一九七八年中共十一屆三中全會後，各級畜牧獸醫工作站進一步得到恢複和發展。集體所有製的人民公社畜牧獸醫站，經過整頓、充實、提高，一九七九年底，全國已發展到5萬多個，專業畜牧獸醫人員27萬多人。為了進一步加強公社畜牧獸醫工作站的建設和工作，從一九七九年開始，國家每年撥出5000萬元專項資金補助全國公社畜牧獸醫站。一九八二年三月，農業部頒發《公社畜牧獸醫工作站管理試行條例》，規定公社畜牧獸醫工作站由縣畜牧（農業）部門和所在公社雙重領導，以縣為主；人事、財務、業務工作由縣畜牧（農業）部門管理。一九八二年十月，國務院批準農業部成立全國畜牧獸醫總站，為部屬司、局級事業單位，工作由農牧漁業部授權畜牧局歸口管理。到一九八七年底，全國鄉鎮（原公社）畜牧獸醫站已經發展到5.59萬個，職工總數30.06萬人，其中技術人員25.22萬人（含大專程度的3787人）；其中，實行“三權”（人事、財務、業務指導）歸縣管理的站有4.06萬個，開展技術承包的站有2.2萬個。
二、畜禽檢疫機構
畜、禽檢疫機構是新中國成立後逐步建立起來的。
（一）產地市場和運輸檢疫。
一九五二年開始，各省、自治區、直轄市在鄉、鎮設立畜禽產地市場檢疫站，由縣農牧部門領導和當地商業食品部門配合，對收購的畜禽進行檢疫，以後逐步擴大到產地檢疫。同期，各省、自治區、直轄市在交通要道和鐵路各主要車站陸續建立了家畜檢疫站364處，進行畜、禽及其產品檢疫工作。一九五二年，鐵道部接管中長鐵路，保留了蘇聯管理中長鐵路時設置的鐵路獸醫衛生機構。一九五六年九月，農業部根據國務院指示，接管了鐵道部哈爾濱、沈陽、齊齊哈爾、錦州、吉林等5個管理局所屬的鐵路獸醫機構，並在沈陽設立鐵路獸醫衛生處，統一領導東北鐵路獸醫衛生工作，進行鐵路運輸畜、禽的檢疫和衛生保健工作。一九六一年，又在遼寧、吉林、黑龍江省、內蒙古自治區東部呼倫貝爾、哲裏木、昭烏達3個盟及河北省部分地區設立了相同的獸醫衛生機構。同年，農業部把鐵路獸醫衛生機構下放到各所在省、自治區農牧部門領導。一九八三年，全國通鐵路的28個省、自治區、直轄市共計設有鐵路獸醫檢疫站221個，檢疫人員1259人，形成了全國的鐵路檢疫網。一九八六年，據15個省、自治區統計，單獨設立的省、地、縣動物畜禽檢疫站有580多個；據12個省、自治區統計，設立交通運輸檢疫站824個；據21個省、自治區、直轄市統計，經過考試、考核發給證件的檢疫員有85276人。
（二）進出口檢疫。
一九五九年，國家分別在深圳、拱北、東興、憑祥、水口設立國境牲畜檢疫站，對從蘇聯和蒙古進口牲畜設有臨時檢疫機構，嚴防國內、外動物疫病的傳入和傳出。一九六五年二月，農業部經國務院批準，將上海、大連、丹東、天津、秦皇島、塘沽、青島、福州、廈門、廣州、汕頭、湛江、憑祥、昆明、集寧、滿洲裏、伊犁、喀什、塔城等地的對外植物檢疫機構和原設在深圳、拱北、東興、水口的國境牲畜檢疫站加以充實、改建、新建為“中華人民共和國××動植物檢疫所”，負責對進出口以及船員、機組人員和旅客攜帶的動、植物及其產品實施檢疫、檢驗，並進行必要的防護處理。一九八一年，經國務院批準，在北京成立中華人民共和國動植物檢疫總所，由農牧漁業部領導，統管全國口岸所的動、植物檢疫業務。一九八七年，總所有職工58人，其中動檢技術人員10人。一九七九年八月，國務院批準，在青島市建立農牧漁業部動物檢疫所，它的主要業務是：承擔全國動物檢疫的技術指導和檢疫人員的培訓；負責全國動物檢疫操作規程製定和修改的起草工作；從事動物疫病的檢疫、消毒技術的研究，特別是疑難病和國外疫病的診斷研究；搜集、研究分析國內、外動物檢疫方麵的情報資料，組織技術交流，辦好動物檢疫刊物等。一九八七年該所有職工100人，其中技術人員71人（含高級技術人員10人）。一九八七年統計，全國口岸檢疫所共有76個，下設分支機構40多個，職工2600多人，其中動物檢疫人員1000多人。口岸檢疫工作實行中央和所在省、自治區、直轄市雙重領導，以農牧漁業部為主的管理體製。