1945年抗戰勝利後，吳玉章征中共四川省委書記。在重慶期間，他十分注意運用《新華日報》這一我黨的宣傳陣地。為了擴大報刊的影響和爭取廣大群眾的支持，1947年1月11日，他為《新華日報》題詞：”千萬人民的正義呼聲，勝過獨裁者的百萬雄兵。”為此，敵人非常恐慌，2月28日反動軍警包圍了省委駐地曾家岩23號，拘留了所有工作人員。在這嚴重時刻，吳玉章大義凜然，嚴正警告敵人：”你們此等行動，將最後關死和談之門。”迫使國民黨當局不得不將我方工作人員全部”護送”回延安。
1948年8月，為了迎接解放戰爭在全國的勝利，中共中央決定成立華北大學，任命吳玉章為校長。
1949年12月，又在華大的基礎上建立了中國人民大學，政務院又任命吳玉章為校長。他堅持和發揚”老解放區教育為革命戰爭服務”的光榮傳統，適應建國以後國家大規模經濟建設的新形勢，為社會主義革命和社會主義建設的各條戰線培養了大批人才。新中國成立後，曆任中國人民大學校長、全國文字改革委員會主任。從1938年10月中共六屆六中全會起，曆任中共第六、七、八屆中央委員；1954年起，曆任第一、二、三屆全國人民代表大會常務委員會委員；從1955年起任中國科學院哲學社會科學部委員。
1966年12月12日，吳玉章與世長辭。吳玉章是中國近代曆史上著名的革命家、教育家和史學家。他把畢生的精力獻給了黨和人民。他的革命業績永垂史冊，永放光輝。
吳玉章主要著作有《辛亥革命》、《曆史文集》、《吳玉章回憶錄》等。
吳玉章說”為的是追求人生的真理，人類的解放，常人頗難了解，而我終於得到了人類最寶貴的馬列主義，徹底了解了宇宙和人生的究竟，比那些糊塗一生的人快活得多。’求仁得仁’，我正以此自傲自慰，畢竟誰是聰明誰是愚策呢？這也可以說，愚之極卻開了智之門，又是辯證的真理。我有學而不厭的好處，雖然有不少的缺點，我願在黨的領導下，同誌們的批評下，和自己的努力學習下，發揚我的優點，克服我的缺點，以完成我革命的誌願。”
1960年吳老晚霞似火，寫下了自勵詩兩首給後人以啟迪。
（一）
人生在世，事業為重。
一息尚存，絕不鬆勁。
東風得勢，時代更新。
趁此時機，奮勇前進。
（二）
春蠶到死絲方盡，人至期頤亦不休。
一息尚存須努力，留作青年好範疇。