必須知道，有些病原微生物（比如孢子）不能在飼料加工過程中被殺死。因此，必須將這些病原微生物除去才能達到控製的目的。此外，即使飼料加工過程能夠殺死病原微生物，但飼料中的病原微生物量大的話，則需要更加嚴厲的措施才能將其殺滅。嚴厲的殺菌措施會造成飼料的養分損失，所以代價很高。因此，在實踐中，每一種控製措施都是相互依存的，所以必須同時實施。
消除飼料中病原微生物的基本步驟
病原微生物可通過多種途徑進入飼料，然而主要還是通過飼料原料、飼料廠內的害蟲以及飼料廠內的交叉汙染等途徑進入飼料的。在飼料原料的質量問題上，營養成分是重要的，但微生物含量也同樣是重要的。飼料原料是病原微生物進入飼料的主要來源。
1、要使用清潔的飼料原料養分能讓動物生長，同樣也能讓微生物存活；並且，在某些情況下，還能讓微生物增殖。動物蛋白質容易遭受病原體汙染，所以常被認為是高危產品。然而，也常常見到油籽粕，比如豆粕、棉籽粕、菜籽粕、棕櫚仁粕和低毒canola菜籽粕等被汙染（Williams，1995）。此外，據報告，汙染也見於穀物和穀物副產品，比如小麥粗粉（MAFF，1993）。任何原料都可被汙染。因此，所有的飼料原料都要從實施病原體防製措施的、有信譽的供應商處購買。
2、驗證飼料原料的質量在接收任何原料之前，必須徹底檢查其有天被有害生物侵襲的跡象，比如，檢查其中是否含鳥糞或鼠糞，因為這些東西可攜帶病原微生物。對手袋裝和散裝的原料必須在剛一到達時就目視檢查其有無潮濕、昆蟲或老兄的跡象。對於到達的車輛，也應檢查其是否清潔。對於受汙染的原料，無論是袋裝的還是散裝的，隻要不符合標準，都應拒收。
3、保持收貨區的清潔對於撒潑在收貨區的飼料，必須立即清除，以便確保設有飼料留下而吸引野鳥和老鼠。將送到的原料收下來之後，要嚴防其在收貨區內受到汙染。不應讓寵物進入收貨區，該區應為硬質地麵並應有良好的排水。
4、控製塵土飼料廠內任何地點都不應有塵土或結塊的飼料，因為這些東西是病原微生物存活和生長的基質。應該安裝集塵係統，以便降低飼料廠內的塵埃水平。應該安裝空氣過濾器。以便帶塵土的空氣不會經通風係統進入廠內。
在冷卻顆粒料用的空氣進氣口處也應安裝空氣過濾器。這些過濾器可防止帶病原體的空氣對顆粒飼料造成汙染。應定期更換這些過濾器，並將此作為一項常規措施。使空氣循環開始於成品飼料區，逆向循環，最終達到原料區，這樣也能減少氣源汙染。
5、掃清撒設的飼料飼料撒潑在飼料廠內到處都是，會成為病原微生物增殖的基質，也會成為重複汙染源。批發的飼料應該丟棄；如果這些飼料還是清潔的，則應迅速加以回收。雖然這些飼料可以再次予以加工（製作顆粒料），但還是應謹慎從事，因為潮濕的飼料會促進病原微生物的增殖。對潮濕的飼料應予堅決拋棄。
6、正確進行飼料儲存對於散裝飼料，無論是粉料還是顆粒料，都應予以單獨儲存，以防顆粒飼料受到尚未熱處理的殘餘飼料的交叉汙染。成品飼料應包裝在新的或經過消毒的袋中，因為！口袋中可能存在的病原體能夠存活數月之久。
此外，必須認識到，病原微生物能夠長久存活於飼料廠的環境中。因此，飼料應該儲存於防潮的建築物、集裝箱或飼料罐內。應指定特定的飼料罐專門用於儲存高危原料，比如白骨粉等。若有可能，應安排專門的管線來輸送這些高危原料。
預防飼料中病原微生物的增殖
病原微生物無法迅速增殖的主要原因是缺乏水分。因此，預防病原微生物在飼料中增殖的主要任務就是控製水分。明顯的水分來源，比如屋頂泄漏、風可將雨水吹入的裂隙等等，都應予以消除。還應認識到，不可用水來衝洗飼料加工設備，除非再也找不到別的辦法。
傳送設備的汙染，可能與該區域濕度高或多水有關。在利用熱處理（比如製粒或膨化）設備的飼料廠內，冷卻器的環境條件(溫度和濕度）是細菌和黴菌孿生的理想條件。粘附在冷卻器內壁上的粉塵和飼料顆粒會成為病原微生物的理想生長基質。飼料通過冷卻器時與這些顆粒接觸就會被汙染，並且這些汙染會擴散到以後的傳送係統中去。飼料和飼料原料的這一汙染途徑不僅存在於飼料廠內，而且還存在於煉製廠、植物油廠等企業內。對設備進行幹燥清洗或消毒，有助於解決這一問題。
殺滅飼料中的病原微生物以防重複汙染
122℃的溫度持續15分鍾，可以殺死一些形成孢子的微生物。顯然，飼料加工過程實際上不可能滿足這樣的溫度和時間要求。因此，必須用其它方法來對付梭狀芽孢杆菌等細菌。
隻有兩種實用的方法能可靠地殺滅飼料中的病原體：製粒或膨化，以及化學處理。如前所述，飼料中病原體的數量很多時；就需要用較高的溫度或較高水平的化學藥劑才能殺滅其中的微生物。
製粒過程可有效降低某些病原菌的分離率，但製粒不能將其從飼料中清除掉，而飼料可在製粒過程之後再次受到汙染。雖然製粒可有效殺死飼料中的大部分沙門氏菌，但製粒過程在很高的程度上取決於飼料配方。
有些飼料配方可以接受很高溫度的處理，而有些則隻能接受稍低些溫度的處理，還有些則完全不能接受高溫處理。膨化可克服製粒中遇到的某些困難，膨化的溫度也比製粒時的溫度高得多。因此，膨化可比製粒更有效地殺滅病原體。不過，無論采用什麼樣的溫度，飼料在接受熱處理（無論是製拉還是膨化）之後都必須進行冷卻，以便驅除多餘的熱量和水分。Shrimpton（1989）證明，冷卻過程可使飼料再次遭受病原體的汙染，從而抵消熱處理過程帶來的一些好處。製粒或膨化沒有後繼效應，所以飼料可在任何時候遭遇病原體時很容易地再次受到汙染。
化學防腐劑一直被利用來殺滅飼料和原料中的病原體。Garland（1994）列舉了可用來抑製飼料中病原體的產品。所列舉的產品大多數都含丙酸或甲酸，或者含其相應的鹽。丙酸的建議添加率為每噸飼料添加3千克；而單獨使用甲酸時，則其建議添加率為每噸飼料添加6.8千克。盡管Garland也許將生產商對所列產品的建議添加率進行了簡單分類，而生產商能夠並且也確實對產品的效力進行了測試，但對化學防腐劑所用的測定方法可對效力測試的結果產生很大的影響。
Westerfield等（1970）證實，丙酸對未滅菌家禽飼料中的病原菌沒有顯著的抑製作用，但對經滅菌的同一飼料則完全具有抑製作用。雖然商品家禽業中沒有人采用滅菌飼料，但Rouse等（1988）利用滅菌飼料對商品丙酸製品進行了測試。有趣的是，即使是在這些不現實的試驗條件下，他也證明了每噸飼料中添加5千克可有效殺滅幹飼料中102水平的病原菌，但不能殺滅105水平的細菌。
Vandelval（1979）測試了多種脂肪酸對本滅菌飼料中腸道首的殺滅能力，證明了甲酸在含水量16％以下未滅菌飼料中的效力高於丙酸。這些數據類似於McCubbine（1989）的數據，McCubbine證明雞在受控條件下喂以含病原菌的飼料，與甲酸之間以及與盲腸內容物中病原菌分高率之間具有劑量反應關係。
雖然結果令人鼓舞，但這樣的數據並不能解釋每一種現象。飼料加工完成後含水量增加的現象並非不常見。這些水分可能來自屋頂或水箱的泄漏，或者可能是冷凝的結果。Smp和Snoeyenbos（1979）證明，肉骨粉潮濕時，接受測試的11種有機酸中沒有一種可預防病原菌的增殖。他們發現，隻有0.1％的甲醛可以預防病原菌增殖。