漢陽就開始了還擊。”
羅赫德於9月10日向駐在漢口地區的廣州兵指揮官就這些事件提出抗議。唐將軍同意發布命令停止這種射擊，但是這項命令毫無效果。霍夫海軍少將要求增派更多的部隊，9月19日美國“皮爾裏號”和“特拉克斯頓號”軍艦受命離開上海前往漢口。這兩艘驅逐艦事先接到警告“在漢口和九江之間可能遭到射擊。如果能夠確定射擊地點，應予以同樣的還擊。”到9月26日，以漢口為基地的美國海軍部隊已擁有“鴿子號”、“埃爾卡諾號”和“帕洛斯號”三艘炮艦，還有“斯圖爾特號”、“教皇號”、“福特號”、“皮爾斯伯裏號”、“皮爾裏號”和“特拉克斯頓號”等六艘驅逐艦。“伊莎貝爾號”仍在上海，因此霍夫就把自己的司令部設在總領事館裏。
重慶的局勢也同樣是持續緊張。到9月18日，排外情緒已經變得異常強烈，以致城裏的英國僑民都逃到泊在“摩諾克西號”旁邊的“梅春號”輪船上。患難之際人們往往在私下裏進行合作，這次也不例外。由於英國領事當時正好不在重慶，瓦爾特·亞當斯和“摩諾克西號”艦長負責領導了撤離工作，“梅春號”輪船在一隊美國水兵的護送下啟航離港。後來英國駐華盛頓大使向國務卿表示英國政府非常讚賞這一行動，他指出隻是因為“美國‘摩諾克西號’炮艦采取了行動”，重慶城裏的英國僑民才得以免遭搶劫傷害。
漢口僑民也正在準備撤離。到9月15日，漢口附近已經停泊了四艘商船，以備必要時進行撤離之用。但是這裏的局勢還算比較平靜，因此9月16日解散了外國商團武裝，並撤出了大部分登陸部隊，雖然“一小隊海軍衛隊”仍留在美國領事館裏。9月15日，卡梅倫海軍上將對漢口局勢已頗為放心，因此他逆流而上前往上遊調查萬縣事件。
萬縣事件是本世紀二十年代中國和外國海軍部隊之間爆發的最為嚴重的血腥事件。8月29日，英商太古公司的“萬流號”輪船打退了一批試圖征用這艘輪船的中國軍隊。接著楊森將軍就在萬縣為那些據說是在交戰中死傷的中國軍人要求賠償。他於8月30日扣留了英國的“萬通號”和“萬縣號”兩艘商船，逼迫英方賠款。當時英國除“大甲蟲號”炮艦之外，“野鴨號”炮艦和“嘉禾號”輪船也趕到萬縣。“嘉禾號”是一艘小型商用輪船，船上堆滿了沙袋，並架起了機關槍。這艘輪船由英國“德斯派奇號”巡洋艦大副達利海軍中校指揮，由一批全副武裝的英國軍官和水兵駕駛。“嘉禾號”一直駛到兩艘被扣的輪船邊上停了下來，準備把這兩艘輪船和船上的六名英國軍官搭救出來。
可是楊森將軍卻早已設下圈套，雙方猛烈開火。商船上的五名軍官被救了出來，另一名軍官在鳧水逃命時不幸喪生，但是達利海軍中校和兩名海軍上尉軍官以及四名士兵在戰鬥中中彈身亡，還有兩名軍官和十三名士兵受了傷。“萬縣號”和“萬通號”輪船仍被扣在中國人手裏，“大甲蟲號”炮艦在一旁助戰，它向萬縣城裏發射了三十六枚六英寸的炮彈，據報道這次炮擊造成了巨大的破壞。但是英國船隻也遭到猛烈的炮火襲擊，在戰鬥中所有英國軍官不是陣亡就是負傷，隻剩下兩名軍官未傷皮肉，因此英國船隻不得不撤離戰鬥。更為糟糕的是，戰鬥剛結束不久，“野鴨號”和“大甲蟲號”就都觸灘擱淺，“野鴨號”的創傷尤為嚴重。
這次慘敗使得英國人窘迫不安，同時他們也都氣得七竅生煙。據說卡梅倫海軍上將“大發雷霆，呼地把拳頭猛擊在桌子上，說道……再也不會有什麼談判可言”。英國人立刻開始準備再次向萬縣發動遠征，但是後來這次遠征根本沒有成行。萬縣事件是長江海軍史的一大轉折點。從此之後，外國軍隊再也別指望在他們的槍炮麵前中國人隻能是一退再退了。
萬縣事件使得整個四川的緊張局勢急劇惡化。威廉士海軍上將警告說，這一事件使得“整個長江流域發生嚴重排外暴動”的可能性大大增加。萬縣城裏的美國僑民全都撤離該城，轉到宜昌城裏。9月13日，應“摩諾克西號”艦長和重慶領事的請求，長江巡邏隊司令命令上遊地區所有美國商業船運全部停止。
“帕洛斯號”的登陸部隊已於10日撤離漢口，由於宜昌爆發了排外騷動，這艘炮艦奉命趕往宜昌。“斯圖爾特號”和“鴿子號”陪著它走了一陣，因為必須給它補充燃煤，還得護送三艘美孚煤油公司的輪船。艦隊司令指出，“從四川撤出所有外國人”的必要性並非絕不存在。
9月間，廣州地區的事態發展同長江流域地帶所發生的事件相比雖然不那麼驚心動魄，但這些事態發展也很重要。因為它們表明美國仍在執行一項同英國背道而馳的政策，那就是不幹涉中國內政。1926年秋，華南地區所麵臨的兩大問題是香港附近水域的海盜活動以及持續不衰的反英罷工和抵製英貨活動。
2月間，美孚煤油公司的兩艘油輪分別於18日和28日被海盜劫持。船上的美國人沒有受到什麼傷害，美孚煤油公司用一筆錢把兩艘船贖了回來，公司甚至沒有把這一事件正式通知美國駐廣州總領事館。記錄在案的美國船隻被海盜劫持的事件隻此一例，但是英國船隻的目標卻很大，經常遭到劫持，因此英國十分重視這類事件。另外，英國人還把抵製英貨同海盜劫船相提並論。抵製運動常用小巡邏艇把英國船商和軍艦團團圍起來。英國請美國合作驅散這些小船，鎮壓海盜，並普遍加強對華南地區西方商人的保護。可是美國加以拒絕。凱洛格在一封由詹森起草的電報中通知馬慕瑞，對於那些可以被認為並不涉及純屬美國航運利益的行動，美國政府概不參與。接著國務卿又通知英國大使，美國“無法參與”英國擬定的行動。
威廉士海軍上將同意這種觀點，他通知國務院，他“認為沒有必要”參加英國鎮壓海盜的計劃。但是費迪南德·梅厄代辦卻指出，他很難向美國公民解釋清楚為什麼他們不能象英國人那樣享受保護，因為英國準備派遣那些到處都在的海軍巡邏隊保護英國人。9月14日，英國炮艦驅散了中國巡邏艇，並在沒有遇到任何抵抗的情況下“把罷工糾察隊驅離了河道和碼頭”。在1928-1929年期間，如果美國拒絕參與，英國一般很少會在中國單獨采取行動，這次就是很少的例外之一。盡管出現了種種波折，國民黨政府最後還是於1926年10月9日同香港英國當局達成協議，結束了省港大罷工和抵製英貨運動。
北伐戰爭在1926年下半年進展甚微。國民革命軍打過長江之後遇到孫傳芳部隊的拚命抵抗，長江附近戰事不息，烽火連天。因此，各種事件仍然經常引起長江巡邏隊所屬各艦的注意。10月28日，漢口總領事羅赫德指出美國戰艦經常遭到狙擊襲擊，他說：“海軍當局不得不一再忍讓，竭力克製，不然早就徹底摧毀了岸上那些幾乎每天都向美國軍艦發動攻擊的炮台。”他還指出，這些攻擊都是“蓄意和預謀的”。
10月4日，“埃爾卡諾號”和“鴿子號”炮艦以及兩艘驅逐艦在江麵上航行時沒有遭到槍炮射擊，羅赫德希望這將“表示廣州人對美國軍艦采取了較為溫和的態度”。確實，從此以後，在這一年內美國軍艦沒有遭到任何故意的攻擊。但是9月28日，美國“宜林號”輪船在萬縣被楊森將軍征用了一段時間。“宜林號”完全是自討苦吃，因為霍夫海軍少將早已命令停止所有美國商船在長江上遊的航運，而“宜林號”卻違反命令，從宜昌逆流而上，這才落入楊森手中。
這次扣船事件明顯地加強了海軍的禁止航運立場，因為“摩諾克西號”艦長於10月8日從重慶報告說：“為了防止被楊森作為航運工具，……所有懸掛外國旗的商船事實上都已停止了在宜昌和重慶之間的航運。”10月9日，“帕洛斯號”也從宜昌發出一份類似的報告。但是10月25日，美最時輪船公司又有一艘“齊萊號”商船企圖在上遊航行，同樣也被扣留征用，雖然征用的時間同樣很短。這些事件都使得海軍軍官和領事官員更加厭惡美最時輪船公司。
英國人力求同中國人取得和解，但是與此同時他們也在加強自己的亞洲分艦隊的實力。10月7日，斯坦利·鮑德溫首相指出：“我們將不背離我們力求和解、竭力忍耐的政策。”但他還指出：“我們將毫不猶豫地采取所有必要措施，保護我國同胞的生命財產。”到10月底，英國已從地中海把數艘驅逐艦和三艘巡洋艦調到中國。
11月初，軍閥部隊又把國民革命軍趕到長江以南，這時九江又受到了威脅。11月4日，“鴿子號”和“特拉克斯頓號”協助把一支英日美三國聯合部隊運到九江登陸，這支部隊的任務是保衛租界地區。11月5日，“伊莎貝爾號”也趕到九江，但是這裏並沒有出什麼亂子。11月7日，美國把水兵從九江撤了回去。在這之後，楊森將軍試圖在萬縣實行封鎖，以求征“稅”。但是由於“皮爾斯伯裏號”於12日趕到萬縣，楊森不得不放棄了這一計劃。
11月上半月，長江上遊的航運仍然是“幾等於零”。美國公使館十分擔心這樣長期下去就會造成一種先例，因此月底公使館警告說不應長期中止美國的船運工作，不然美國就將放棄一項合法特權。馬慕瑞承認海軍的工作十分出色，值得稱頌，尤其是駐在重慶的“摩諾克西號”炮艦更是成績輝煌。但是如果今後繼續向商船派遣武裝衛隊進行護航，將來很有可能導致重大事件的發生。為了消滅另一可能引起衝突的因素，這位公使敦促允許美國輪船運載那些付錢買票的中國軍人。他據理力爭，指出萬縣事件已經證明今後很難再用武力來維護江麵上的航行自由。
馬慕瑞的電報表明他對長江沿岸各地動蕩不安的局勢深表不安。海軍對此也是十分焦慮，艦隊總司令命令“教皇號”和“特拉克斯頓號”留在漢口過冬。“特拉克斯頓號”於11月30日到達漢口，“教皇號”正趕上低潮，它於12月1日拋錨泊船。
漢口現在已由國民黨控製，國民革命軍部隊經常騷擾城裏的英、日兩國租界。11月27日，羅赫德彙報說，武裝士兵“幾乎每天都組成一百人到五百人的隊伍，在外國租界裏大步穿行”。罷工也時有發生，有時則是進行罷工威脅。11月29日，英國人派遣“凱佩爾號”驅逐艦在漢口過冬，這艘驅逐艦運來三十六名海軍陸戰隊員加強租界裏的駐軍部隊。據報道，漢口的排外情緒“日甚一日”，人們發現“反基督教騷動是這場排外運動的一個組成部分”。
12月第一周，長沙雅禮學院的學生再次罷課，這次罷課在某種程度上也表露出這種排外情緒。罷課學生的目標是雅禮醫院，這所醫院已被正在進行罷工的“護士和苦力”占領。副領事範宣德和麥金太爾海軍少校威脅要派遣一支海軍部隊登陸，把罷工分子趕出大樓，這才使得醫院重新開放。12月中旬，中國部隊試圖在離宜昌以北不遠的地方征用一艘美國輪船，但是“埃爾卡諾號”也進行了威脅，這次威脅同樣奏效，有效地阻止了中國部隊征用這艘商船。但在12月26日，美國又不得不派遣一艘驅逐艦去保護設在漢口以東五英裏處美孚煤油公司的大型儲油庫，因為國民革命軍部隊威脅要接管這一油庫。
秋季，下遊的局勢相當平靜，雖然隨時都有可能出什麼亂子。舉例來說，11月25日，停泊在南京港的美、英、日三國軍艦的指揮官舉行了會議，他們討論了在爆發排外事件時應采用什麼信號以及怎樣登陸的問題，並達成了一致意見。12月初，美國領事向奉命在南京過冬的“福特號”驅逐艦艦長建議船上的信號官去美孚煤油公司經理家裏拜訪一次，“這樣他就能熟悉經理家的方位，同時你還應該把信號燈和電池送到岸上，以備出現緊急情況時可以向你傳遞情報。”戴偉士領事提起“南京防衛計劃”，他說，美孚煤油公司經理家“藏有滑輪……可以助人爬下城牆”。美孚煤油公司經理的夫人也談到了這些防範措施，“什麼事情都有可能發發生。……因此明天我們必須在閣樓窗外掛起信號燈，並拴上一根粗繩子……以備逃跑。”
上海代理總領事高思和當時正在城裏的美國海軍軍官、“艾什維爾號”艦長出席了外國領事官員和海軍軍官同工部局一起舉行的一次會議，共同討論城防計劃。工部局要求備有一支四千到五千人的登陸部隊。威廉士海軍上將認為沒有必要準備這麼龐大的部隊，但他也認為衛城部隊確實有必要加以擴充。與會者幾乎一致認為，上海將成為國民黨排外活動的一個主要目標。
“艾什維爾號”艦長估計當時駐在上海的軍艦可以運送九百到一千人登陸，這支部隊足夠對付當時的局勢。霍夫海軍少將對迫在眉睫的國民革命軍接管上海一事看得比較嚴重，他計劃於1月1日搭乘“伊莎貝爾號”炮艦從漢口前往上海。亞洲艦隊司令對上海局勢也深表關注，12月22日他命令當時正在上海的“布爾默號”驅逐艦艦長把四萬發小武器子彈轉交給美國“商團”上海連連長。凱洛格國務卿認識到很可能出現增援的必要，但他警告馬慕瑞和高思：“應該明確不誤地認識到”，任何登陸部隊都將“隻用來保護美國人的生命財產”。國務卿明確指出，不能用“上海的海軍部隊來保護[公共]租界的完整”。