(一)從台灣地區要求直接來大陸的，向公安部出入境管理局派出的或者委托的有關機構申請；有特殊事由的，也可以向指定口岸的公安機關申請；
(二)到香港、澳門地區後要求來大陸的，向公安部出入境管理局派出的機構或者委托的在香港、澳門地區的有關機構申請；
(三)經由外國來大陸的，依據《中華人民共和國公民出境入境管理法》，向中華人民共和國駐外國的外交代表機關、領事機關或者外交部授權的其他駐外機關申請。
第十四條 台灣居民申請來大陸，須履行下列手續：
(一)交驗表明在台灣居住的有效身份證明和出境入境證件；
(二)填寫申請表；
(三)經由其他地區、國家的，須提交途經地區、國家的再入境許可證明，但過境不需要簽注的地區和國家除外；
(四)定居、探親、訪友、旅遊、接受和處理財產、處理婚喪事宜的，須提交與申請事由相應的證明；
(五)進行經濟、科技、文化、教育、體育、學術等活動的，須提交大陸相應機構、團體、個人的邀請或者同意參加該項活動的證明。
第十五條 對批準來大陸的台灣居民，由國家主管機關簽發或者簽注旅行證件。
第十六條 台灣居民因在大陸投資、貿易等經濟活動或者因其他事務來大陸後，需要多次來往大陸的，可以向當地市、縣公安機關申請辦理多次有效的簽注。
第十七條 台灣居民來大陸後需要前往外國的，依照《中華人民共和國公民出境入境管理法》及其實施細則辦理。
第十八條 台灣居民短期來大陸，應當按照戶口管理規定，辦理暫住登記。在賓館、飯店、招待所、旅店、學校等企業、事業單位或者機關、團體和其他機構內住宿的，應當填寫臨時住宿登記表；住在親友家的，由本人或者親友在24小時(農村72小時)內到當地公安派出所或者戶籍辦公室辦理暫住登記手續。
第十九條 台灣居民來大陸後，需在大陸居留3個月以上的，應當向當地市、縣公安局申請辦理暫住證。
第二十條 台灣居民要求來大陸定居的，應當在入境前向公安部出入境管理局派出的或者委托的有關機構提出申請，或者經由大陸親屬向擬定居地的市、縣公安局提出申請。批準定居的，公安機關發給定居證明。
第二十一條 台灣居民來大陸後，除定居的以外，應當在所持證件簽注的有效期之內按期離境。確有需要延長停留期限的，須提交相應證明，向市、縣公安局申請辦理延期手續。
第二十二條 申請來大陸的台灣居民有下列情形之一的，不予批準：
(一)被認為有犯罪行為的；
(二)被認為來大陸後可能進行危害國家安全、利益等活動的；
(三)有編造情況、提供假證明等欺騙行為的；
(四)精神疾病或者嚴重傳染病患者。
治病或者其他特殊原因可以批準入境的除外。
第四章 出境入境檢查
第二十三條 大陸居民往來台灣，台灣居民來往大陸，須向開放的或者指定的出入境口岸邊防檢查站出示證件，填交出境、入境登記卡，接受查驗。
第二十四條 有下列情形之一的，邊防檢查站有權阻止出境、入境：
(一)未持有旅行證件的；
(二)持用偽造、塗改等無效的旅行證件的；
(三)拒絕交驗旅行證件的；
(四)本辦法第十二條、第二十二條規定不予批準出境、入境的。
第五章 證件管理
第二十五條 大陸居民往來台灣的旅行證件係指大陸居民往來台灣通行證和其他有效旅行證件。
第二十六條 台灣居民來往大陸的旅行證件係指台灣居民來往大陸通行證和其他有效旅行證件。