1.早期(入孵後第1周內)入孵有問題的種蛋。
無精蛋：種蛋不受精的原因在於種雞場，包括公雞和母雞的狀況、氣溫、飼養管理等。一般來說，打開蛋殼後，無精蛋的蛋黃保持在中間而受精蛋的蛋黃則下沉，無精蛋的蛋黃色澤比受精蛋的蛋黃色澤鮮黃，胚盤明顯。此外，蛋白也較濃厚。
死精蛋：胚胎如在入孵後第2天心髒發育前死亡，則在蛋黃胚盤部位上不見血跡。孵化2天後的死精蛋與無精蛋的區分比在孵化後第10天時死亡者要困難，除了上述蛋黃、蛋白的分別外，主要是要看胚盤發育的分別，即白點較大，色較淡，成朦朧的白環等。
早期死胚：種蛋有血環或胚胎帶眼睛，但嘴喙還未充分形成。引起早期死胚的原因有種蛋受凍、受熱或缺氧；熏蒸過度或初期的孵化溫度不當；種蛋存放時間過久；翻蛋、營養不足或細菌感染等。
2.中期(入孵第2周內)死胚問題。
這時胚胎已出現完整的上下喙，其上有胚齒(eggtooth)，冠部明顯。入孵後第13～14日時的胚體開始見有絨毛，腳部見有鱗片。根據胚胎的發育情況可以判斷胚胎死亡時的胚齡。引起中期死胚的因素通常有細菌感染、營養不足、溫度和濕度不當，機械性損傷，通風不良，翻蛋不當等等，因此種蛋的衛生、種雞的飼料、孵化的衛生和操作等要深入檢查和改進。
這期間死亡的雞胚呈暗黑，常誤以為細菌感染，其實暗黑的原因是這期間大量的血管係統發育，死後血液被氧化所致。如果是細菌感染，則有惡臭的氣味。
3.後期(入孵第3周內)的死胚和不能出雛的胚蛋。
這期間的胚胎已發育良好，入孵後第15天的雞胚的小腸已納入體腔，第16天時，雞胚的腳甲、喙等變得堅硬且蛋白已完全用盡。如胚胎的蛋黃未被吸收則可能是出雛器材內的濕度太高，換氣不足，亦可能是因細菌感染所致，啄殼後不能出殼而死亡，則可能是出雛器內濕度太低，氧氣不足或熏蒸過度，也可能是短期感受高溫或長期低溫；啄殼後死亡或仍存活，但不能出雛，則可能是種蛋孵化時尖端向上、翻蛋不正確、營養不足、蛋殼太厚或其他上述的孵化技術問題。受傳染性因子例如MG、MS等感染的胚胎，體質軟弱，常常啄殼後不能完成出殼過程，同時受MG感染雞胚的氣囊也可能混濁。