另外，孵化過程中噴霧器的噴嘴失靈或噴嘴沒有對準風扇葉片，會形成比正常霧滴大得多的水滴，這些水滴使蛋變得潮濕。一些消毒劑對噴嘴有腐蝕作用，會造成其失靈，因而在使用消毒劑時要設法預防、減少這類情況的發中噴霧器噴嘴功能的完好和位置的調準，不僅對孵化器內溫度和濕度的控製有很大的影響，而且對減少後期的汙染都極為重要。故在生產中應引起足夠的重視。
5種蛋的消毒處理
許多年前，人們常把種蛋浸泡在高濃度抗菌素消毒液中，通過帶有細菌濾器的冷凍真空裝置產生的壓力差使抗菌素進入蛋內。但是，在此消毒過程中，如果一次處理的種蛋很多，或者處理的時間縮短，則消毒就不徹底，細菌汙染就成為主要的問題。當今，種蛋運到孵化室後，通常在其消毒間進行噴霧消毒。
6汙染因素
上述種蛋消毒方法不當產生的不同程度和類型汙染，主要特征是影響15日齡以後的雞胚及引起剛孵出的雛雞臍部和卵黃囊感染。
胚胎後期感染造成胚胎大量死亡；感染的蛋黃在吸收過程中破裂，結果提高雛雞處理過程中內部汙染。
近來實踐發現，有的胚胎後期死亡率可達10％，1周齡雛雞死亡率近3％。對於前者，孵化後期完全停止噴霧，結果胚胎後期死亡率立即下降，雛雞質量也得到了提高。而後者，把噴霧間隔降低到2分鍾，結果1周齡肉仔雞死亡率低於1％。
影響胚胎後期感染的其它因素還有：濕的出雛盤、濕的雛雞傳送帶、潮濕雛雞箱或墊料、疫苗氣霧箱的超濕檢查。許多孵化場，蛋盤衝洗後浸泡於消毒容器內，然後把它們插入孵化場的小車內。為了有助於排水幹燥，將它們倒插入小車內。這些潮濕的蛋盤和出雛輸能引起孵化器溫度不均。
雛雞出殼之後，曲黴菌病或雛雞肺炎是後期汙染的主要結果。孵化場是黴菌等生物體生長繁殖的理想場所。一批孵化結束後，孵化場應徹底打掃幹淨，並保持其清潔。
7種蛋的放置及撞裂入孵蛋搬運時的撞裂和小頭朝上，可導致孵化率下降或降低雛雞質量。在種雞舍當蛋被放置在孵化器托盤上時，常常小頭朝上。當種蛋小頭朝上放置時，發有雞胚呼吸由簡單擴散轉變為肺呼吸或對流呼吸這一重要步驟遭到剝奪。大約16日齡時，雞胚的頭部朝向氣室端，到19日齡它的呼吸需要氧氣，且二氧化碳廢氣量比原來提高了100倍。此時簡單的擴散呼吸已不能再維持此種需要。它用喙擊穿完膜，進入氣室，開始肺呼吸，與此同時，也進行簡單擴散呼吸.這或許是解釋胚蛋小頭朝上放置時，孵化率低於對20％及孵出的雛雞質量低下的原因。
搬運撞裂對孵化的危害是很明顯的。通常孵化率降低2％～3％。孵出的雛雞質量也會下降2成左右。那些有幸生存的雛雞外觀精神沉鬱，許多在雛雞階段就被淘汰。當蛋搬運時發生撞裂，蛋殼股脫水分離，阻礙了雛雞離開蛋殼過程。這樣，它們消耗了大量的儲備能夠和脂肪，因此在出殼那天已處於進一步退化狀態。須注意，雞胚在18日齡轉身，它們經72小時或更長時間戰鬥，可破殼而出。許多雛雞附關節磨破。雛雞的跗關節紅腫發炎，是撞裂蛋或蛋殼膜脫水蛋孵出的雛雞的重要特征。
在搬運過程中造成蛋撞裂的因素有許多。當然上架小心和保養好孵化蛋盤是重要的。壞的和彎曲蛋盤會引起蛋的損害。搬運時蛋的撞裂是由於裝滿蛋的蛋盤迅速插入孵化器小車內時發生的。增大蛋盤的尺寸，使之膨大率達16％，這樣可減少硬性碰撞損失。當拿住蛋盤兩端時，這些較大蛋盤將發生彎曲和彈性變形，從而會打破一些蛋。因此，這些較長蛋盤在中間需要支撐以防彈變作用。蛋盤的外排是不適宜裝大蛋的，當另一蛋盤放在其上時外排的蛋將被壓破。移動這些翻轉蛋盤不當，可能把蛋翻下打破。蛋殼質劣很少是搬運破裂的原因。
8時間和溫度
以上已闡述，剛孵出的雛雞臍部和蛋黃很容易感染。孵化的時間和溫度是一對相關因素。低溫則延長孵化時間，當雞胚整整為19日齡時，蛋黃基本被吸收完畢。卵黃囊及剩餘蛋黃穿過腹腔，這一生理性損傷必須愈合。這與犢牛臍帶的愈合相似。剛孵出的雛雞在生物學上更為嬌嫩，此種雛雞的臍未完全愈合，有組織殘片突出，它能夠粘附來自髒濕表麵的感染源。在孵化後期如果突然改變溫度或遭到冷空氣的突襲，常常會引起卵黃吸收不良、臍部愈合不好等問題。引起這些問題的原因可能是溫度控製上出現了問題，操作中的失誤和排氣孔和氣流調節裝置保養不好出了故障等等。