1956年，沙因完成了軍方的研究工作，正式加盟麻省理工的斯隆管理學院（MIT’s Sloan School of Management）。在斯隆管理學院的任教使他結識了一批良師益友，尤其是道格拉斯·麥格雷戈（Douglas McGregor）對他影響巨大，還有誌同道合的本尼斯（Warren Bennis），後來一直是沙因的研究夥伴。1964年，沙因晉升為組織心理學和管理學教授。1968年到1971年，他擔任麻省理工學院的本科教學規劃教授。1972年到1982年，他擔任斯隆學院的組織研究團隊主席（the chairman of the organization studies group of the MIT Sloan School）。1978年，斯隆管理學院授予沙因管理學榮譽教授頭銜（Sloan Fellows Professor of Management），這一頭銜一直持續到1990年。2002年，在斯隆管理學院成立50周年的慶祝大會上，時任聯合國秘書長的科菲·安南（Kofi A. Annan）作為校友致辭，特別提到了他的老師埃德加·沙因，因為沙因給聯合國在非洲的工作提供了很有價值的谘詢。那一年，沙因從斯隆學院光榮退休。據清華大學管理學院的楊斌說，沙因退休時照了張挺逗的照片，在照片上，他把自己的幾本著作用手一舉，扛到了肩頭，胖乎乎的臉上掛著眼鏡，滿臉的大胡子笑得挺帥。
沙因的學術生涯十分簡單，一輩子沒跳過槽，也沒有多少著作。但是，他的著作學術分量很重。20世紀60年代，組織心理學的發展處於“新興且變化中”的階段，沙因抓住了這一學術動向，用自己的思維係統為組織心理學勾畫出了理論框架。1965年，沙因出版了他的第一部學術著作《組織心理學》（Organizational Psychology）。這本書集教科書與專著於一身，書中引用了大量資料，展示了當時組織心理學領域最重要的新概念和新成果，並運用他的“剝洋蔥”分析法，將組織從個體層麵分析到整體層麵，從組織中的員工分析到領導，從人的普遍動機、複雜的人性到難以分析的“領導心理”，再到組織中的群體，從不同層麵不同角度剖析組織。這本書一經出版，就成為組織心理學領域的權威，一度被譽為組織心理學領域最完整的著述。這本書中提及的四種人性假設，也成為管理學和組織行為學的人性假設分類典範。
沙因的代表作是1985年出版、1992年再版的《組織文化與領導》（Organizational Culture and Leadership）。這本書奠定了他的學術地位。麻省理工有個傳說，這本書是沙因的賭氣之作。在一個論壇上，有個教授尖銳地抨擊文化研究沒有學術價值，激起了沙因的創作欲望，使這位懶於著述而勤於谘詢的大師發狠寫出了這本書——你不是說沒學術水平嗎，那就讓你看看！現在，這本賭氣之作已經成為經典之作。凡是講組織文化的，如果沒有讀過沙因的這本書，隻能叫做孤陋寡聞。這本名著的特點是，完全沒有當代學術著作中那種常見的晦澀，而是以優美的語言對組織文化條分縷析，娓娓道來。所有的分析全部來自於自己多年的企業谘詢實踐，紮實可靠。從沙因開始，管理學中的文化研究需要改寫。在一定意義上，沙因對組織文化的貢獻，相當於弗洛伊德對精神分析理論的貢獻。
除了上麵兩本書外，沙因還寫有《員工精神：優秀員工的職業基準》（Calling Spirit：Career Anchors to Excellent Employee）和《職業錨：發現你的真正價值》（Career Anchors：Discovering your real valves），呈現了沙因在人力資源管理方麵的觀點。
沙因的著述不多，但他的谘詢工作從未停止，而且範圍極為廣泛。他的專長集中在組織文化（organizational culture）、組織發展（organization development）、過程谘詢（process consultation）、職業動力（career dynamics）方麵。他先後為數字設備公司（Digital Equipment Corporation，簡稱DEC）、蘋果（Apple）、花旗銀行（Citibank）、通用食品（General Foods）、寶潔（Procter & Gamble）、薩博公司（Saab Combitech）、瑞士汽巴嘉基公司（Ciba——Geigy，瑞士諾華公司的前身之一）、帝國化學公司（ICI）、摩托羅拉（Motorola）、美國鋁公司（Alcoa）、惠普（Hewlett-Packard）、埃克森（Exxon）、殼牌（Shell）、英國石油（British Petroleum）、愛迪生電力公司（Con Edison）提供谘詢。他與企業界的關係極為密切，另外還給新加坡經濟開發署（the Economic Development Board of Singapore）、國際原子能機構（the International Atomic Energy Agency）擔任管理顧問或提供管理谘詢。