第二個問題是反物質需要消耗相當大的能量以磁場封閉或是慣性封法來儲存之，同時其運輸的管線需要經過仔細的設計，采用集中儲存法的話任何儲存與輸送時的失誤都會立即造成致命性的大爆炸而毫無挽救的機會。為了要避免這個問題，應當會采取大規模的細胞室(cellroom)儲存法來微量儲存，比如以十萬分之一毫克為一個儲存單位。這樣即使一個細胞室故障讓反物質漏出而發生殲滅反應也隻有4.3公斤的tnt當量威力，不至於立即摧毀船艦造成無法挽回的損失。特別是在戰場的嚴苛境中更需要此法來保證整個作戰係統的安全運作。
但如此一來前述的10克反物質便需要十億個細胞室來儲存，這會讓整個儲存係統的重量與空間極為龐大，且其連結輸送管路會十分複雜，並需要消耗十分龐大的動力。故小型船艦可能沒有足夠的空間與動力可以容納大量的反物質儲存細胞室，更大的問題是由於係統的複雜會使其造價十分驚人，這就會嚴重限製它的運用範圍。不過隻要在設計粒子炮時將反物質彈藥的使用納入考量，則粒子加速軌道將可以共享。也就是說設計來發射反物質粒子炮的炮管可以同時用來發射一般粒子團彈頭或反物質團彈頭，這可以增加運用彈性。但反物質粒子炮的運用最大的問題應該是反物質彈藥的成本才是。受限於成本，其數量將會十分稀少。
反物質粒子炮的另一個特點，是它可以讓輕型艦在近距離內具有擊毀重型艦的火力，這是因為其威力來自於每發炮彈質量，而不是射擊威力。當然，前提條件是輕型艦要能裝的下反物質發射/儲存係統才行。一般而言，粒子武器的彈道速度與使用的加速軌長度，以及動力源大小有關，在射擊普通粒子團彈頭的粒子炮裏，這也直接影響其彈頭之撞擊威力與穿透力。
但反物質彈頭的破壞力主要來殲滅效應而非撞擊效應，加速軌的長度並不直接影響其威力。因此若輕型艦能裝上反物質發射/儲存係統，則其破壞火力與大型艦的差距便能夠縮小。
一般而言，輕型艦的粒子炮可能由於加速軌長度較短與動力輸出較低，因而使精確度與有效射程皆遠低於重型艦，於是在遠距離為了獲得較高的精確度，必須使用較輕的彈頭，這導致其在遠距離接戰時必須在火力與精確度上做一取舍。唯有在近距離可以在相同的精確度下使用威力足以擊毀重型艦的較大彈頭。
重型艦由於體積龐大，故可以容納相當長的加速軌道與提供巨大的出力，使其具有很高的發射速度與極高的精確度及有效射程，當然在近距離時也可使用比平常更大的彈頭，不過其在遠距離射擊的彈頭威力已足以擊毀大型目標，故並不需要於近距離提高彈頭質量。這代表重型艦會傾向於遠距離炮戰，而輕型艦則必須拉近距離以增加威力。
其次就是由於動力源、冷卻係統與儲存係統空間的差異，重型艦的射速應當會遠高於輕型艦的射速，而其攜帶的彈藥總當量也會遠大於輕型艦。也就是說，在射程、射速、攜帶彈藥總量與單發投擲質量/威力上，重型艦會高於輕型艦，但若能依靠反物質的特性，在近距離輕型艦仍有擊毀重型艦的機會。當然，太小的船艦會沒有足夠的彈藥儲存空間因而無法使用反物質粒子炮。
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