4月間，梧州地區再次呼籲海軍進行援助，美孚煤油公司請求精琦士提供部隊，為該公司的運油駁輪在廣州和梧州之間的定期航行進行護航。精琦士批準了這一請求，在1926年春天，“帕姆帕恩加號”至少執行過三次這樣的護航任務。
長江上遊的炮艦同樣也是活動頻繁。4月底，“摩諾克西號”派遣一支警衛部隊登上已被中國士兵征用的“宜賓號”輪船。輪船還沒來得及起航，美國水兵就先登上了這條輪船，中國士兵隻好悄悄地下船離去。“帕洛斯號”炮艦艦長(他是上遊地區美國高級海軍軍官)在他有關這一事件的報告中預計夏季炮艦將十分繁忙。他預計“肯定會接連出現許多困難”，因為“上遊地區存在許多因素，都可能使得以炮艦及商人為一方同以地方軍人為另一方發生利害衝突。”
除這些事件之外，1926年春季對駐在中國的亞洲艦隊來說還算比較平靜。艦隊的兩位海軍將官威廉士和霍夫借此機會巡視了長江流域。這是威廉士海軍上將首次巡視他的這一部分管轄地區。他同霍夫搭乘“阿拉法將軍號”(過去是艘遊艇)從上海駛抵漢口。一路上這兩位海軍將官檢閱了“維拉洛波斯號”、“伊莎貝爾號”、“企鵝號”和“埃爾卡諾號”炮艦，然後搭乘美最時輪船公司的“梅仁號”輪船前往重慶。
5月25日，威廉士海軍上將在重慶受到了一次典型的四川式歡迎：正當“梅仁號”駛抵重慶時，重慶城裏的士兵用步槍為它發射了約五十發子彈。兩位將官返回漢口之後又於5月30日搭乘“伊莎貝爾號”來到長沙，在這裏他們目睹了悼念前一年在“五卅”事件中犧牲的“烈士”的紀念活動。威廉士回上海時還檢閱了“鴿子號”、“帕洛斯號”和“摩諾克西號”炮艦。
就在威廉士巡視長江的時候，華南地區繼續爆發騷亂事件。5月11日，海南島瓊海的長老會傳教士在1926年一年之內第二次被迫撤離他們的學校。後據報道，中國暴亂分子在23日把學校搶劫一空。事實上，華南地區的美國機構遭受的攻擊為數甚多，馬慕瑞隻能征得國務卿的同意，派遣他的副手費迪南德·梅厄前往這一地區進行調查。他的任務是同美國領事官員進行討論，了解這裏的情況，他還受命警告廣州(國民黨)當局最近美國人及其財產遭到的野蠻攻擊，將會損害中國在美國政府和人民心目中的地位。在梅厄訪問廣州期間，馬慕瑞打電報給國務卿，報告在最近爆發的排外浪潮中，反基督教的性質較為明顯。
6月間，馬慕瑞公使又著手處理另一起向華南巡邏隊提出的控訴。德士古石油公司是美孚煤油公司在中國的一大勁敵。1926年6月初，德士古石油公司的紐約辦事處向國務卿控告海軍給予美孚煤油公司優惠待遇。德士古石油公司聲稱海軍援助美孚煤油公司在廣州三角洲地區運轉運油駁船，但卻拒絕德士古石油公司香港經理的請求，拒不幫助把該公司的一艘輪船從廣州運往香港。
這一控訴主要是針對“帕姆帕恩加號”炮艦艦長達格爾少校。達格爾氣憤地回答說：“在過去的一年中”，他的船“在香港和梧州之間曾為三十到六十艘船護航”。他承認其中許多船隻都是屬於美孚煤油公司，但是他說他並未拒絕過德士古石油公司的請求。這家公司在香港的經理是位英國公民，在“帕姆帕恩加號”另有任務的時候，這位經理曾向一艘英國炮艦求援，並得到了相應的援助。這件事情就這樣不了了之。除了這樁特殊事件以外，很明顯，在整個1925-1928年期間，美國海軍在許多方麵經常援助美孚煤油公司，這種援助也許有點非同尋常。隻要美孚煤油公司覺得海軍的反應不夠得力，它就立刻向國務院進行呼籲，而國務院也同樣非常迅速地催促海軍采取行動。
駐在中國的炮艦為數不多，無法經常為美國船隻護航。1926年年中，長江上遊地區局勢十分緊張，隻有美孚煤油公司的輪船才能在沒有護航的情況下安全地在江麵上航行。由於這些輪船不運載其他貨物，並且很少靠岸停泊，通常都不在諸如萬縣這樣十分危險的港口停泊，因此它們對土匪和軍閥都沒有什麼吸引力。
這種事態發展繼續使美最時輪船公司和擁有該公司大部分股份的老板考克斯深受影響。人們知道美最時輪船公司的輪船經常載運非法貨物，更為嚴重的是人們普遍懷疑這些輪船常被用作鴉片買賣的主要交通工具。鴉片在中國的西南地區提煉，然後運進四川，接著再順著長江運到華東地區。正如上文所述那樣，考克斯也知道統運貨物常夾帶走私品，他也試圖取締這種走私，但是毫無成效。人們懷疑考克斯不但知道自己的輪船正在運載鴉片，而且他自己對這種現象也是一味寬容，甚至從中牟利。長江沿岸的美國領事全都認為情況確實如此，他們還認為，考克斯隻不過是一位前台老板，而美最時輪船公司的真正的老板卻是躲在幕後的中國人。領事們要求美國海軍不再向這家公司提供保護。
霍夫海軍少將應國務院的請求，於1926年6月11日指令豪威爾海軍少校對“考克斯爛攤子”進行調查。8日，傑伊·休斯頓領事在漢口直截了當地告訴豪威爾：“考克斯和他的公司……很不正派，並經常運載‘洋涇浜’[非法]貨物和鴉片。……考克斯的代理人，每艘輪船的船長和船員以及考克斯本人都狼狽為奸、合夥共謀。”休斯頓請豪威爾為領事館收集考克斯觸犯法律的憑證，並對他采取行動，豪威爾答應幫忙。豪威爾的調查證實，美最時輪船公司的輪船確實從事鴉片走私，但卻證明考克斯沒有參與這一交易。雖然考克斯直言不諱地向豪威爾承認他知道鴉片走私一事，但他卻爭辯說自己無能為力，根本無法加以製止。考克斯的這番話並非毫無道理，因為那些鴉片走私犯一向是膽大包天，無所不為。豪威爾在1923年曾擔任“帕洛斯號”艦長，當時就有人向他提出，如果他允許中國船員把一批沒有標明數量的鴉片帶上他的炮艦，順流而下運到下遊地區的話，就紿他價值一萬美元的黃金作為報酬。
亞洲艦隊在1925年下半年和1926年上半年的活動較少，這樣艦隊就有時間進行維修，並提高艦隊執行任務的能力。海軍陸戰隊在遠東的駐軍兵力比規定人數略多。使館衛隊的人數比規定人數要多六十人，這是“由於北京附近局勢動蕩不定所致”。中國的騷亂也使得亞洲艦隊向所屬軍艦增派了二百八十八名海軍陸戰隊員。這些士兵組成二十至二十五人一隊的小隊，根據需要分派在各地的軍艦上。威廉士海軍上將在他的年度報告中指出，1926年年中時期的海軍兵力情況“十分有利”，雖然通訊人員比較短缺，尤其是在內河炮艦上。盡管存在這一問題，“通訊已有顯著改善”；北京和菲律賓的甲米地及洛斯巴納斯的電台設備已有改進，這使得總司令每天都能同各分艦隊進行聯係。海軍上將的報告還提到由於1926年初夏時分中國的“政治局勢動蕩不定”，在中國的近海水域仍布置了一個驅逐艦分艦隊。
到了夏季，局勢開始惡化。國民黨的北伐從5月份起兵開始節節取勝，這主要是因為與之對抗的各派軍閥部隊之間亂成一團所造成的。滿洲的張作霖、山西的閻錫山和華中的吳佩孚聯合起來攻打馮玉樣，企圖奪取對北京及河北省的控製。但是馮玉祥的部隊進行了頑強的抵抗，因此，6月間吳佩孚離開漢口北上，親自擔任聯軍指揮。這樣一來，當國民革命軍開始向長江中遊地區發動總攻，並沿長江而下進攻上海時，長江地區一時處於群龍無首的境地，因為沒有人能夠替代吳佩孚的權威。與此同時，四川仍然四分五裂，這主要是因為劉湘和楊森部隊之間紛爭不斷，但他們的爭鬥在整個中國的權力鬥爭中並不發揮直接的作用。
7月底，國民革命軍攻陷長沙，到8月中旬，武漢三鎮(漢陽、武昌和漢口)已被包圍，吳佩孚的主力部隊已無法靠近三鎮。9月6日爆發了萬縣事件，接著10月11日漢口陷落。在九江附近，國民革命軍起先曾一度被打退，但他們在11月6日把九江也攻了下來。不久，廈門也被北伐軍沿海部隊攻陷，福州也於12月13日攻克。
到1926年年底，國民黨部隊已打到長江邊上，有些部隊已經渡過長江。他們的挺進觸發了許多排外事件，迫使美國海軍進行幹涉，雖然中國的懼洋仇外情緒並非針對美國。舉例來說，1926年6月中旬罷工工人貼出的一張大幅標語再三攻擊日本和英國帝國主義，但是隻字未提美國。
8月初，國民黨政府再次企圖限製外國船隻在中國的活動。它宣布不再允許外國軍艦通過守衛廣州的虎門炮台，但是華南巡邏隊司令C·C·摩西海軍中校對此置之不理。9月間，國民黨政府在汕頭和漢口兩地也同樣試圖限製外國軍艦的活動，但是均未奏效。
華南巡邏隊同樣也被卷入一項爭端，這項爭端同吉爾斯比公司和“帕洛斯號”艦長在長江上遊發生的爭端十分相似。這一次是廣州的一名美孚煤油公司雇員想要使用海軍的通訊設備發送商業電報。“帕姆帕恩加號”艦長摩西海軍中校認為當時並沒有什麼緊急狀況，因此他拒絕了這一雇員的請求。這樣一來，設在紐約的美孚煤油公司辦事處就向國務院和馬慕瑞提出控訴。如上所述，同吉爾斯比公司或德士古石油公司相比，美孚煤油公司的影響更大：威廉士海軍上將通知總領事精琦士，今後“如有可能”，海軍應該幫助美孚煤油公司發送電報。
1926年8月，美孚煤油公司設在長沙的設施受到土匪的威脅，這一次海軍又向這一公司提供了非同尋常的幫助。公司要求當地的中國當局派遣一支武裝衛隊，但是中國衛隊沒有及時趕到，因此美國“鴿子號”軍艦派來一支由三人組成的警衛隊，直到中國衛隊出現之後才撤走。
8月底，“維拉洛波斯號”替換了駐在長沙的“鴿子號”。在“維拉洛波斯號”離開漢口前往長沙之前，艦長E·A·麥金太爾海軍少校拜訪了管轄長江流域的英國高級海軍軍官約翰·卡梅倫海軍少將。卡梅倫想要“討論一下為了保衛租界的安全，在將來必要的情況下采取聯合行動的問題”。但是還沒等這類問題出現，“維拉洛波斯號”就離開了漢口，8月30日抵達長沙。
翌日，派駐該城主持工作的副領事範宣德(約翰·卡特·文森特)報告說，國民黨部隊不僅已控製全城，並且還要求“[外國]船隻立即停止在湘江上的航運”。其實這隻不過是個有名無實的要求，因為到8月底，湘江的水位已經迅速下降，不久船隻就根本無法航行。但是隨著武昌被圍困和漢口地區落於國民黨控製之中，這一要求再次表現出中國人懼洋仇外的心理。霍夫海軍少將在南京同領事戴偉士(約翰·戴維新)商談後在8月31日抵達漢口。戴偉士認為長江中遊地區的局勢十分黯淡，他說馬慕瑞“對中國人既感到失望，又感到厭惡不堪”。
在長江上遊的重慶，亞當斯仍在力圖使國務院正視中國人征用輪船運載士兵這一問題。美國的態度是美國船隻不能用來運載士兵，即使付錢也不能運載，不然的話，就將構成對中國內政的幹涉。亞當斯對這一立場是否合法深表懷疑，因為他注意到隻要付錢，那麼法國、意大利和瑞典的船隻都予以運載。這位領事指出，中國人將繼續征用商用輪船運載士兵，因為在四川境內除此之外就無法便當地運送士兵。另外，他還指出，美國在長江地區的海軍部隊不夠強大，“無法迅速采取強有力的有效措施”。要解決保護美國輪船這一問題，就必須同英國和日本合作，“經常強有力地使用海軍部隊”。亞當斯認識到美國政府的指導方針不允許執行最後這一措施，這就是美國對華總政策在實際上行不通的一個明證。美國堅決反對“幹涉”中國內政，這嚴重妨礙了派駐中國的美國領事官員和海軍軍官試圖遏製征用輪船這種行徑的努力。
馬慕瑞沒有詳盡回答亞當斯的這一番意見，美國仍然堅持美國船隻不管用任何方式運載中國士兵均為非法。對於與此同時在南方出現的局勢，國務院沒有采取行動。馬慕瑞公使對梅厄和精琦士提出的建議表示同意，他向國務卿報告說，國民黨正威脅要征收進出口稅，這將使得1922年華盛頓條約中關於外國關稅的規定失去效用。派駐中國的各位領事對這一可能出現的事態嚴加譴責，他們敦請凱洛格授權“采取果斷行動……甚至給[由外國人管理的]廣州海關提供海軍保護”。國務卿凱洛格根本不讚成這種意見，他在由詹森起草的回電中表示國務院“認為沒有必要迅速同英國或日本討論海軍示威事宜”。
與此同時，漢口的局勢也變得十分緊張，危若累卵。國民革命軍已經渡過長江，並把漢口包圍，但是吳佩孚的部隊令人驚訝地進行了頑強的抵抗。這樣一來，國民黨的炮艦也投入戰鬥進行增援，對武漢進行了炮擊。霍夫海軍少將一到漢口，立刻斷定必須增派部隊，他於8月31日要求再增派一些軍艦。駐漢口的總領事羅赫德也提出了同樣的請求。霍夫和羅赫德都對武漢三鎮以及附近地區可能發生大規模戰鬥表示驚恐，因為這裏聚集著大批外國僑民。
馬慕瑞很快就批準了漢口總領事的要求，答應增派海軍部隊。9月2日，威廉士答複說將向漢口派遣兩艘驅逐艦。這位海軍上將通知駐在煙台的美國“教皇號”和“斯圖爾特號”驅逐艦“盡快加油並補充給養”，迅速駛向漢口。局勢十分危急，因此艦隊司令發布了一項補充指令，授權驅逐艦以二十五海裏的高速疾駛，盡管艦隊已經缺油，他還命令這兩艘驅逐艦日夜兼程，夜間也不準停泊，這可得擔不少風險。所有這一切都表明當時局勢已是十萬火急。同一天，霍夫還同英國和法國的海軍軍官和外交官員進行會晤，他們製定了派遣部隊登陸以保護租界的初步計劃。根據美國的政策，霍夫沒有同他的外國同僚們簽署協議。
漢口隻有“鴿子號”和“帕洛斯號”兩艘美國軍艦，“伊莎貝爾號”正在上海維修，長江巡邏隊的其他軍艦則分散在沿江各地。這兩艘炮艦已經調動部隊，準備在漢口登陸，當時正在順流而下的“埃爾卡諾號”也接到命令迅速趕往漢口。
英國和日本在漢口各有一艘驅逐艦和兩艘炮艦，英國高級海軍軍官卡梅倫海軍上將及其旗艦“蜜蜂號”也在漢口。此外，漢口還有兩艘法國炮艦。長江中遊的中國海軍部隊隻有六艘屬於吳佩孚的小炮艦。但是到了9月4日，這六艘炮艦已經投奔了國民黨，掉轉炮口攻打起自己過去的夥伴來了。
9月3日，外國登陸部隊在漢口登陸上岸，他們迫在眉睫的任務是防止再有中國人湧進租界尋求避難。過去租界裏的中國居民為六千人，可是到9月3日這一天，中國人估計已增加到十五萬人。
同一天，國民黨部隊於早上七點向位於長江南岸的武昌發動了猛烈進攻。這時外國商團部隊開始出擊，海軍部隊在漢口登陸上岸。到上午九點，所有外國部隊都已進入陣地，羅赫德彙報說已經製止了“潮水般的中國人，禁止他們再湧進租界和特區尋求保護”。“埃爾卡諾號”在駛近漢口的時候遭到了步槍的射擊，但它沒有還擊，因為無法確定子彈來自何處。中午時分，“埃爾卡諾號”也駛抵漢口。
“斯圖爾特號”和“教皇號”於9月6日一早抵達漢口，艦上的部隊立即登陸。由於這支部隊的到來，美國在漢口的登陸部隊成為一支兵力最強的部隊。當天上午，這兩艘驅逐艦的艦長同霍夫海軍少將進行會晤，霍夫把“交戰規則”告訴了他們。這些規則規定隻有在弄確實射擊點的時候才能還擊；禁止胡亂射擊。霍夫竭力想阻止他的部隊介入戰鬥。9月5日，他拒絕了英國租界當局的請求，決定不派部隊去保衛位於中國市區內的自來水廠。他指出自己的任務隻是“保衛租界，除此之外，不能幹別的”。這位海軍少將所關心的是為外國人保留一塊避難場所，而不是保衛租界本身。
1926年9月初爆發的漢口之戰，對長江沿岸各地都有很大影響。四川局勢變得更為動蕩。9月5日，“摩諾克西號”艦長謝弗海軍少校請求援助。駐在宜昌的美國“埃爾卡諾號”炮艦派遣了十八名士兵帶著三挺機關槍搭乘一艘美孚煤油公司的輪船前往重慶。