乾隆二十八年（１７７３年）閏三月，編纂四庫全書的準備工作已全部就緒，乾隆皇帝詔開四庫全書館。館中首設總裁，總裁之下，設總纂、提調、總閱、總校、繕書、監造各處，分別在翰林院及武英殿展開工作。各部分的分校官、纂修官，計有三百多人，謄錄員一千人，總共有四千三百多人參與其事。
其編輯規模之龐大，恐怕應為'世界之最'，雖非絕後，確是空前。
這個編纂機構，其中有皇六子多羅傎親王永容，皇八子多羅儀郡王水璿，皇十一子永瑆，東閣大學士、翰林院掌院學士、軍機大臣劉統勳，文淵閣大學士、軍機大臣劉倫，文華殿大學士、軍機大臣於敏中，武英殿大學士舒赫德，以及阿桂、英廉、程景伊、嵇璜、福康安、和珅、蔡新、王際華、裘日修等各閣領事、各部尚書，先後１６人擔任總裁官。副總裁官也先後有梁國治、曹秀先、張若、劉墉、王傑、彭元瑞、金簡、董浩、曹文植、沈初、錢汝誠、李友棠等１２人之多，但真正負責實際編纂工作的，是翰林院侍讀紀昀、刑部郎中陸錫熊、太常寺少卿孫士毅三位總纂官。陸費墀為總校官。纂修分校，則由戴震主"經"，邵晉涵主"史"，周永年主"子"，紀昀主"集"。他們帶領的纂修官總共有三百多人，其中像王念孫、朱筠、翁方綱、王太嶽、姚鼐、盧文弨等，都是碩學通儒，一時名宿。他們校覆古籍，詔求天下遺書一萬三千餘部，厘定應刊、應鈔、應存，依照經、史、子、集，分門別類，列成總目。前後用了近２０年時間，《四庫全書》最終告成。分別建"文淵"、"文津"、"文溯"、"文源"、"文彙"、"文瀾"七閣，貯藏了十七萬二千七百二十六冊全書。把中國古代的學術文化典籍，幾乎包攬殆盡，真稱得上"汗牛充棟”，亙古奇功了。
開館這年，乾隆已經６３歲，唯恐看不到《四庫全書》的完成，又傳諭采擷四庫精華、編繕《四庫薈要》，並分繕兩部，一部貯藏於紫禁城內的摘藻堂，一部存放在長春園呋腴書屋，每部書有四百七十三卷，裝成一萬二千冊。
四庫全書的編校，是中國文化史上的一件大事，也是乾隆年間的一個盛舉，對於紀曉嵐來說，則是他一生的主要成就。
紀曉嵐日坐書城，博覽群籍，尋章逐句，從《永樂大典》搜輯散逸，盡讀各行省進獻書籍，極盡艱辛。整整用了８年時間，完成了《四庫全書總目提要》，又稱《四庫總目》或《四庫提要》，收正式入庫書三千四百五十八種，存目六千七百八十八種，總計一萬二百四十六種。各書提要，將一書的原委撮舉大凡，並列敘者之爵裏，訂辯其書文字之增刪，與篇帙之分合，批評其敘事議論之得失。諸書提要，分之則散弁諸編，合之則共為總目。
"總目"按照全書體例，分為經、史、子、集四部。每部之首，各冠以總序，撮其源流正變，以挈綱領。共分經部十類、史部十五類、子部十四類、集部五類。類下有屬，每類之首，也各冠以小序，詳述其分並改隸，以析條目。每類之中，先以文淵閣著錄（即編入四庫全書）的書籍列在前麵。那些言非立訓、義或違經，與那些未越群流的尋常著述，經評定不足以收入四庫之中，而也未嚐奉旨銷毀的書籍，則附存篇目，排列於後，藉存梗概，以備考核。如是流別繁碎的，又分析子目，使之條理分明。如是意有未盡，列有未該，就或在子目之末，或在本條之下，附注按語，以明通變之由。諸書各以時代為次，曆代帝王著作，以隋書經籍誌例，冠各代之首。每書名之下，各注某家藏書，以不沒其出處。那些坊刻書籍，不便專題一家的，便注上"通行本"。各書的編次先後，都以登第之年，生卒之歲，為之排比，或根據所往來唱和之人為次，不可詳細考證的，就附在本年之末。僧侶羽士、閨閣宦仕，以及外國的著作，也各分時代，不再區分。至於箋釋舊文，就仍從所注之書，而不論作注之人。如是褒輯舊文，而自為著述，與根據原書而考辯的，事理不同，就仍隨時代編入，統計著錄有一百零二卷，存目八十七卷，著錄存目並有的有十一卷，一類或占一卷或數卷、十餘卷不等，別集多達三十八卷，楚辭類則不足一卷，全書共二百卷，書前冠以乾隆"聖諭"，館臣"進表"，與"職名"、"凡例"，以及"門目等卷目四卷，大致記述了"全書"與"總目"纂修經過與編寫體例。
"總目提要"著錄的書共一萬多種，基本上概括了清代中葉以前中國的重要著作，這萬餘部典籍的提要，"門類允當，考證精華"，對了解中國古籍，研究中國古代文化，有著極其重要的意義。
這是一部非常偉大的學術著作，"進退百家，鉤深摘隱，各得起要指，始終修理，蔚為巨觀"，"大而經史子集，以及醫卜、星相、辭曲之類，其評論抉奧闡幽、詞明理正"。當朝及後世學者讀後，無不驚歎紀曉嵐學識淵通，遂享有"通儒"之稱，被譽為"一代文宗"。
紀曉嵐為編寫《四庫全書總目》，將從各地搜集到的逾萬部書籍，以及宮中秘籍，一一細細審閱，披覽無餘。但起初，明代的《永樂大典》藏置何處，一時尋求未獲，使他為此事十分焦急。
這天，王文治看他著急的樣子，便想與他開開玩笑，鄭重其事地說："《永樂大典》副本，失於明亡之際。其正本乃國中之寶，明庭十分珍重，當藏之秘閣幽室，方能免毀於兵燹。今事過三百年，世間尚無正本的傳聞。查諸史籍，更無記載，究竟藏於何處，唯有鬼神能知。我看，你不防齋戒三日，祈神指點，或許能出現奇跡。"齋戒三天，不食腥葷，不近女色，這在一般人說來，並不是什麼難為之事。可是，對紀曉嵐來說就不同了。他性喜肉食，平時養成了習慣，每日三餐，頓頓吃肉，配以濃茶即可。如今要他齋戒吃素，無異於一種刑罰。再說他自幼就精力旺盛，從１７歲結婚，到這時３０多年了，除了不得已的情況而外，他幾乎夜不虛度，雖然年屆半百，依然如故。三夜獨眠，也會使他難忍難熬！
對於他的生活癖好，王文治素來清楚。所以建議他齋戒三日，表麵上一番好意，肚子裏流的卻是一灘壞水，要治治這位好色成性的風流才子。
紀曉嵐是何等聰明，哪裏會不明白王文治的用意？但他考慮：既然沒有《永樂大典》散佚的傳聞，那肯定還藏在什麼地方！隻是尋找的不細，沒有發現罷了。在宮中再細致地尋找一遍，即使找不到，也可斷定它沒有藏在紫禁城中了。紀曉嵐考慮再三，居然不露聲色，願意依計而行。這一點，實在出乎王文治的意料。
"你當真戒齋三日？"王文治不大相信。
"隻要能找到《永樂大典》，我齋戒一個月也無妨。更何況事關鬼神，不可半點造次！"紀曉嵐也一本正經起來。
事也湊巧。紀曉嵐齋戒兩日，指揮宮中大小太監細細查勘，一位小太監爬到"敬一亭"的頂架上，終於發現了密藏在這裏三百餘年的《永樂大典》。
"嗨！找到啦！找到啦！"小太監高興得一時忘了宮中禁忌，高聲歡呼起來。
紀曉嵐聞訊趕赴敬一亭，欣喜若狂，奏請皇上，遷大典至翰林院。有二千四百七十三卷，九千八百八十冊，從中輯錄三百八十五種，交武英殿以聚珍版印行。
各省進獻的書籍，已經堆積如山，厘定鈔、存之後，分發給各分校官，作初步的校勘。
鑒於原書大小長短規格不一，編纂後全部木刻，不但費時過久，而且耗資甚巨，不如全部手抄。一來便於更改原著，二來大小可以統歸劃一，同時又節省時間和費用。紀曉嵐等人奏請聖裁後，召集京中善於書法的舉人、貢生、監生數百人，派為謄錄員，負責抄寫。並訂製了一套獎勵辦法，規定每人每日抄寫一千字，扣除領書、交書時間外，每年須抄三十萬字。按時登記，五年議敘。這辦法實施以後，果然有效，謄錄工作品為順利。
四庫書館的總纂之所，設在圓明園的新建的文源閣。紀曉嵐家居城內，離這裏２０餘裏，每天步行到此，往返頗為費時。便在海澱買下一處房舍，這就是槐西寓所，《閱微草堂筆記》中，稱作"槐西老屋"，攜明住在這裏。明身邊，有丫環玉台侍候。
遷居之後，路雖近多了，但他已經養成了疾步如飛的習慣，每天匆匆往返，同事們歎莫能及。
這天，紀曉嵐正在路上匆忙行進，趕上了前麵走著的詹事府少詹事彭元瑞。兩人打過招呼，比肩前進。彭元瑞隨他加快腳步，但走著走著，就跟不上了。直累得起喘籲籲隻好讓紀曉嵐前麵先走，自己徐步後行。到了圓明園，紀曉嵐已閱書數卷。彭元瑞喘息未定，向人說起路上之事，笑道："紀曉嵐確是神行太保。"紀曉嵐正端坐看書，應聲答道："彭芸楣不愧聖手書生。"“好聯，好聯！"人們聽了，驚歎起來。
"神行太保"是《水滸》裏人物戴宗的綽號，彭元瑞用來稱讚紀曉嵐行走之速。彭元瑞字芸楣，江西南昌人，乾隆二十二年進士，改庶吉士，散館授編修，寫得一手好文章，後官至協辦大學士，紀曉嵐戲稱他為"聖手書生"，用的是《水滸》中人物蕭讓的綽號，無意間對成一幅巧對，讓人讚不絕口，由此以後，紀曉嵐得了個"神行太保"的綽號。
紀曉嵐還有個綽號，叫"紀大煙袋"，他吸煙成癖，煙癮奇大，普通的水煙袋，煙的容量大小，不斷地裝煙，他很嫌麻煩，而且攜帶不方便，所以他隻用旱煙袋，隨時帶在身上。
他的旱煙袋鍋，與眾不同，是他特別訂做的，容量很大，裝上一鍋煙絲，從槐西老屋走到圓明園，隻吸完一半。校書時點上一鍋煙，邊看書邊吸，能吸上一個時辰，節省了裝煙的時間，免去許多麻煩，他因而用著這個煙鍋十分愜意。有人說，紀曉嵐的煙袋鍋，一次能裝三四兩煙絲，這未免有所誇大，但確實在京中是獨一無二的，在全國來說，也屬罕見。
有一天，這個碩大無朋的煙鍋不慎丟在了路上，紀曉嵐回到家中，隻好暫時用上了水煙袋，這樣就無法一邊看書或寫字，一邊嘴裏噙著煙過癮了。
侍婢明，替他忙活起來，守在他身邊，替他裝煙絲、點火、吹煙灰，心中為他的煙鍋著急。
"我去找人再做一隻吧？"
“不用，不用。"紀曉嵐笑笑說。
"那你的水煙袋，帶在身上很不方便埃"明憂心忡忡地樣子。
"明天打發人到東曉市上找找，準能找見。"“為什麼？"明疑惑地問。
“你想啊，我的煙袋鍋那麼大，人家誰會用得著，放在家裏沒有用處，還不當廢銅賣給收破爛的。"明聽完笑了。紀曉嵐說得很有道理，而且事情又那麼滑稽，隻好差人去試試。
果然，在東曉市上，找到了紀曉嵐丟失的旱煙袋，花了一點錢，又把它買了回來，一時傳為京中趣聞。
在他的日常生活中，除了吃飯、睡覺、見皇上，以外的時間，總是把旱煙袋攥在手中，不停地噴雲吐霧。
有一天，乾隆駕臨圓明園，巡視《四庫全書》的編纂情況。紀曉嵐正一邊吸煙一邊手不停揮地忙碌，一鍋煙剛吸到一半，忽然聽得"萬歲爺駕到"的喊聲，匆忙間忘了磕去煙鍋裏的火，隨手將煙袋插入靴筒裏，跪在地上給萬歲爺請安。
站起向皇上回話時，覺得腳踝上火辣辣地疼，原來是吸燃一半的煙火，將他的襪子燒著了，但皇上正說著話，又不好打斷，他隻好咬牙忍著，疼的站立不穩，腿直打顫，涕淚跪在皇上麵前，正要稟告，乾隆看他舉動失常，滿臉是焦灼難耐的樣子，吃驚地問道："紀愛卿，你是怎麼了？"“臣。.....臣靴子裏，走。.....走水（失火）啦"紀曉嵐強忍住鑽心劇痛，聲音顫抖著。
"啊？"乾隆一聽急忙揮手，"快點出去！"紀曉嵐跑到殿外，顧不得有失體麵，坐殿門口的石階上，一下子扒掉鞋襪，立刻冒起一股黑煙，看看腳上的皮肉，已經燒焦了一大塊。乾隆皇上和殿內的人走出來看時，紀曉嵐的煙袋鍋還探在靴筒裏，與靴子一同冒著煙，人們一時被逗得笑彎了腰。
這樣以來，一向疾步如飛的"神行太保"，又讓彭元瑞給他添了個外號，叫做"李鐵拐"了，腳傷尚未痊愈，他唯恐有負聖上倚重，想早日完成纂修使命，顧不得在家多養幾日，便一跛一拐的到館中修書，有好長時間，不便於行，"李鐵拐"的綽號越叫越響，但玩笑終歸玩笑，他的行動舉止，深深地感動了同僚。
紀曉嵐在家養傷期間，彭元瑞、陸錫熊、王文治、戴震等一班同仁，到家中探望，看他手握大煙袋依然如故。人們笑著勸說："既然深受其害，何不幹脆戒掉。"“諸君隻見我身受其累，卻不道我深得起利啊！每天捉管之時，吸上幾口便思如泉湧，揮灑自如。缺少它時，便文思枯竭，寂寞難耐埃"紀曉嵐不以為然，侃侃而談，大言吸煙之利。人們想到他被燒時，窘迫痛苦的樣子，聽著他口中的"神聊"，都是啼笑皆非。
紀曉嵐接著說道。"我之吸咽，實出有癖，不若那些趨附時尚之士，為的是顯示高雅。"當時吸煙，確是一種時尚。在上流社會的士大夫階層，吸煙的人很多，大都用水煙袋，是青銅、黃銅等質料做成。偶有用旱煙袋的，係上一個精致的，有的甚至是用金絲、銀線飾以花紋的煙荷包，搖搖晃晃，以示瀟灑。冬天，有個用絨線結成套子，套在手握的水煙袋座上，免得冰手，抽水煙用的紙媒，也叫火媒，要卷得不粗不細，像一根筷子，一吹即燃。吸起來煙袋中的水，咕嚕嚕地陣陣作響，別具一番風韻。