2.營改增會使不同企業的稅收負擔發生變化
我國目前的營業稅稅率實行的是按照行業區分有差別稅率，以7類勞務服務為主，另外包括無形資產和不動產轉讓兩類。其中實行稅率3%的是交通運輸業、建築業、郵電通信業、文化體育業和建築業。適用5%稅率的分別是金融保險業、服務業、轉讓無形資產和不動產。適用浮動稅率的是娛樂業，稅率為5%-20%，具體稅率由省、自治區、直轄市人民政府決定。如果改革將原來征收營業稅的上述九個行業改為實行征收增值稅，適用增值稅統一稅率17%、13%、11%、6%，同時允許購進商品和勞務的增值稅作為進項稅額可以抵扣的話，由於各行業自身性質和特點不盡相同，進而稅負的變化程度各異；因為增值稅實行抵扣製度，進項稅額較多行業在改革後可抵扣較多的增值稅進項稅額，相對進項稅額較少的行業稅負會相對較重。所以對原本稅率，稅負相同的行業實施統一的增值稅稅率，可能導致改革後稅負出現差異，稅負變化不均衡的問題，是有悖稅收公平原則的。
3.我國增值稅一般納稅人總量不多、抵扣效果有限，會減弱改革效果
按其應稅銷售額的大小和會計核算水平是否完善，將增值稅納稅人分為一般納稅人和小規模納稅人。從事貨物生產或提供應稅勞務的納稅人，以及從事貨物生產或者提供應稅勞務為主，並兼營貨物批發或零售的納稅人，年應征增值稅銷售額在50萬以下的為小規模納稅人，對上述規定以外的納稅人，年應稅銷售額80萬以下的為小規模納稅人。凡是不屬於小規模納稅人的都屬於一般納稅人。可見對於一般納稅人的資格認定還是有很高的要求的，從年銷售量上看，至少要在50萬或者80萬以上，相對而言，小規模納稅人在我國的經濟總量中所占比例還是很高的，同時由於小規模納稅人一般不允許抵扣進項稅額，因此增值稅改革對這部分企業效果不大。就是說，如果未來將增值稅改革在全國範圍內普遍拓圍推廣。這部分企業也仍然會被認定為小規模納稅人.還是要按照簡易征收辦法適用征收率，仍然無法實施增值稅的抵扣製度，無法計算銷項稅額與進項稅額.無法開具增值稅專用發票，因此也無法體現由於增值稅改革帶來減輕企業稅負這一最大的優點。進而也不能體現改革的最初的初衷和目的。
四、對策
1.處理好中央和地方分配關係，調整財政體製
財政體製改革近年來一直是理論界、學術界研究的重點問題。關於財政體製改革，很多學者提出來不少建設性的意見。結合學者的建議，縱觀國際上其他實施增值稅的國家的成功經驗，對增值稅的立法權和征管權應歸於中央這一觀點還是較為統一。具體由中央製定稅法和統一稅收征收管理規定，同時考慮地區財力和事權均衡化的因素，實現增值稅在中央和地方收入的合理化分配。筆者認為，在目前的試點階段，可暫時不調整75%、25%的分配比例，地方財政收入不足部分可以通過加大中央轉移支付的方式加以彌補，短期內不會存在大的問題。長遠來看，調整分配比例勢在必行，適當的將分配比例向地方傾斜。具體的分配比例應綜合考慮各地的經濟發展程度、人口數量、消費能力、基本公其服務需要、以及地方政府的財政收入能力等諸多因素後確定。同時.加快重構地方稅收體係的步伐，通過開征房產稅、促進資源稅的改革完善.確定地方稅的新的主體稅種.為地方提供穩定的收入來源。